Java 从PACS服务器检索DICOM映像时出错

我正在尝试从PACS服务器检索DICOM图像，我使用

dcmqr.get

获取DICOM对象并将其转换为字节数组，当我将DICOM对象的字节数组传递给

getPixelDataasBuffereImage

方法时，它给出了异常

java.lang.ArrayIndexOutOfBoundsException:0，位于行'buff=reader.read（0，param）；'

我是DICOM的新手，不知道到底是什么问题。在查询以获取DICOM或将字节数组转换为缓冲图像时是否存在任何问题

public class TestDCM {

public static DcmQR dcmqr;

public static void main(String[] args) {

    dcmqr = new DcmQR("DCM4CHEE");
    dcmqr.setCalledAET("DCM4CHEE", true);
    dcmqr.setRemoteHost("IP address");
    dcmqr.setRemotePort(11112);

    dcmqr.setDateTimeMatching(true);
    //dcmqr.setCFind(true);
    dcmqr.setCGet(true);        
    dcmqr.configureTransferCapability(true);

    dcmqr.setQueryLevel(DcmQR.QueryRetrieveLevel.IMAGE);

    dcmqr.addMatchingKey(Tag.toTagPath("SOPClassUID"),
            "1.2.840.10008.5.1.4.1.1.12.2");

    List<DicomObject> result = null;
    byte[] imgTab = null;
    BufferedImage bImage = null;
    try {           
        dcmqr.start();
        System.out.println("started");
        dcmqr.open();
        System.out.println("opened");
        result = dcmqr.query();
        System.out.println("queried");
        dcmqr.get(result);
        System.out.println("List Size = " + result.size());

        for (DicomObject dco : result) {
            dco.putString(Tag.TransferSyntaxUID, VR.UI,UID.ImplicitVRLittleEndian);
            // convert dicom object to byte array  
            imgTab = toByteArray(dco);
            // convert byte array to BufferedImage 
            bImage = getPixelDataAsBufferedImage(imgTab);
            File file = new File("filepath.jpg");
            writeBufferedImage(file, bImage);
        }
    } catch (Exception e) {
        e.printStackTrace();
    }
    try {
        if (dcmqr != null) {
            dcmqr.stop();
            dcmqr.close();
        }
    } catch (Exception e) {
        e.printStackTrace();
    }
    System.out.println("done");
}
}

// toByteArray method
public static byte[] toByteArray(DicomObject obj) throws IOException {
    ByteArrayOutputStream baos = new ByteArrayOutputStream();
    BufferedOutputStream bos = new BufferedOutputStream(baos);
    DicomOutputStream dos = new DicomOutputStream(bos);
    dos.writeDicomFile(obj);
    dos.close();
    byte[] data = baos.toByteArray();
    return data;
}

//getPixelDataAsBufferedImage method
public static BufferedImage getPixelDataAsBufferedImage(byte[] dicomData)
        throws IOException {
    ByteArrayInputStream bais = new ByteArrayInputStream(dicomData);
    BufferedImage buff = null;
    Iterator<ImageReader> iter = ImageIO
            .getImageReadersByFormatName("DICOM");
    ImageReader reader = (ImageReader) iter.next();
    DicomImageReadParam param = (DicomImageReadParam) reader
            .getDefaultReadParam();
    ImageInputStream iis = ImageIO.createImageInputStream(bais);
    reader.setInput(iis, false);
    buff = reader.read(0, param);
    iis.close();
    if (buff == null)
        throw new IOException(
                "Could not read Dicom file. Maybe pixel data is invalid.");
    return buff;
}

//writeBufferedImage method
public static void writeBufferedImage(File file , BufferedImage bufferedImage){
    try {
        ImageIO.write(bufferedImage, "jpg", file);
    } catch (IOException e) {
        e.printStackTrace();
    }
    System.out.println("Jpeg image created successfully.");
}

公共类TestDCM{
公共静态DcmQR-DcmQR；
公共静态void main（字符串[]args）{
dcmqr=新的dcmqr（“DCM4CHEE”）；
setcalledate（“DCM4CHEE”，true）；
dcmqr.setRemoteHost（“IP地址”）；
dcmqr.setRemotePort（11112）；
dcmqr.setDateTimeMatching（true）；
//dcmqr.setCFind（真）；
dcmqr.setCGet（真）；
dcmqr.configureTransferCapability（true）；
setQueryLevel（dcmqr.queryretrievel.IMAGE）；
dcmqr.addMatchingKey（Tag.toTagPath（“SOPClassUID”），
"1.2.840.10008.5.1.4.1.1.12.2");
列表结果=空；
字节[]imgTab=null；
BuffereImage双图像=null；
试试{
dcmqr.start（）；
System.out.println（“已启动”）；
dcmqr.open（）；
系统输出打印项次（“打开”）；
result=dcmqr.query（）；
系统输出打印项次（“查询”）；
dcmqr.get（结果）；
System.out.println（“List Size=“+result.Size（））；
对于（双对象dco:结果）{
putString（Tag.TransferSyntaxUID、VR.UI、UID.ImplicitVRLittleEndian）；
//将dicom对象转换为字节数组
imgTab=toByteArray（dco）；
//将字节数组转换为BuffereImage
bImage=GetPixelDataasBuffereImage（imgTab）；
File File=新文件（“filepath.jpg”）；
writeBufferedImage（文件，双页面）；
}
}捕获（例外e）{
e、 printStackTrace（）；
}
试一试{
如果（dcmqr！=null）{
dcmqr.stop（）；
dcmqr.close（）；
}
}捕获（例外e）{
e、 printStackTrace（）；
}
系统输出打印项次（“完成”）；
}
}
//toByteArray方法
公共静态字节[]toByteArray（DicomObject obj）引发IOException{
ByteArrayOutputStream bas=新的ByteArrayOutputStream（）；
BufferedOutputStream bos=新的BufferedOutputStream（BAS）；
DicomOutputStream dos=新的DicomOutputStream（bos）；
dos.writeDicomFile（obj）；
dos.close（）；
字节[]数据=baos.toByteArray（）；
返回数据；
}
//GetPixelDataAsBuffereImage方法
公共静态缓冲区图像GetPixelDataAsBuffereImage（字节[]dicomData）
抛出IOException{
ByteArrayInputStream bais=新的ByteArrayInputStream（dicomData）；
buffereImage buff=null；
迭代器iter=ImageIO
.getImageReadersByFormatName（“DICOM”）；
ImageReader=（ImageReader）iter.next（）；
DicomImageReadParam参数=（DicomImageReadParam）读取器
.getDefaultReadParam（）；
ImageInputStream iis=ImageIO.CreateMageInputStream（BAI）；
reader.setInput（iis，false）；
buff=读卡器读取（0，参数）；
iis.close（）；
如果（buff==null）
抛出新IOException(
“无法读取Dicom文件。可能像素数据无效。”）；
返回buff；
}
//writeBufferedImage方法
公共静态void writeBufferedImage（文件文件、缓冲区映像、缓冲区映像）{
试一试{
write（bufferedImage，“jpg”，文件）；
}捕获（IOE异常）{
e、 printStackTrace（）；
}
System.out.println（“成功创建Jpeg图像”）；
}
虽然使用C-GET可以提取完整的dicom对象，包括像素数据，但它充满了困难。使用C-MOVE要简单得多。dcmqr实用程序和其他堆栈溢出讨论的文档都涉及这一点


我已成功检索并转换DICOM。我正在分享检索和转换的完整步骤。它也会帮助其他人

//Step 1: Retrieve DICOM

// Transfer Syntax
String[] DEF_TS = { 
    UID.JPEGLossless,
    UID.JPEGLosslessNonHierarchical14, UID.JPEGLSLossless,
    UID.JPEGLSLossyNearLossless, UID.JPEG2000LosslessOnly,
    UID.JPEG2000, UID.JPEGBaseline1, UID.JPEGExtended24, UID.MPEG2,
    UID.DeflatedExplicitVRLittleEndian, UID.ExplicitVRBigEndian,
    UID.ExplicitVRLittleEndian, UID.ImplicitVRLittleEndian 
}; 

DcmQR dcmqr = new DcmQR();

/* Set remote PACS server parameter */
dcmqr.setCalledAET("[Called AET]", false); //AET, host and port configured in PACS server
dcmqr.setRemoteHost("[PACS server host]"); 
dcmqr.setRemotePort("[Pacs server port]");

/* Set local port to listen */
dcmqr.setCalling("Receiving AET"); //Receiving AET, host and port should be configured in PACS server in association
dcmqr.setLocalHost("Receiving host(Local server host)");
dcmqr.setLocalPort("Receiving port(Local server post)");

// Set user detail
UserIdentity dcmuserId = new UserIdentity.UsernamePasscode(userId,
pin.toCharArray());
dcmuserId.setPositiveResponseRequested(true);
dcmqr.setUserIdentity(dcmuserId);

// Add Transfer syntax UID
dcmqr.addStoreTransferCapability("1.2.840.10008.5.1.4.1.1.1", DEF_TS); // CR
dcmqr.addStoreTransferCapability("1.2.840.10008.5.1.4.1.1.2", DEF_TS); // CT
dcmqr.addStoreTransferCapability("1.2.840.10008.5.1.4.1.1.4", DEF_TS); // MR/MRI
//.... Add all UID as required

dcmqr.setEvalRetrieveAET(true);

dcmqr.setCFind(true);

dcmqr.setCGet(true);

dcmqr.setMoveDest([Receving AE]);

dcmqr.configureTransferCapability(true);

// Set complete destination directory path, Where you want to store DICOMs
dcmqr.setStoreDestination("[dicomFilePath]");

dcmqr.setQueryLevel(DcmQR.QueryRetrieveLevel.STUDY);

dcmqr.setQueryLevel(DcmQR.QueryRetrieveLevel.SERIES);

dcmqr.setQueryLevel(DcmQR.QueryRetrieveLevel.IMAGE);

dcmqr.addMatchingKey(Tag.toTagPath("StudyID"), [study id]); // other filters also can be add here

dcmqr.addReturnKey(Tag.toTagPath("SeriesNumber"));

dcmqr.start();
dcmqr.open();
List<DicomObject> result = dcmqr.query(); 
dcmqr.move(result);
// Here found dicoms with matching criteria will move from PACS server to your machine in provided destination path.


//step 2: DICOM file to DICOM object
DicomInputStream din = new DicomInputStream("dicom file path");
DicomObject dicomObject = din.readDicomObject();


//step 3: Convert DICOM to JPEG
byte[] imgTab = toByteArray(dicomObject); // See in question
/* create buffered image from byte array */
BufferedImage bufferedImage = getPixelDataAsBufferedImage(imgTab); // See in question
File outPutFile = new File("JPEG file path");
/* creating jpeg image from buffered image */
ImageIO.write(bufferedImage, "jpeg", outPutFile);

//步骤1：检索DICOM
//传输语法
字符串[]DEF_TS={
UID.jpeg无损，
UID.jpeglslessNonHierarchical14，UID.jpeglslessless，
UID.JPEGLSLossyNearLossless，UID.JPEG2000LosslessOnly，
UID.JPEG2000、UID.JPEGBaseline1、UID.JPEGExtended24、UID.MPEG2、，
UID.deflatedexplicitvrlittledian，UID.ExplicitVRBigEndian，
UID.ExplicitVRLittleEndian，UID.ImplicitVRLittleEndian
}; 
DcmQR DcmQR=新的DcmQR（）；
/*设置远程PACS服务器参数*/
dcmqr.setCalledate（“[Called AET]”，false）//在PACS服务器中配置的AET、主机和端口
dcmqr.setRemoteHost（“[PACS服务器主机]”）；
dcmqr.setRemotePort（“[Pacs服务器端口]”）；
/*将本地端口设置为侦听*/
dcmqr.setCalling（“接收AET”）//接收AET时，应在PACS服务器中关联配置主机和端口
setLocalHost（“接收主机（本地服务器主机）”；
setLocalPort（“接收端口（本地服务器post）”）；
//设置用户详细信息
UserIdentity dcmuserId=新的UserIdentity.UsernamePasscode（userId，
pin.toCharArray（））；
dcmuserId.setPositiveResponseRequested（true）；
setUserIdentity（dcmuserId）；
//添加传输语法UID
dcmqr.addStoreTransferCapability（“1.2.840.10008.5.1.4.1.1.1”，定义）；//铬
dcmqr.addStoreTransferCapability（“1.2.840.10008.5.1.4.1.1.2”，定义）；//计算机断层扫描
dcmqr.addStoreTransferCapability（“1.2.840.10008.5.1.4.1.1.4”，定义）；//磁共振成像
//.... 根据需要添加所有UID
dcmqr.setEvalRetrieveAET（真）；
dcmqr.setCFind（真）；
dcmqr.setCGet（真）；
dcmqr.setMoveDest（[接收AE]）；
dcmqr.configureTransferCapability（true）；
//设置要存储DICOM的完整目标目录路径
dcmqr.setStoreDestination（“[dicomFilePath]”）；
dcmqr.setQueryLevel（dcmqr.queryretrievel.STUDY）；
setQueryLevel（dcmqr.queryretrievel.SERIES）；
setQueryLevel（dcmqr.queryretrievel.IMAGE）；
dcmqr.addMatchingKey（Tag.toTagPath（“StudyID”），[study id]）；//也可以在此处添加其他过滤器
dcmqr.addReturnKey（Tag.t