基于列从Java打印到Excel文件

对于任何格式/其他错误，请提前道歉，我仍然是Java的新手

我正在进行基因表达分析，其中我有一个程序，在23000组249名患者中打印出约600万个基因名称及其表达值（总共有249名患者，每个患者都有23000个基因/基因表达值）。现在，我让这个程序遍历所有249个个体患者文件，获得23000个基因值，并打印到一个文本文件（有600万行和2列，一列表示基因名，一列表示表达式）

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但是，我希望这个程序打印到excel文件，这样就有249行（每个患者）和23000列（每个基因）。我已经尝试了几天（使用ApachePOI）来实现这一点，但仍然无法实现。我找到了这个示例代码：，这是我一直试图修改以适合我的程序的代码，但似乎没有任何效果。我已经包括了我的原始程序（打印到文本文件，但也包括我下载的POI JAR）。任何帮助都将不胜感激

import java.io.*;
import java.io.FileOutputStream;
import org.apache.poi.xssf.usermodel.XSSFCell;
import org.apache.poi.xssf.usermodel.XSSFRow;
import org.apache.poi.xssf.usermodel.XSSFSheet;
import org.apache.poi.xssf.usermodel.XSSFWorkbook;

public class CreateExcel {


   public static final File folder = new File("C:/Users/menon/OneDrive/Documents/R/TARGET");
   private static PrintStream output;
   XSSFWorkbook wb = new XSSFWorkbook(); 
   XSSFSheet sheet1 = wb.createSheet("values");

   public static void main(String [] args) throws FileNotFoundException {
      output = new PrintStream(new File("final_CSRSEF_data.txt"));
      listFilesForFolder(folder);
   }

   public static double listFilesForFolder(final File folder) throws FileNotFoundException {
      double value = 0.0;
      //contains names of all the 23k genes in order to loop through the 249 files and collect the needed names each time
      File list = new File("C:/Users/menon/OneDrive/Documents/NamesOfGenes.txt");
      Scanner names = new Scanner(list);
      String data;
      while (names.hasNext()) {
         String name = names.next(); 
         //looping through all separate 249 patient files in folder and searching for gene name        
         for (final File fileEntry : folder.listFiles()) {
            Scanner files = new Scanner(fileEntry);
            if (fileEntry.isDirectory()) {
               listFilesForFolder(fileEntry);
            } else {
               while (files.hasNextLine()) {
                  final String lineFromFile = files.nextLine();
                  if(lineFromFile.contains(name)) {
                     //System.out.print(name+ " in file " + fileEntry.getName());
                     String[] thisOne = lineFromFile.split("\\s");
                     String res = thisOne[0];
                     //System.out.println(res);
                     if (res.equals(name)) {
                        print(lineFromFile);
                        print("\n");
                     }
                  }
               }

            }
         }
         print("----------------");
         print("\n");
      }
      return 0.0;
   }

   //print to final_CSRSEF_data.txt
   private static void print(String stat) {
      output.print(stat);
   }
} 

因此，基本上，我在每个文本文件中“-------------”之前打印的内容应该在excel工作表中的单独列（而不是行）中

再一次，提前谢谢你

看看这个：

www.pela.it，在我的主页上有一个下载“基因表达”工具的链接

两年前我用java做的，如果这是你想要做的，我很乐意帮助你

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它详细说明了从pcr工具输出的xml原始数据，并最终打印了包含所有详细说明阶段的分页excel。还有一个ppt详细解释。

“我希望这个程序打印到excel文件，这样就有249行（每个患者）和23000列（每个基因）。”不可能。即使是最新的

Excel

版本也最多只提供16384列。请参阅：“工作表上的行和列总数：1048576行乘以16384列”。Alex是对的，可能有重新排列输出的选项，例如保存23000行和249列columns@edwigz好的，谢谢你的回复。有没有办法将其拆分并保存在多个文件中？您好，谢谢您的回复！我查看了您的工具，它看起来很棒，但不幸的是，我不确定它是否对我有多大用处，因为我正在用R进行实际分析，我使用Java只是为了合并数据集，并将所有600万个值合并在一起。我真的很感激你对如何做到这一点的任何建议。非常感谢。你好，安基塔，我可以给你我的java代码生成excel，给我一个电子邮件地址。或者，如果您愿意向我发送源数据，我将尝试为其编写特定的代码。祝你今天愉快：）