rJava、mac 10.12.6和Java v 9（R版本3.4.1）的问题

我在安装和加载rJava时仍然遇到问题。我有R3.4.1（“单根蜡烛”）；JavaV9和MacOS10.12.6

我遵循了列出的所有步骤，包括使用Terminal编辑我的~/.profile以包括：

导出JAVA_HOME=$（/usr/libexec/JAVA_HOME-v9）

导出路径=$JAVA_HOME/bin:$PATH

以及进行其他更改以将R连接到“正确的”Java。当我跑的时候

sudo R CMD javareconf

但是，我收到一条错误消息，上面说：

警告：“JNI_CreateJavaVM”已弃用 [-Wdeprecated声明] JNI_CreateJavaVM（0,0,0）； ^ /System/Library/Frameworks/JavaVM.framework/Headers/jni.h:1937:1:注意： “JNI_CreateJavaVM”已在此处显式标记为不推荐 JNI_CreateJavaVM（JavaVM**pvm，void**penv，void*args）； ^ 生成1个警告

当我跑的时候

R CMD安装rJava_0.9-8.tar.gz

一切都很顺利，直到我发现一个错误，上面写着：

正在检查是否可以编译JNI程序…配置：错误：无法编译简单的JNI程序。有关详细信息，请参阅config.log

确保您已经安装了Java开发工具包并在R中正确注册。 如果有疑问，请以root用户身份重新运行“R CMD javareconf”

错误：包“rJava”的配置失败

上面链接的站点的Michal善意地建议确保“/usr/libexec/java_home-v 9”指向JDK而不是JRE。我不知道该怎么做。还有，当我尝试以下方法时：

echo$JAVA_主页

我得到：

/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-9.jdk/Contents/Home

我如何知道这是JDK还是JRE

由于我的错误消息，我认为我有一个JNI问题，但我不确定如何开始处理这个问题。任何关于使用Michal教程可能出现问题的见解都将不胜感激

另外，我最初的问题是在R中，试图加载库（rJava），但出现以下错误：

错误：“rJava”的包或命名空间加载失败： .onLoad在“rJava”的loadNamespace（）中失败，详细信息： 调用：dyn.load（文件，DLLpath=DLLpath，…） 错误：无法加载共享对象“/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/Library/rJava/libs/rJava.so”： dlopen（/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/Library/rJava/libs/rJava.so，6）：未加载库：@rpath/libjvm.dylib 引用自：/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/Library/rJava/libs/rJava.so

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原因：找不到映像

您可以执行以下操作来测试Java 9是否为JDK。请执行以下操作：

> git clone https://github.com/mkowsiak/jnicookbook.git
> cd jnicookbook/recipes/recipeNo001
> export JAVA_HOME=$(/usr/libexec/java_home -v 9)
> export PATH=$JAVA_HOME/bin:$PATH
> make
> make test

如果你看到

Hello world!

最后，这意味着您的JDK可以编译JNI代码。现在，如果它能工作，就意味着rJava仍然使用不正确的Java安装（例如，苹果的安装）。在这种情况下，您需要查看rJava的错误日志，以确保那里使用了什么

我希望这至少对你有一点帮助。

我遵循了这一点，特别是：

管理员帐户用户

在终端发出以下命令：

export JAVA_HOME=${JAVA_HOME:-$(/usr/libexec/java_home)} 
export LIBJVM=$(find "${JAVA_HOME}" -name 'libjvm.dylib')
R CMD javareconf JAVA_LIBS="${LIBJVM}" JAVA_LD_LIBRARY_PATH="${LIBJVM}" JAVA_CPPFLAGS="'-I${JAVA_HOME}/include -I${JAVA_HOME}/include/darwin -I$(dirname "${LIBJVM}")'"
ln -fs "$LIBJVM" /Library/Frameworks/R.framework/Libraries

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安装成功了

非常感谢，我真的很感激！当我运行此程序时，我遇到以下错误：/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-9.jdk/Contents/Home/bin/Java-Djava.Library.path=：/lib-cp target recipeNo001.HelloWorld错误：找不到或加载主类recipeNo001.HelloWorld，原因是：Java.lang.ClassNotFoundException:recipeNo001.HelloWorld make:**[测试]错误1——对这意味着什么有什么建议吗？O.oMake确保在运行“make test”之前调用“make”-我没有将此步骤放入说明中：（我也遇到了同样的问题。使用@mko sugestion，我检查了JDK是否可以编译JNI代码，但现在的问题是如何使rJava使用正确的Java安装？请看一下这里：这里的问题是R3.4使用了新的clang并支持OpenMP。您可能还必须设置正确的clang设置：（一般来说，R3.4+macOS+rJava可能需要相当多的努力：(