Java 如何处理解压hs37d5 fastq文件时产生的尾随垃圾

我真的试图解决这个问题，但似乎以前没有人遇到过这个问题。我从1000G解压了fastq文件：

gunzip -c **hs37d5.fa.gz** | awk '{if(NR%4==1) {printf(">%s\n",substr($0,2));} else if(NR%4==2) print;}' > ref.fa

不过，解压缩的文件夹有一些“尾随垃圾”，它会导致以下错误：

线程“main”picard.PicardException中出现异常：序列名称在引用中出现多次

尝试运行时：

java -jar picard.jar CreateSequenceDictionary R=ref.fasta O=ref.dict

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如果有人能给我一点帮助，我将不胜感激

您正在提取fasta文件，但正在使用将用于fastq文件的

NR%4

。感谢您的回复。如果我使用gunzip-ct hs37d5.fa.gz>tmp.fa来测试fasta文件，它会为我提供一个空输出。要获得任何有用的帮助，请创建一个最小的可验证示例