Java 从Mathematica调用ImageJ

从Mathematica，我希望将图像传递给ImageJ插件，并将结果从ImageJ发送给Mathematica

JLink是一个有用的工具，但我既不熟悉它，也不熟悉ImageJ（因此很难利用现有的相关问题）。你知道怎么做吗

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（我已经在我的mac电脑上安装了ImageJ。）

这应该只是一个提示，告诉你这并不像看上去那么难。没有办法，您必须熟悉Java、ImageJ API以及JLink

下面是您的入门指南：您需要ImageJJava存档

ij.jar

，可以从中下载。这个jar包含ImageJ自己使用的所有类和函数

您要做的是创建一个映像，而不是通过ImageJ GUI打开它，而是使用Java方法。为此，您必须熟悉ImageJ API，以了解如何从数字数组创建图像，因为这就是我们希望将Mathematica图像传输到Java的方式。 浏览一下这些文档，我就明白了。如您所见，它们提供了两种方法：

setPixels

和

getPixels

并且都接受简单数组。让我们使用它编写一个非常基本的过滤器：

import ij.process.FloatProcessor;

public class SimpleTest {

    public static float[] func(float []bm, int nx, int ny) {
        FloatProcessor p = new FloatProcessor(nx,ny);
        p.setPixels(bm);
        float[] kernel = new float[{0.111f,0.111f,0.111f,0.111f,
                                    0.111f,0.111f,0.111f,0.111f,0.111f};
        p.convolve(kernel, 3, 3);
        return (float[]) p.getPixels();
    }
}

此函数获取图像数据和图像尺寸，进行卷积运算并返回过滤后的图像数据。要编译它，请记住

ij.process.FloatProcessor

位于

ij.jar

中。您必须在类路径中包含此存档。稍后，您必须确保JLink同时找到

ij.jar

和您的

SimpleTest.class

。我通常也把我的类打包在一个罐子里。为此，我称之为

simple.jar

虽然java端现在已经准备就绪，但我们需要几行代码来从Mathematica图像中提取图像数据和维度

img = ColorConvert[ExampleData[{"TestImage", "Lena"}], "Grayscale"];
{nx, ny} = ImageDimensions[img];
data = ImageData[img] // Flatten;

我们现在要做的是将平面整数数组

数据

发送到Java函数，获取结果并构建输出图像。要让Mathematica找到您的jar归档，一种方法是调用

AppendToClassPath

：

Needs["JLink`"]
AddToClassPath["/pathTo/ij.jar","pathTo/simple.jar"];

simpleTest = LoadJavaClass["SimpleTest", StaticsVisible -> True];
output = SimpleTest`func[data, nx, ny];
Image[Partition[output, nx]]

通过这最后一步，我们完成了这个循环，并得到了最终结果

最后注释：

• 您可能应该（这意味着“做到”）使用JLink用于编译代码的相同java版本

• ij.jar中已经有插件了。这将不包括所有可用的东西。但是请记住：imagejgui只是从
  ij.jar
  调用方法来使用辅助插件，因此您可以对代码执行同样的操作

• 一些插件使用本机（JNI）代码，当您在Mathematica中使用此代码时，可能会导致意外错误

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您可能需要先阅读ImageJ API。您能举一个您需要使用ImageJ解决的问题的例子吗？这里有几个Mathematica参与者，他们是图像处理方面的专家，可能能够建议Mathematica的本地方法。您可能还想考虑在这里张贴：您能给出一些（简单的）示例java代码，演示如何使用Image J吗？这是第一步。然后我们就可以把代码翻译成JLink了。@MikeHoneychurch好主意，如果这里什么都没出现，我就过关了。我对Mathematica中没有的ImageJ插件感兴趣。@Szabolcs这是问题的一部分。。。似乎可以有不同类型的ImageJ插件。我仍然需要弄清楚如何以编程的方式调用它们。如果你对此进行了研究，也许你可以在这里给出一个答案：谢谢你的概念证明。事实上，我需要坐下来读更多的文档，然后可能会问更具体的问题。我也从来没有对ImageJ做过任何事情，只花了几分钟的时间来查找这些内容。因此，你的学习曲线很可能非常陡峭。使用一个好的JavaIDE！这是一半。当然，你可以选择C++，使用ITK。然后，你可以问你的同事如何快速设置；-）