在Ubuntu中使用Java运行二进制文件

我正在尝试运行一个二进制文件，它是通过java代码生成的Genia序列拆分器。此二进制文件的类型为x-可执行文件，没有扩展名。我可以使用

/geniass arg1 arg2

其中arg1是输入文件arg2是输出文件 我想自动化这个过程。我试着使用这个代码

    public class geniaSSTag {
    public static void geniaSS(String inputFile){
        System.out.println("Input file: "+inputFile);

        String[]cmd={"bash","geniass/./geniass","in.txt","out.txt"};

        try {
            String errOutput="";
Process process = Runtime.getRuntime().exec(cmd);
String s = "";
BufferedReader br = new BufferedReader(new InputStreamReader(process
                        .getInputStream()));
while ((s = br.readLine()) != null)
{
   s += s + "\n";
}    
System.out.println(s);

BufferedReader br2 = new BufferedReader(new InputStreamReader(process.getErrorStream()));
while (br2.ready() && (s = br2.readLine()) != null)
{
  errOutput += s;
}
System.out.println(errOutput);
        } catch (IOException ex) {
            Logger.getLogger(geniaSSTag.class.getName()).log(Level.SEVERE, null, ex);
        }
    }
}

但当我尝试运行时，会出现此错误

geniass//geniass:geniass//geniass:无法执行二进制文件

我怎样才能解决这个问题。感谢您的帮助

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谢谢

我将首先尝试从Java运行命令

pwd

，以查看您的实际位置。然后可以相应地更改可执行文件的路径。我想使用路径

/home/xxx/yyy/geniass

总是可行的

还有一个不同版本的

Runtime.exec（）

，它将工作目录作为参数。

尝试：

String[]cmd={"/full/path/to/geniass","in.txt","out.txt"};

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相反

当您运行程序时，可执行文件是否以“/genias/genias”的方式相对于程序的起始目录？注意“/。/”除了浪费空间外，什么都不做，因为它是“链接回当前目录的子目录”的缩写

可能您的“genias”可执行文件不在名为“genias”的子目录中，或者启动程序是从另一个目录启动的，并且找不到相对于其目录的“genias/genias”

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正如其他地方所建议的，您可以通过在启动命令中使用绝对路径来修复此问题。但是，如果您希望安装多个副本，有时这种方法不够灵活。

文件是否可执行？您是否使用chmod+x文件名？是否尝试使用绝对路径运行它？此外，bash是不必要的。请尝试使用字符串[]cmd={“geniass的绝对路径”、“in.txt”、“out.txt”}；另外，请使用ProcessBuilder而不是

Runtime.exec

谢谢大家。我什么都试过了，但它总是给我同样的错误。所以我写了一个script.sh并运行它，解决了这个问题。我有预感这可能是一个权限错误。但不管怎样，现在一切都好了。