如何使用java从.owl文件获取注释

我有一个包含基因本体注释的.owl文件。我需要使用java从.OWL文件中检索注释source forge（）中的OWL API具有所有基本功能， 下面是一个使用OWLAPI库解析OWL本体的示例

import static org.semanticweb.owlapi.search.Searcher.annotations;
import static org.semanticweb.owlapi.vocab.OWLRDFVocabulary.RDFS_LABEL;

import java.util.ArrayList;
import java.util.List;

import org.semanticweb.owlapi.apibinding.OWLManager;
import org.semanticweb.owlapi.model.IRI;
import org.semanticweb.owlapi.model.OWLAnnotation;
import org.semanticweb.owlapi.model.OWLAnnotationProperty;
import org.semanticweb.owlapi.model.OWLClass;
import org.semanticweb.owlapi.model.OWLDataFactory;
import org.semanticweb.owlapi.model.OWLException;
import org.semanticweb.owlapi.model.OWLLiteral;
import org.semanticweb.owlapi.model.OWLOntology;
import org.semanticweb.owlapi.model.OWLOntologyCreationException;
import org.semanticweb.owlapi.model.OWLOntologyManager;

public class OwlParser {

    private final OWLOntology ontology;
    private OWLDataFactory df;

    public OwlParser(OWLOntology ontology, OWLDataFactory df) {
        this.ontology = ontology;
        this.df = df;
    }

    public void parseOntology()
            throws OWLOntologyCreationException {

        for (OWLClass cls : ontology.getClassesInSignature()) {
            String id = cls.getIRI().toString();
            String label = get(cls, RDFS_LABEL.toString()).get(0);
            System.out.println(label + " [" + id + "]");
        }
    }

    private List<String> get(OWLClass clazz, String property) {
        List<String> ret = new ArrayList<>();

        final OWLAnnotationProperty owlProperty = df
                .getOWLAnnotationProperty(IRI.create(property));
        for (OWLOntology o : ontology.getImportsClosure()) {
            for (OWLAnnotation annotation : annotations(
                    o.getAnnotationAssertionAxioms(clazz.getIRI()), owlProperty)) {
                if (annotation.getValue() instanceof OWLLiteral) {
                    OWLLiteral val = (OWLLiteral) annotation.getValue();
                    ret.add(val.getLiteral());
                }
            }
        }
        return ret;
    }

    public static void main(String[] args) throws OWLException,
            InstantiationException, IllegalAccessException,
            ClassNotFoundException {

        String x = "http://ontology.neuinfo.org/NIF/Dysfunction/NIF-Dysfunction.owl";

        IRI documentIRI = IRI.create(x);
        OWLOntologyManager manager = OWLManager.createOWLOntologyManager();
        OWLOntology ontology = manager
                .loadOntologyFromOntologyDocument(documentIRI);
        OwlParser parser = new OwlParser(ontology, manager.getOWLDataFactory());
        parser.parseOntology();
    }
}

导入静态org.semanticweb.owlapi.search.Searcher.annotations；
导入静态org.semanticweb.owlapi.vocab.owlrdfvaculary.RDFS_标签；
导入java.util.ArrayList；
导入java.util.List；
导入org.semanticweb.owlapi.apibinding.OWLManager；
导入org.semanticweb.owlapi.model.IRI；
导入org.semanticweb.owlapi.model.owlanotation；
导入org.semanticweb.owlapi.model.OWLAnnotationProperty；
导入org.semanticweb.owlapi.model.OWLClass；
导入org.semanticweb.owlapi.model.OWLDataFactory；
导入org.semanticweb.owlapi.model.OWLException；
导入org.semanticweb.owlapi.model.OWLLiteral；
导入org.semanticweb.owlapi.model.OWLOntology；
导入org.semanticweb.owlapi.model.owletologyCreationException；
导入org.semanticweb.owlapi.model.owletologyManager；
公共类OwlParser{
私有本体论；
私人数据工厂df；
公共OwlParser（owldontology本体，OWLDataFactory-df）{
本体=本体；
this.df=df；
}
公共本体（）
抛出OntologyCreationException{
for（OWLClass:ontology.getClassesInSignature（））{
字符串id=cls.getIRI（）.toString（）；
字符串label=get（cls，RDFS_label.toString（））.get（0）；
System.out.println（标签+“[”+id+“]”）；
}
}
私有列表获取（owlclasclazz，String属性）{
List ret=new ArrayList（）；
最终OWLAnnotationProperty owlProperty=df
.getOWLAnnotationProperty（IRI.create（property））；
for（owlo:ontology.getImportClosure（））{
用于（OWL）注释：注释(
o、 getAnnotationAssertionAxioms（clazz.getIRI（）），owlProperty））{
if（注释.getValue（）实例OWLLiteral）{
OWLLiteral val=（OWLLiteral）annotation.getValue（）；
ret.add（val.getLiteral（））；
}
}
}
返回ret；
}
公共静态void main（字符串[]args）引发异常，
实例化异常，非法访问异常，
ClassNotFoundException{
字符串x=”http://ontology.neuinfo.org/NIF/Dysfunction/NIF-Dysfunction.owl";
IRI documentIRI=IRI.create（x）；
OWLOntologyManager=OWLManager.createOWLOntologyManager（）；
本体=管理器
.loadOntologyFromOntologyDocument（文档IRI）；
OwlParser parser=新的OwlParser（ontology，manager.getOWLDataFactory（））；
parser.parseOntology（）；
}
}

我能收到你的邮件吗，这样我们就可以成交了！！线程“main”java.lang.IndexOutOfBoundsException:索引：0，大小：0位于java.util.ArrayList.rangeCheck（未知源代码）位于java.util.ArrayList.get（未知源代码）位于OwlParser.parseOntology（OwlParser.java:49）位于OwlParser.main（OwlParser.java:84）它给出了错误。我试图解决它，但无法解决@杰伊·史密斯