Java 使用JNA使用本机fortran库时查找SIGSEGV原因时出现问题

我正在使用

JNA

与来自Java/Scala的本地Fortran库（物理）进行接口，该库使用apachespark分布式计算框架调用

以下报告是使用my library

/opt/MYORG/hdd/usr/local/lib/mylib生成的。因此

使用

ifort

和调试编译器选项编译而成

-shared -fPIC -save -g -check all -fpe0 -traceback -static -static-intel -Bstatic

由于JVM错误报告指示的

SIGSEGV

，我的执行器不时崩溃：

#
# A fatal error has been detected by the Java Runtime Environment:
#
#  SIGSEGV (0xb) at pc=0x00007fea0f490700, pid=33080, tid=140647778658048
#
# JRE version: Java(TM) SE Runtime Environment (8.0_60-b27) (build 1.8.0_60-b27)
# Java VM: Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (25.60-b23 mixed mode linux-amd64 compressed oops)
# Problematic frame:
# C  0x00007fea0f490700

报告全文上载于此处：

我设法创建了一个核心转储，我用它进行了分析

gdb /usr/java/jdk1.8.0_60/bin/java core.33080

(gdb) bt
#0  0x00007fed0a04f1d7 in raise () from /usr/lib64/libc.so.6
#1  0x00007fed0a0508c8 in abort () from /usr/lib64/libc.so.6
#2  0x00007fed0995b6b5 in os::abort(bool) () from /usr/java/jdk1.8.0_60/jre/lib/amd64/server/libjvm.so
#3  0x00007fed09af9bf3 in VMError::report_and_die() () from /usr/java/jdk1.8.0_60/jre/lib/amd64/server/libjvm.so
#4  0x00007fed09960edf in JVM_handle_linux_signal () from /usr/java/jdk1.8.0_60/jre/lib/amd64/server/libjvm.so
#5  0x00007fed09957673 in signalHandler(int, siginfo*, void*) () from /usr/java/jdk1.8.0_60/jre/lib/amd64/server/libjvm.so
#6  <signal handler called>
#7  0x00007fea0f490700 in ?? ()
#8  0x00007fed0a7fcbc2 in __nptl_deallocate_tsd () from /usr/lib64/libpthread.so.0
#9  0x00007fed0a7fcdd3 in start_thread () from /usr/lib64/libpthread.so.0
#10 0x00007fed0a11173d in clone () from /usr/lib64/libc.so.6

（可以在此处找到输出：）

但是我在我自己的（可能有故障的）库

mylib中没有看到任何线程。因此，所有线程似乎都在等待。到目前为止，没有任何东西能告诉我
mylib.so
导致了
SIGSEGV
，但是如果我用代码中的Mock替换对
mylib.so
的调用（即没有实际的本机调用），就不会出现
SIGSEGV
，因此我得出结论，问题一定是在对本机库的JNA调用中

到目前为止，我尝试了以下提示：没有成功

有人能帮我找到上面的原因吗？
这类错误非常严重。您可以尝试应用以下模式：


在这种方法中，您可以在代码中“捕获”SIGSEGV。然后，您可以尝试使用backtrace函数获取backtrace：

void *array[100];
size_t size;
size = backtrace (array, 100);
backtrace_symbols_fd (array, size, STDOUT_FILENO);

请注意，您不应该在信号处理程序内部执行太多操作

然后，如果你运气好，你将能够发现问题的原因

另一种方法是使用gdb实际调试JVM，看看那里发生了什么

您可以在此处找到JNI调试的示例：


或在此：


或在此：


如前所述，尝试在Fortran代码中启用边界检查。有时它会有帮助

我希望这会有所帮助

享受JNI/JNA带来的乐趣。
您可能不想同时使用
-dynamic
和
-static
（您可能应该删除后者，但这有时会因平台而异）。@technomage我在哪里使用了
-dynamic
？我担心您的Fortran库中几乎会有任何东西。您确定其中没有错误吗？FWIW您的错误报告表明出错线程试图执行数据-指令指针（RIP）没有引用代码页。这似乎是由于堆栈损坏造成的-当过程结束时引用的堆栈上的返回指令指针已被破坏。堆栈和基指针（RSP/RBP）不一致以及缺乏一致的堆栈跟踪也表明了堆栈损坏。在Fortran中要查找的内容包括（通常）数组边界冲突或过程调用和定义之间的接口不匹配。对不起，我指的是
-shared
，而不是
-dynamic
。
void *array[100];
size_t size;
size = backtrace (array, 100);
backtrace_symbols_fd (array, size, STDOUT_FILENO);