Linux 如何在docker文件中包含shell脚本套件

我正在尝试为

BBMAP

（）shell脚本套件创建一个docker映像，该脚本套件与samtools和picard.jar一起在线提供。我能够运行samtools和picard，但由于某些原因，我无法在下面添加

bbmap

。有人能告诉我我错过了什么吗

我正在尝试将shell脚本添加到bin中，以将它们作为可执行文件运行。 在我下面的docker文件中，这是我需要帮助的地方：

&& wget -q https://sourceforge.net/projects/bbmap/files/latest/download \
&& tar -xjvf /tmp/download \
&& cp -av /tmp/bbmap/* /usr/bin/ \

Dockerfile：

FROM openjdk:8-jre
LABEL maintainer="AN <XXX@wustl.edu>"

LABEL org.label-schema.schema-version="1.0"
# LABEL org.label-schema.build-date=$BUILD_DATE
LABEL org.label-schema.name="an/samtofastq"
LABEL org.label-schema.description="Image for Reverting .bam"

ENV SAMTOOLS_VERSION 1.9
ENV PICARD_VERSION 2.20.8

WORKDIR /tmp

RUN apt-get update -y \
&& apt-get install --no-install-recommends -y \
 make \
 gcc \
 g++ \
 libz-dev \
 libbz2-dev \
 liblzma-dev \
 ncurses-dev \
 bc \
 libnss-sss \
 time \
&& cd /tmp \
&& wget -q https://github.com/samtools/samtools/releases/download/${SAMTOOLS_VERSION}/samtools-${SAMTOOLS_VERSION}.tar.bz2 \
&& tar xjvf samtools-${SAMTOOLS_VERSION}.tar.bz2 \
&& cd /tmp/samtools-${SAMTOOLS_VERSION}/ \
&& make \
&& cp -av /tmp/samtools-${SAMTOOLS_VERSION}/samtools /usr/bin/ \
&& wget -q -O /usr/bin/picard.jar https://github.com/broadinstitute/picard/releases/download/${PICARD_VERSION}/picard.jar \
&& wget -q https://sourceforge.net/projects/bbmap/files/latest/download \
&& tar -xjvf /tmp/download \
&& cp -av /tmp/bbmap/* /usr/bin/ \
&& ln -sf /usr/share/zoneinfo/America/Chicago /etc/localtime \
&& echo "America/Chicago" > /etc/timezone \
&& dpkg-reconfigure --frontend noninteractive tzdata \
&& apt-get clean all \
&& rm -rfv /var/lib/apt/lists/* /tmp/* /var/tmp/* 

 

# COPY ./entrypoint.sh /usr/local/bin/
ENV PICARD /usr/bin/picard.jar

## Add ENV for Shell scripts from BBMAP
# ENV DEMUX /usr/bin/demuxbyname.sh
# ENTRYPOINT ["/usr/local/bin/entrypoint.sh"]
CMD ["/bin/bash"]

---

在脚本的前面，您运行：

cd /tmp/samtools-${SAMTOOLS_VERSION}/ 

所以当你运行这个：

wget -q https://sourceforge.net/projects/bbmap/files/latest/download

生成的文件是：

/tmp/samtools-${SAMTOOLS_VERSION}/download

这意味着当您运行

tar

命令时：

tar -xjvf /tmp/download

…它找不到该文件，因为它不在

/tmp

中

---

在下载文件之前，请更改

tar

命令的路径，或在脚本中添加

cd/tmp

。或者将类似于

-O/tmp/download.tar的内容传递给您的
wget
调用。
到底是什么问题？你有错误吗？有些东西不起作用了吗？@larsks请查看我更新的问题，以及我收到的错误。
tar -xjvf /tmp/download