在linux中，如何基于包含特定名称的列表文件提取大表中的行

我有一个非常大的数据表（DataTable.txt），快照如下：

SNPname chr position sample1 sample2 sample3 sample4 ....sample2000
rs1 1 1000 A A B B ..... A
rs2 2 1500 B A B A ..... B
rs3 3 1503 B B A A ..... A
.
.
.
.
rs99999 22 999999 A A A ...... B

rs4560
rs4780
rs6
rs798
rs2634
rs987
rs1839
rs3948
rs2423
rs232

我有一个snpname列表，我想将其包含在我的输出表中（不在此列表中的其他snpname将被排除）。列表（list.txt）如下所示：

SNPname chr position sample1 sample2 sample3 sample4 ....sample2000
rs1 1 1000 A A B B ..... A
rs2 2 1500 B A B A ..... B
rs3 3 1503 B B A A ..... A
.
.
.
.
rs99999 22 999999 A A A ...... B

rs4560
rs4780
rs6
rs798
rs2634
rs987
rs1839
rs3948
rs2423
rs232

如何生成只包含列表文件中列出的snpname的新输出表

---

请告知，谢谢。：）

您可以使用以下示例：

grep -wFf list.txt DataTable.txt

• -w

  匹配单词

• -f

  从文件

  list.txt

  获取模式

• -F

  比较字符串本身，而不是可能的正则表达式

根据您的示例输入，并将

rs3

更改为

rs6

以进行匹配，我得到以下结果：

$ grep -wFf list.txt DataTable.txt
rs6 3 1503 B B A A ..... A

尝试一下：

grep -Fwf list.txt bigtable.txt

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嗨，费多尔基。对不起，这是一个很大的文件，所以我花了一整天的时间来完成这个过程。是的，它可以工作，但不知何故，第一行的每个列都有标签，但没有一起提取。你能帮我吗？你好@user3446084，它没有被提取，因为它在

list.txt

中不匹配。您可以在

list.txt

中添加

SNPname chr position sample1 sample2 sample3 sample4….sample2000

行并再次处理，也可以将其附加到结果文件中。您可以在线程中找到一些不错的方法，例如

sed-i'1iSNPname chr position sample1 sample2 sample3 sample4….sample2000'文件

使其成功。如果我要在list.txt中添加SNPname chr position sample1 sample2 sample3 sample4….sample2000行并再次处理它，它会保留其表矩阵吗？这确实取决于您的文件，但它应该保留。但是，如果你花了一天的时间来处理所有的grep，我认为最好只添加标题

sed

，就像我在之前的评论中所描述的那样。复活节快乐！非常感谢fedorqui！你真的帮了大忙！：）愿上帝保佑你