List 提供成对文件列表作为Snakemake的输入

我已经完成了一个简单的管道，在这个管道中，我获取了几个文件，将它们合并到一个文件名是这两个文件的简单组合的文件中（file1_file2.output），并执行一些操作。如果我手动提供file1和file2的文件名，管道工作得很好，但我真正要做的是这样：

rule all:
    input:
        expand("output/{combination}.output", combination=["A_D","B_D","C_E"])

rule Paste:
    input:
        F1="{file1}",
        F2="{file2}"
    output:
        out="output/{file1}_{file2}.output"
    shell:
        "paste {input.F1} {input.F2} > {output.out}"

让我们假设我有5个文件A，B，C，D和E。我想为这些对运行管道：A-D、B-D和C-E，这是蛇文件

规则所有：
输入：
展开（“output/{file1}{file2}.output”）
规则粘贴：
输入：
F1=“{file1}”，
F2=“{file2}”
输出：
out=“output/{file1}{file2}.output”
外壳：
“粘贴{input.F1}{input.F2}>{output.out}”

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最好的方法是什么？

您必须在规则all中定义目标文件的真实名称。然后使用通配符获取输入文件。它看起来是这样的：

rule all:
    input:
        expand("output/{combination}.output", combination=["A_D","B_D","C_E"])

rule Paste:
    input:
        F1="{file1}",
        F2="{file2}"
    output:
        out="output/{file1}_{file2}.output"
    shell:
        "paste {input.F1} {input.F2} > {output.out}"

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请注意，如果您的输入文件（a、B、C、D、E）也包含“\u0”，则使用诸如“\u0”之类的糟糕分隔符可能会打乱通配符的确定。我会使用一些您确信不会在文件名中使用的内容（即：“\uuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuu。是的，我想在规则中使用真实名称，但我就是不知道如何为那些{file1}和{file2}分配真实的文件名。哦，是的，我只使用了一个简单的下划线作为分隔符，只是为了使示例尽可能简单，在实际的管道中，我还有其他一些东西。@AGarofoli为什么不使用文件1和2的实际文件名？在本例中，“file1”应为“A”，而“file2”应为“D”，表示“output/A-D.output”。但是您可以设置输入，如

F1=“/full/path/to/my/data/{file1}.which”

。这将保留文件的真实名称。另一种方法是使用结构化文件。请看我的回答：