Loops 尝试创建一个循环，循环将遍历一个列表，并将该列表中的某些字段用作bowtie2命令的一部分

首先，这是我在这里的第一个问题，我刚刚注册，而且我是unix新手，所以如果我做错了什么，请原谅

好的，我有一个像这样的文件叫做fqfiles

216     Slender 216_L8_1.fq.gz  216_L8_2.fq.gz
222     Stumpy  222_L8_1.fq.gz  222_L8_2.fq.gz
218     Slender 218_L8_1.fq.gz  218_L8_2.fq.gz
220     Stumpy  220_L8_1.fq.gz  220_L8_2.fq.gz
221     Stumpy  221_L8_1.fq.gz  221_L8_2.fq.gz
219     Slender 219_L8_1.fq.gz  219_L8_2.fq.gz

我需要做的是为它们中的每一个运行bowtie2命令，其语法如下

bowtie2 -x Trypanosoma_brucei_brucei -1 216_L8_1.fq.gz -2 216_L8_2.fq.gz -S 216Slender.sam

所以我想做的是；对于该文件的每一行，使用第一个和第二个字段作为上面代码的最后一部分，使用文件的第三个和第四个字段作为代码的中间部分

awk '{print $1$2".sam"}' fqfiles
awk '{print -1, $3, -2, $4}' fqfiles

我可以像这样得到这些部分，但我只是很难让它成为一个循环，它将取第一行，取第一行的字段，放入代码中，运行它，然后重新开始下一行，等等

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谁能帮我写这个循环，或者建议我应该怎么做？

使用

read

逐行阅读文件：

读取时-r n s f1 f2；做
bowtie2-x布氏锥虫-1“$f1”-2“$f2”-S“$n$S”
完成<文件

类似于

awk'{print“echo bowtie2-x锥虫_brucei_brucei-1“$3”“-2”“$4”“$1$2.sam”}文件的内容

。一旦您确信正确生成了命令，请删除

echo

并重定向输出以执行cmds，如

awk'{print….}'| bash

。祝你好运