Macros 如何在不首先复制的情况下裁剪ImageJ中的堆栈

Macros 如何在不首先复制的情况下裁剪ImageJ中的堆栈,macros,crop,imagej,roi,zstack,Macros,Crop,Imagej,Roi,Zstack,我使用imageJ对活细胞进行自动显微镜检查 显微镜将工作台置于所需细胞的中心,取一个Z形叠层,并将该叠层传递给imageJ 然后我想使用“分析粒子”输出每个Z切片中的单元面积。(这很有效) 为此,我使用执行以下操作的宏: 选择一个区域 选定的区域堆栈将被复制 堆栈是自动阈值的 为堆栈运行“分析粒子”(排除边界上的对象) 得到了最大面积结果 相应的z片将打印在文件中以供进一步工作 这一切都很好,除了复制步骤对于管道来说太慢。我需要以某种方式避免重复步骤 有没有办法在不首先复制的情况下裁剪堆栈?(

我使用imageJ对活细胞进行自动显微镜检查

显微镜将工作台置于所需细胞的中心,取一个Z形叠层,并将该叠层传递给imageJ

然后我想使用“分析粒子”输出每个Z切片中的单元面积。(这很有效)

为此,我使用执行以下操作的宏:

  • 选择一个区域
  • 选定的区域堆栈将被复制
  • 堆栈是自动阈值的
  • 为堆栈运行“分析粒子”(排除边界上的对象)
  • 得到了最大面积结果
  • 相应的z片将打印在文件中以供进一步工作
  • 这一切都很好,除了复制步骤对于管道来说太慢。我需要以某种方式避免重复步骤

    有没有办法在不首先复制的情况下裁剪堆栈?(目前,除一个切片外,所有切片都会丢失信息)


    或者,我可以只对选定区域应用阈值并分析粒子吗?

    可以在宏中使用
    运行(“裁剪”)遵循适当的选择