Macros 图J：将堆栈另存为动画gif

我有几个共焦显微镜的图像堆栈保存为.lsm，我想写一个宏：

打开文件夹中的图像

制作合成，然后堆叠为RGB，然后设置动画选项

将其作为动画Gif保存到另一个文件夹

到目前为止我所做的：

函数堆栈\u到\u gif（输入、输出、文件名、fps）{
打开（输入+文件名）；
运行（“使复合”）；
运行（“堆栈到RGB”、“切片”）；
运行（“动画选项…”，“速度=fps”）；
运行（“动画Gif…”，“名称=标题=[不使用]可选=[]”+
“图像=[No Disposition]集合=500数字=-1透明度=[No transparency]”+
“红色=0绿色=0蓝色=0索引=0文件名=输出+文件名”）；
另存为（“动画Gif…”，输出+文件名）；
close（）；
}
inputDir=getDirectory（“选择输入位置”）；
outputDir=getDirectory（“选择输出位置”）；
fps=120；
setBatchMode（真）；
list=getFileList（inputDir）；
对于（i=0；i

我知道，在另一个宏中使用这两个底部部分时，它们也可以工作

我的问题是saveAs（“动画Gif…”）部分，因为它不允许我保存RGB类型，即使我手动保存时它也可以工作

到目前为止，我尝试的是：

• 在saveAs中使用相同的run（“动画GIF…”）选项（“动画GIF…”）
• 使用其中一个，但不能同时使用两个
• 使用run（“8位”）；在动画选项之后，该选项有效（但我丢失了颜色）

让我恼火的是，当我手动操作时，它工作得非常好，但我收到了错误消息

若要另存为动画GIF，必须通过“图像>类型>8位颜色”命令将堆栈转换为8位索引颜色

我不知道为什么我自己做的时候不会发生这种事

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谢谢您的帮助。

当我使用宏录制器（插件>宏>录制…）录制与文件>另存为>动画Gif…）对应的命令时，我得到以下命令：

run（“动画Gif…”，“name=[my new name]set_global_lookup_table_options=[dot use]optional=[]image=[No dispose]set=20 number=-1 transparency=[No transparency]red=0 green=0 blue=0 index=0 filename=/usr/temp/Animated.Gif”）；

在您的命令中，部分

name=title=[请勿使用]

似乎是错误的。如果要使用当前图像标题，请使用字符串连接插入变量的内容：

run（“动画Gif…”，“name=[“+myTitle+”]set_global_lookup_table_options=[请勿使用]可选=[]image=[无处理]set=20 number=-1透明度=[无透明度]红色=0绿色=0蓝色=0索引=0文件名=/usr/temp/Animated.Gif”）；

但是无论如何，

name

参数是不需要的，因为它将被包含整个文件路径的

filename

参数覆盖，所以您可以安全地将其保留

同样，可以省略与默认值相同的任何参数。在我的测试中，这同样有效：

run（“动画Gif…”，“set=20文件名=/usr/temp/Animated.Gif”）；

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注意：保存动画GIF时，播放速度完全由设置延迟（以毫秒为单位）参数决定（在我的示例中，

Set=20

），因此运行

run（“动画选项…”，“速度=fps”）对保存的文件没有影响。（参见。关于这一点，似乎已经过时/错误。请自行更正文档，这是一个wiki。）
我们也遇到了同样的问题。您需要将“设置\全局\查找\表格\选项”中的选项从[不使用]更改为[从当前图像加载]。此函数将z堆栈保存为动画gif格式，延迟为50us（设置为50），并且可以解决颜色问题

function animated_gifZ(input, output, filename)
{
open(input + filename);
run("RGB Color", "slices");
run("8-bit Color", "number=256");
run("Animated Gif ... ", "set_global_lookup_table_options=[Load from Current Image]" +
"optional=[] image=[No Disposal] set=50 number=-1 transparency=[No Transparency]" +
"red=0 green=0 blue=0 index=0 filename=output+filename");
saveAs("Animated Gif...", output+filename);
close();
}

如果您想加快速度，可以使用：

function gifZ(input, output, filename)
{
open(input + filename);
run("RGB Color", "slices");
run("8-bit Color", "number=256");
run("Properties...", "frame=[0.1 sec]");
saveAs("Gif", output+filename);
close();
}

希望能有帮助
 关于ImageJ的使用和与ImageJ和斐济插件相关的特定命令的问题最好直接提交给，在那里，ImageJ专家更有可能阅读和回答这些问题。