Matlab分段冲突和内存断言失败

我正在使用Matlab2016b的Sun Grid引擎上并行运行多个Matlab作业。在我的个人macbook上，我正在运行Matlab2016a。该脚本正在进行一些MRI图像处理，每个作业都使用一组不同的参数，以便我可以对图像处理例程进行参数优化

但是，大约一半的作业会崩溃，原因可能是分段冲突、malloc.c内存断言失败（“‘您可能修改了不属于您的内存’”）或HDF5-DIAG出现错误，然后是分段冲突

一些观察

这些错误并不总是发生在相同的作业或相同的作业中 功能，但崩溃发生在多个作业组中，其中一个组中的作业在另一个组中的一分钟内崩溃

我不再使用动态数组，而是预先分配我的 数组。如果阵列太小，我会用 例如

cat（数组，零（12000））

这些工作在一定程度上利用了资源 相同的计算，以便他们可以共享数据。我先做这个 检查数据是否已由其他作业生成。如果是的话 尝试使用while循环以最大尝试次数加载它 暂停1秒（因为当另一个作业启动时可能会失败） 仍在写入文件，如果它稍等并重试，则可能会 成功）。如果在最大尝试次数后加载失败 或者，如果数据尚不存在，则此作业将执行 所需的计算并尝试保存数据。如果数据是 同时由另一个作业保存，则此作业不保存 再也没有数据了

我没有使用任何C/C++或MEX文件

我用Matlab2016a在我自己的笔记本电脑上测试了一些作业的子集，用Matlab2016b在linux计算机上测试了一些作业，这些都很好。但同样，问题只在几百次（总共500次迭代）之后出现，我没有在自己的计算机上运行完整的模拟，但由于时间限制，只有大约20次迭代

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你对此有进一步的了解吗？在使用统计和机器学习工具箱（我粘贴）时，我观察到非常类似的问题。撞车时有发生。任务越大，发生的可能性就越大。我使用的集群运行的是CentOS 7.4和Matlab 9.1（R2016b）Hi@normanius，最后我重新构造了代码，以防止不同线程同时读取/写入文件（我以前有过这种情况，但我认为我已经用旋转锁解决了）。这可能是并发性的问题，但还不确定，因为我做了很多重构，还有很多其他的事情也改变了。。。你观察到系统性的争吵吗？谢谢你的回答。我发现在批处理系统上提交作业时请求更多内存可以解决我的问题。Matlab只是耗尽了内存，因此在malloc中出现了故障。我平均使用的Matlab函数不会消耗大量内存，但可能会显示较大的峰值，这取决于训练收敛的程度。输入数据的随机化有时会导致我观察到的行为。但你可能也是对的。我还观察到与并发访问公共资源相关的问题，特别是在启动Matlab时。但我不确定这是否与我最近遇到的问题有关。你对此有进一步的了解吗？在使用统计和机器学习工具箱（我粘贴）时，我观察到非常类似的问题。撞车时有发生。任务越大，发生的可能性就越大。我使用的集群运行的是CentOS 7.4和Matlab 9.1（R2016b）Hi@normanius，最后我重新构造了代码，以防止不同线程同时读取/写入文件（我以前有过这种情况，但我认为我已经用旋转锁解决了）。这可能是并发性的问题，但还不确定，因为我做了很多重构，还有很多其他的事情也改变了。。。你观察到系统性的争吵吗？谢谢你的回答。我发现在批处理系统上提交作业时请求更多内存可以解决我的问题。Matlab只是耗尽了内存，因此在malloc中出现了故障。我平均使用的Matlab函数不会消耗大量内存，但可能会显示较大的峰值，这取决于训练收敛的程度。输入数据的随机化有时会导致我观察到的行为。但你可能也是对的。我还观察到与并发访问公共资源相关的问题，特别是在启动Matlab时。但我不确定这是否与我最近遇到的问题有关。