Merge 在snakemake中合并vcf文件

运行变量调用后，我只想合并特定的输出，如

d

所示。 这给了我一个丢失输入文件的

错误。如何解决这个问题

d = {"bob": ["bob:0-10.view.filtered.vcf", "bob:10-20.view.filtered.vcf"]
     "ann": ["ann:0-20.view.filtered.vcf", "ann:20-30.view.filtered.vcf"]}

rule varcall:
    input:
        ref="reference.fasta",
        bam="bam_list"
    output:
        outf ="var/{chr}.view.filtered.vcf"
    shell:
        """
        freebayes -r {wildcards.chr} -f {input.ref} --bam-list {input.bam} -v {output.outf}
        """

wildcard_constraints:
    chromosome = "|".join(chromosomes)

rule merge:
    input:
        lambda w: d[w.chromosome]
    output:
        outf = "merged/{chromosome}.vcf"
    params:
        lambda w: "I=" + " I=".join(d[w.chromosome])
    shell:
        "java -jar picard.jar GatherVcfs {params[0]} O={output.outf}"

varcall
的输出为

outf ="var/{chr}.view.filtered.vcf"

因此，字典
d
可能应该包括目录
var
：

d = {"bob": ["var/bob:0-10.view.filtered.vcf", "var/bob:10-20.view.filtered.vcf"]
     "ann": ["var/ann:0-20.view.filtered.vcf", "var/ann:20-30.view.filtered.vcf"]}

请发布更多关于错误的信息，最好是一个可复制的示例对不起，我在文件夹名称中犯了一个愚蠢的打字错误现在它工作了：）非常感谢！