创建mysql表并加载数据

我面临一个问题

我有这些数据。数据存储在gene_ontology.txt中，该文件从以下文件中提取： 在该数据中，第二列中有多个字符串“-”、“，”，以及字符串和数字之间的空格

要举例说明数据，请执行以下操作：

GO:0000001,mitochondrion inheritance
GO:0000002,mitochondrial genome maintenance
GO:0000003,reproduction
GO:0000005,ribosomal-chaperone activity
GO:0000006,high affinity zinc uptake transmembrane transporter......

我想在我创建的表中插入该数据，如下所示：

mysql> create table annotation
    -> (GOid VARCHAR(255) NOT NULL,
    -> FUNCTION TEXT NOT NULL,
   -> PRIMARY KEY goid (goid));

当我加载时：

LOAD DATA LOCAL INFILE 'gene_ontology.txt' INTO TABLE annotation FIELDS TERMINATED BY ',' LINES TERMINATED BY '\n';

Query OK, 26077 rows affected, 1639 warnings (0.89 sec)
Records: 26083  Deleted: 0  Skipped: 6  Warnings: 1639  (<- LOADING GAVE ME WARNING AND SKIPPED RESULTS)

表现良好

+-------------+
| GOid        |
+-------------+
|  GO:0000001 |
|  GO:0000002 |
|  GO:0000003 |
|  GO:0000005 |
|  GO:0000006 |
+-------------+

但是，问题是当我选择两列时：

mysql> SELECT GOid, FUNCTION FROM annotation LIMIT 10;

+-------------+----------------------------------------------------------------+
| GOid        | FUNCTION                                                        |
+-------------+----------------------------------------------------------------+
                                     |nce
                              |enome maintenance
                                                  |
                                  | activity
  |GO:0000006 | high affinity zinc uptake transmembrane transporter activity
      |000007 | low-affinity zinc ion transmembrane transporter activity
                                               |
|  GO:0000009 | alpha-1                                                        |
                     |hexaprenyltranstransferase activity
                                       |
+-------------+----------------------------------------------------------------+

或者只有第二个：

 +----------------------------------------------------------------+
 | FUNCION                                                        |
 +----------------------------------------------------------------+
                                      |
                               |nce
                                                  |
                                  |
 |igh affinity zinc uptake transmembrane transporter activity
 |ffinity zinc ion transmembrane transporter activity
                                                   |
 | alpha-1                                                        |
                     |stransferase activity
                                           |
 +----------------------------------------------------------------+

我不知道发生了什么事。 为了解决这个问题，我尝试改变“函数”的类型，使用长文本和BLOB。 我做了这些更改，因为我认为问题在于第二列（函数）的类型。

---

但我没有成功。

问题似乎是第二列文本之间的逗号“，”有问题

尝试将整个文件作为固定宽度加载到

表a

中的一列中。然后使用

substr（）

将第一个字段放入第二个表

TableB的

column1，而将第二个字段放入column2

---

这可能会加载数据，您可以进一步分析数据以改进加载过程。

问题似乎在于第二列文本之间的逗号“，”

尝试将整个文件作为固定宽度加载到

表a

中的一列中。然后使用

substr（）

将第一个字段放入第二个表

TableB的

column1，而将第二个字段放入column2

---

这可能会加载数据，您可以进一步分析数据以改进加载过程。

您可以输出

head gene\u ontology.txt

。通过编辑功能添加您的帖子，功能？哪个？请注意，8.0.1中保留了该功能。您可以输出

head gene\u ontology.txt

。通过编辑功能添加您的帖子，功能？哪个？请注意，该功能在8.0.1中被保留

 +----------------------------------------------------------------+
 | FUNCION                                                        |
 +----------------------------------------------------------------+
                                      |
                               |nce
                                                  |
                                  |
 |igh affinity zinc uptake transmembrane transporter activity
 |ffinity zinc ion transmembrane transporter activity
                                                   |
 | alpha-1                                                        |
                     |stransferase activity
                                           |
 +----------------------------------------------------------------+