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Octave 从源代码构建八度音阶-ATLAS是否正确包含在八度音阶中。/configure script？

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Octave 从源代码构建八度音阶-ATLAS是否正确包含在八度音阶中。/configure script？,octave,configure,atlas,Octave,Configure,Atlas,我从源代码中构建八度音阶，以便包含ATLAS库。我把它们包括进去了吗？我不知道该从Octave配置脚本中得到什么。我发现“-llapack”的通用性令人怀疑 /configure--with-lapack=/usr/local/atlas Source directory: . Installation prefix: /usr/local C compiler: gcc -Wall -W -Wshadow

我从源代码中构建八度音阶，以便包含ATLAS库。我把它们包括进去了吗？我不知道该从Octave配置脚本中得到什么。我发现“-llapack”的通用性令人怀疑

/configure--with-lapack=/usr/local/atlas

  Source directory:            .
  Installation prefix:         /usr/local
  C compiler:                  gcc   -Wall -W -Wshadow -Wformat -Wpointer-arith -Wmissing-prototypes -Wstrict-prototypes -Wwrite-strings -Wcast-align -Wcast-qual -g -O2 -pthread
  C++ compiler:                g++   -Wall -W -Wshadow -Wold-style-cast -Wformat -Wpointer-arith -Wwrite-strings -Wcast-align -Wcast-qual -g -O2 -pthread
  Fortran compiler:            gfortran -O
  Fortran libraries:            -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.8 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.8/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.8/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.8/../../.. -lgfortran -lm -lquadmath
  Lex libraries:               
  LIBS:                        -lutil -lm  
  ...
  HDF5 libraries:              -lhdf5
  Java home:                   /usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64
  Java JVM path:               /usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/jre/lib/amd64/server
  Java CPPFLAGS:               -I/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/include -I/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/include/linux
  Java libraries:              
  LAPACK libraries:            -llapack
  LLVM CPPFLAGS:               
  LLVM LDFLAGS:                
  LLVM libraries:              
  Magick++ CPPFLAGS:           -I/usr/include/GraphicsMagick  
  Magick++ LDFLAGS:             
  Magick++ libraries:          -lGraphicsMagick++ -lGraphicsMagick  
  ...

allusers@vbubuntu：~/Downloads/octave-3.8.1$ll-R/usr/local/atlas/

/usr/local/atlas/:
total 16
drwxr-xr-x  4 root root 4096 May 25 23:01 ./
drwxr-xr-x 13 root root 4096 May 25 23:01 ../
drwxr-xr-x  3 root root 4096 May 25 23:01 include/
drwxr-xr-x  2 root root 4096 May 25 23:01 lib/

/usr/local/atlas/include:
total 60
drwxr-xr-x 3 root root  4096 May 25 23:01 ./
drwxr-xr-x 4 root root  4096 May 25 23:01 ../
drwxr-xr-x 2 root root  4096 May 25 23:01 atlas/
-rw-r--r-- 1 root root 33962 May 25 23:06 cblas.h
-rw-r--r-- 1 root root  9708 May 25 23:06 clapack.h

/usr/local/atlas/include/atlas:
total 604
drwxr-xr-x 2 root root  4096 May 25 23:01 ./
drwxr-xr-x 3 root root  4096 May 25 23:01 ../
-rw-r--r-- 1 root root  2089 May 25 23:06 atlas_buildinfo.h
-rw-r--r-- 1 root root    90 May 25 23:06 atlas_cacheedge.h
...
-rw-r--r-- 1 root root  2716 May 25 23:06 zmm.h
-rw-r--r-- 1 root root   552 May 25 23:06 zXover.h

/usr/local/atlas/lib:
total 26548
drwxr-xr-x 2 root root     4096 May 25 23:01 ./
drwxr-xr-x 4 root root     4096 May 25 23:01 ../
-rw-r--r-- 1 root root 14165306 May 25 23:06 libatlas.a
-rw-r--r-- 1 root root   455844 May 25 23:06 libcblas.a
-rw-r--r-- 1 root root   572392 May 25 23:06 libf77blas.a
-rw-r--r-- 1 root root 10942494 May 25 23:06 liblapack.a
-rw-r--r-- 1 root root   456426 May 25 23:06 libptcblas.a
-rw-r--r-- 1 root root   572788 May 25 23:06 libptf77blas.a
allusers@vbubuntu:~/Downloads/octave-3.8.1$
其他信息：

在配置文件中滥发echo语句后，我注意到以下几点：

这一行：

$as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $cheev in $LAPACK_LIBS" >&5
包含正确的$LAPACK_LIBS变量（我传入的那个）。这一行似乎是在我所讲的lapack库中找到某些东西的第一次失败：

if ac_fn_c_try_link "$LINENO"; then :
就在这一行之前，我看到配置文件定义了一些c代码，我相信它正在运行这些代码，以确定库中是否找到了任何“cheeve”

checking for cheev_ in /usr/local/atlas/lib/... no
checking for cheev_... no
checking for cheev_ in -llapack... yes
配置脚本

cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
/* end confdefs.h.  */

/* Override any GCC internal prototype to avoid an error.
   Use char because int might match the return type of a GCC
   builtin and then its argument prototype would still apply.  */
#ifdef __cplusplus
extern "C"
#endif
char $cheev ();
#ifdef F77_DUMMY_MAIN

#  ifdef __cplusplus
     extern "C"
#  endif
   int F77_DUMMY_MAIN() { return 1; }

#endif
int
main ()
{
return $cheev ();
  ;
  return 0;
}
_ACEOF

cat confdefs.h-好吧，我想我是在马拉松式的调试之后解决的

Octave似乎无法识别atlas库，除非它们采用共享格式（.so文件不是默认生成的.a文件）

当我使用添加的
--shared
选项构建ATLAS并引用ATLAS生成的.so文件时，Octave配置脚本接受它们。注意：如果需要多线程库，请确保使用libtatlas.so，而不是libsatlas.so


checking for cheev_ in /usr/local/atlas/lib/... no
checking for cheev_... no
checking for cheev_ in -llapack... yes


参考资料：

ATLAS./configure参数：


../configure --shared -b 64 -D c -DPentiumCPS=3000 --with-netlib-lapack-tarfile=/home/allusers/Downloads/lapack-3.5.0.tgz



./configure --with-lapack=/usr/local/atlas/lib/libtatlas.so --with-blas=/usr/local/atlas/lib/libtatlas.so


倍频程./配置参数：


../configure --shared -b 64 -D c -DPentiumCPS=3000 --with-netlib-lapack-tarfile=/home/allusers/Downloads/lapack-3.5.0.tgz



./configure --with-lapack=/usr/local/atlas/lib/libtatlas.so --with-blas=/usr/local/atlas/lib/libtatlas.so


预期倍频程
/configure
输出：


...
BLAS libraries:              /usr/local/atlas/lib/libtatlas.so
...
LAPACK libraries:            /usr/local/atlas/lib/libtatlas.so
...



...
BLAS libraries:              -lblas
...
LAPACK libraries:            -llapack
...


不正确的倍频程
/configure
输出：


...
BLAS libraries:              /usr/local/atlas/lib/libtatlas.so
...
LAPACK libraries:            /usr/local/atlas/lib/libtatlas.so
...



...
BLAS libraries:              -lblas
...
LAPACK libraries:            -llapack
...


ATLAS和Octave的完整构建过程：


ATLAS setup:
    bunzip2 -c atlas3.10.x.tar.bz2 | tar xfm -
    mv ATLAS atlas3.10.1
    cd atlas3.10.1
    mkdir build_vbubuntu
    cd build_vbubuntu
    sudo apt-get install gfortran f2c libcnf-dev            # ???
    ../configure --shared -b 64 -D c -DPentiumCPS=3000 --with-netlib-lapack-tarfile=/home/allusers/Downloads/lapack-3.5.0.tgz
    make build
    make check      # test serial routines
    make ptcheck    # check parallel routines
    make time
    sudo make install

Octave setup:
    sudo apt-get build-dep octave
    ./configure --with-lapack=/usr/local/atlas/lib/libtatlas.so --with-blas=/usr/local/atlas/lib/libtatlas.so
    sudo make install



充分披露：虽然我写了这个答案，因为我得到了八度音阶，承认atlas库存在（我不想忘记以后再写），但最终结果仍然不起作用，大规模矩阵乘法不使用多核。因此，如果问题的原因与此相关，我可能会在将来重新编辑此答案。
我成功尝试在CENTOS上编译倍频程（3.8.2），包括atlas：
（确保移除blas-devel和lapack-devel，以防万一）


建造它，看看是否一切顺利。您可以看到至少启用了
-llapack
。我构建了它，但我认为它使用默认的lapack库（例如单线程），因为当我执行大型矩阵乘法运算时，我仍然只看到一个线程工作。我甚至不知道如何验证它使用的是ATLAS库还是它找到的其他库。我之前在Ubuntu软件包管理器中安装了octave，因此我认为默认的标准库也可以在系统的某个地方使用。Grep构建日志以查看是否可以在某个地方找到
/usr/local/atlas
。我对这个过程不够熟悉，无法找到“构建日志”，你能告诉我我在找什么吗？我使用的是Ubuntu系统。在我运行make&configure的目录中没有看到任何内容，在/var/logs中也没有看到明显的内容。是由
configure
生成的，还是由
确保生成的。首先运行
makeclean
，然后运行
make2>&1 | tee build.log
。这将生成文件
build.log
，供您grep“atlas”。