Parsing 替换“的每个实例”&燃气轮机&引用；加上&燃气轮机；{InstanceNumber}”；

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.fasta

文件的背景，每隔一行从第一行开始，以

开头，然后是标题名。文件中没有其他地方可以找到

。由于有时合并2个fasta文件会导致非唯一的头名称，所以我需要一个简单的脚本，使每个头名称都是唯一的

我有：

for i in {1..4013}; do awk '/>/{c++;if(c=='"$i"'){sub(">",">'"$i"'_")}}1' Combined_Pass_2D_nanocorrect_round1_renamed.fasta > tmp.fasta; \ 
rm -rf Combined_Pass_2D_nanocorrect_round1_renamed.fasta; \ 
mv tmp.fasta Combined_Pass_2D_nanocorrect_round1_renamed.fasta; done

你可能猜到这需要很长时间，但它确实起到了作用。我使用

grep-c

查找标题的数量，并确定它是4013

---

有没有更快捷的方法？

您的方法会针对每一次替换，遍历整个fasta文件。对于这样的输入文件：

>header
ATGC
>another header
TACG
>and still another header
ATCG

您可以直接使用awk：

$ awk '/^>/{sub(/^>/, sprintf(">%04d_", ++i))}1' infile.fasta
>0001_header
ATGC
>0002_another header
TACG
>0003_and still another header
ATCG

我给这个数字加了零填充。如果您不想这样做，您必须从

sprintf

语句中删除

04

---

此命令只检查一行是否以

开头，如果以

开头，则会增加一个计数器，将其附加到

中，添加一个下划线并打印该行（命令末尾的一行

1

）。

每次替换，您的方法都会遍历整个fasta文件。对于这样的输入文件：

>header
ATGC
>another header
TACG
>and still another header
ATCG

您可以直接使用awk：

$ awk '/^>/{sub(/^>/, sprintf(">%04d_", ++i))}1' infile.fasta
>0001_header
ATGC
>0002_another header
TACG
>0003_and still another header
ATCG

我给这个数字加了零填充。如果您不想这样做，您必须从

sprintf

语句中删除

04

---

此命令仅检查一行是否以

开头，如果以

开头，则增加一个计数器，将其附加到

中，添加下划线并打印该行（命令末尾的一行

1

）

是否可以添加相同的示例行，它们在转换之前是什么样子，以及转换之后应该是什么样子？每次编写shell循环只是为了操纵文本时，您的方法都是错误的。请看。您是否可以添加相同的示例行，它们在转换前的外观以及转换后的外观？每次编写shell循环只是为了处理文本时，您的方法都是错误的。看见