Perl 通过拆分字符串填充数组

我正在尝试将字符串转换为基于空格分隔符的数组

我的输入文件如下所示：

>Reference
nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctcACCATGGTGTCGACTC
TTCTATGGAAACAGCGTGGATGGCGTCTCCAGGCGATCTGACGGTTCACTAAACGAGCTC

忽略以

开头的行，字符串其余部分的长度为360

我正在尝试将其转换为数组

以下是我目前的代码：

#!/usr/bin/perl

use strict;
use warnings;

#### To to change bases with less than 10X coverage to N #####

#### Take depth file and consensus fasta file as input arguments ####

my ($in2) = @ARGV;

my $args = $#ARGV + 1;

if ( $args != 1 ) {
    print "Error!!! Insufficient Number of Argumrnts\n";
    print "Usage: $0 <consensus fasta file> \n";
}

#### Open a filehandle to read in consensus fasta file ####

    my $FH2;
    my $line;
    my @consensus;
    my $char;

    open($FH2, '<', $in2) || die "Could not open file $in2\n";

    while ( <$FH2> ) {
        $line = $_;
        chomp $line;
        next if $line =~ />/; # skip header line 
        $line =~ s/\s+//g;

        my $len = length($line);
        print "$len\n";
        #print "$line";

        @consensus = split(// , $line);
        print "$#consensus\n";
        #print "@consensus\n";

        #for $char (0 .. $#consensus){
    #   print "$char: $consensus[$char]\n";
     #   }
    }

#/usr/bin/perl
严格使用；
使用警告；
####将覆盖范围小于10倍的碱基更改为N#####
####将深度文件和一个文件作为输入参数####
我的（$in2）=@ARGV；
我的$args=$#ARGV+1；
如果（$args！=1）{
打印“错误！！！参数数量不足\n”；
打印“用法：$0\n”；
}
####打开文件句柄以读入文件####
我的$FH2；
我的美元线；
我的"共识",；
我的$char；
open（$FH2，看起来您的代码基本上正常工作。只是您的检查逻辑毫无意义。我将执行以下操作：

use strict;
use warnings;

if (@ARGV != 1) {
    print STDERR "Usage: $0 <consensus fasta file>\n";
    exit 1;
}

open my $fh, '<', $ARGV[0] or die "$0: cannot open $ARGV[0]: $!\n";

my @consensus;
while (my $line = readline $fh) {
    next if $line =~ /^>/;

    $line =~ s/\s+//g;
    push @consensus, split //, $line;
}

print "N = ", scalar @consensus, "\n";

使用严格；
使用警告；
如果（@ARGV！=1）{
打印标准“用法：$0\n”；
出口1；
}
打开我的$fh，'您说您想“将字符串转换为基于空格分隔符的数组”但是，您编写的代码在选项卡上拆分。此外，我看不到这些空格/选项卡在示例输入数据中的位置。您也不会删除以
开头的标题行。您好，我添加了代码以删除标题，如果$line=~/>/，则下一个标题将被删除。此外，我将编辑我的代码，以便您能够清楚地了解我正在尝试的内容正在处理。输入文件每行有60个字符。我尝试删除回车符，\r、换行符\n但没有效果。它仍然读取一行并将其存储为数组索引，这不是我想要的。我希望输入行的每个字符都存储为数组元素。
my$args=$\ARGV+1；
是一种比较模糊的wri方法te
my$args=@ARGV；
@Callie:所以您实际上并不是在“尝试将字符串转换为基于空格分隔符的数组”？我认为您需要
push@consenses，split//，$line
。数组只有在
while
循环结束后才能完成。
warn
优于
print STDERR
，因为它是可挂钩的。而且，更短