Perl 在安装conda软件包期间更新@INC变量

我正在尝试安装Perl模块的conda包。到目前为止，我能够使用

conda build

创建包。为此，我有一个包含

build.sh

和

meta.yaml

文件的配方

然后我使用

conda install

在一个新环境中安装它，我希望能够运行我刚刚安装的Perl模块中的一些Perl脚本

所有这些步骤都很有效，但当我运行一些脚本时，我会出现一个错误，即：

在@INC中找不到PMP/util.pm（您可能需要安装PMP:：util模块）（@INC包含：/.autofs/home/antoine/anaconda2/envs/testCustomChannel/lib/site_perl/5.26.2/x86_64-linux-thread-multi/.autofs/home/antoine/anaconda2/envs/testCustomChannel/lib/site_perl/5.26.2/.autofs/home/antoine/anaconda2/envs/testCustomChannel/lib/5.26.2/envs/testCustomChannel/lib/5.26.2/x86-linux-thread-multi/.autofs/home/antoine/antoine/anaconda2/testconda2/testconda2.2。）

正如您所看到的，当我执行Perl时，Perl模块中的某些模块似乎无法识别。我知道要解决此问题，我可以修改@INC变量，并将bin/添加到PATH中，将lib/添加到PERL5LIB中，但我需要在模块安装期间将此过程自动化

我真的不知道应该在哪里修改环境变量。例如，在创建包的过程中，通过在

build.sh

中添加一些东西？或者我应该在安装过程中管理它，如果是，我该如何做

如有任何建议，将不胜感激

谢谢

编辑：

meta.yaml=>

{% set name = "module_name" %}
{% set version = "0.8.3" %}

package:
  name: "{{ name }}"
  version: "{{ version }}"

source:
  git_url: ssh://git@adress/bspcore/perl_module.git

build:
  number: 0

requirements:
  host:
    - perl
    - perl-extutils-makemaker
  run:
    - perl

about:
  home: xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
  license: xxx
  license_family: xxx
  summary: xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx

#!/bin/bash
if [ -f Build.PL ]; then
    perl Build.PL
    perl ./Build
    # Make sure this goes in site
    perl ./Build install --installdirs site
elif [ -f Makefile.PL ]; then
    # Make sure this goes in site
    perl Makefile.PL INSTALLDIRS=site
    make
    make install
else
    echo 'Unable to find Build.PL or Makefile.PL. You need to modify build.sh.'
    exit 1
fi

chmod u+rwx $PREFIX/bin/*
echo "${PREFIX}"

Build.sh=>

{% set name = "module_name" %}
{% set version = "0.8.3" %}

package:
  name: "{{ name }}"
  version: "{{ version }}"

source:
  git_url: ssh://git@adress/bspcore/perl_module.git

build:
  number: 0

requirements:
  host:
    - perl
    - perl-extutils-makemaker
  run:
    - perl

about:
  home: xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
  license: xxx
  license_family: xxx
  summary: xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx

#!/bin/bash
if [ -f Build.PL ]; then
    perl Build.PL
    perl ./Build
    # Make sure this goes in site
    perl ./Build install --installdirs site
elif [ -f Makefile.PL ]; then
    # Make sure this goes in site
    perl Makefile.PL INSTALLDIRS=site
    make
    make install
else
    echo 'Unable to find Build.PL or Makefile.PL. You need to modify build.sh.'
    exit 1
fi

chmod u+rwx $PREFIX/bin/*
echo "${PREFIX}"

编辑2:

---

另一个可以帮助你们更好地理解我的情况的编辑。我刚刚意识到，当我构建包时，我的perl模块的lib文件夹（其中我有

PMP:：util

）位于

lib/site\u perl/5.26.0/perl\u module

下。我非常确定，如果我能够直接将它安装在

lib/

文件夹下，它将解决此问题。但是，我不确定如何修改build.sh文件以修改我们构建perl模块的位置。

以下是一个简单的示例，说明如何创建一个安装perl模块（取决于CPAN模块）的conda包，这可能会帮助您解决问题：

在Linux上安装miniconda 创建包： perl hello/meta.yaml：

package:
  name: perl-hello3
  version: "1.0"

source:
  path: ../src # NOTE: if you had put "src" in same folder as "meta.yaml", 
               # conda-build would have include the src folder in info/recipe in 
               # the generated package. It is not necessary to include  the 
               # source code in the generated package.

requirements:
  build:
    - perl >= 5.22
    - make

  run:
    - perl >= 5.22

about:
  license: Artistic
  summary: Simple perl function

$ tree ../src
../src
├── lib
│   └── My
│       └── Module.pm
└── Makefile.PL

use utf8;
use ExtUtils::MakeMaker;

WriteMakefile(
    MIN_PERL_VERSION => 5.022000,
    NAME             => 'My::Module',
    VERSION_FROM     => 'lib/My/Module.pm',
    PREREQ_PM        =>
    {
        'ExtUtils::MakeMaker' => '7.12',
        'Data::Dump'          => 0,
    },
    ABSTRACT_FROM    => 'lib/My/Module.pm',
    AUTHOR           => 'Håkon Hægland <hakon.hagland@gmail.com>',
    LICENSE          => 'perl',
);

package My::Module;
our $VERSION = 0.01;
use strict;
use warnings;
use Exporter qw(import);

our @EXPORT = qw(hello);
our @EXPORT_OK = @EXPORT;

use Data::Dump;
sub hello {
    print "Hello world!\n";
    my $str = "Testing Perl module Data::Dump";
    dd $str;
}
1;

# PERL_MM_USE_DEFAULT=1  -> automatically answer "yes" on config questions
PERL_MM_USE_DEFAULT=1 cpan App::cpanminus
perl ${PREFIX}/bin/cpanm Data::Dump
perl Makefile.PL INSTALLDIRS=site
make
make install

。/src/：

package:
  name: perl-hello3
  version: "1.0"

source:
  path: ../src # NOTE: if you had put "src" in same folder as "meta.yaml", 
               # conda-build would have include the src folder in info/recipe in 
               # the generated package. It is not necessary to include  the 
               # source code in the generated package.

requirements:
  build:
    - perl >= 5.22
    - make

  run:
    - perl >= 5.22

about:
  license: Artistic
  summary: Simple perl function

$ tree ../src
../src
├── lib
│   └── My
│       └── Module.pm
└── Makefile.PL

use utf8;
use ExtUtils::MakeMaker;

WriteMakefile(
    MIN_PERL_VERSION => 5.022000,
    NAME             => 'My::Module',
    VERSION_FROM     => 'lib/My/Module.pm',
    PREREQ_PM        =>
    {
        'ExtUtils::MakeMaker' => '7.12',
        'Data::Dump'          => 0,
    },
    ABSTRACT_FROM    => 'lib/My/Module.pm',
    AUTHOR           => 'Håkon Hægland <hakon.hagland@gmail.com>',
    LICENSE          => 'perl',
);

package My::Module;
our $VERSION = 0.01;
use strict;
use warnings;
use Exporter qw(import);

our @EXPORT = qw(hello);
our @EXPORT_OK = @EXPORT;

use Data::Dump;
sub hello {
    print "Hello world!\n";
    my $str = "Testing Perl module Data::Dump";
    dd $str;
}
1;

# PERL_MM_USE_DEFAULT=1  -> automatically answer "yes" on config questions
PERL_MM_USE_DEFAULT=1 cpan App::cpanminus
perl ${PREFIX}/bin/cpanm Data::Dump
perl Makefile.PL INSTALLDIRS=site
make
make install

。/src/Makefile.PL：

package:
  name: perl-hello3
  version: "1.0"

source:
  path: ../src # NOTE: if you had put "src" in same folder as "meta.yaml", 
               # conda-build would have include the src folder in info/recipe in 
               # the generated package. It is not necessary to include  the 
               # source code in the generated package.

requirements:
  build:
    - perl >= 5.22
    - make

  run:
    - perl >= 5.22

about:
  license: Artistic
  summary: Simple perl function

$ tree ../src
../src
├── lib
│   └── My
│       └── Module.pm
└── Makefile.PL

use utf8;
use ExtUtils::MakeMaker;

WriteMakefile(
    MIN_PERL_VERSION => 5.022000,
    NAME             => 'My::Module',
    VERSION_FROM     => 'lib/My/Module.pm',
    PREREQ_PM        =>
    {
        'ExtUtils::MakeMaker' => '7.12',
        'Data::Dump'          => 0,
    },
    ABSTRACT_FROM    => 'lib/My/Module.pm',
    AUTHOR           => 'Håkon Hægland <hakon.hagland@gmail.com>',
    LICENSE          => 'perl',
);

package My::Module;
our $VERSION = 0.01;
use strict;
use warnings;
use Exporter qw(import);

our @EXPORT = qw(hello);
our @EXPORT_OK = @EXPORT;

use Data::Dump;
sub hello {
    print "Hello world!\n";
    my $str = "Testing Perl module Data::Dump";
    dd $str;
}
1;

# PERL_MM_USE_DEFAULT=1  -> automatically answer "yes" on config questions
PERL_MM_USE_DEFAULT=1 cpan App::cpanminus
perl ${PREFIX}/bin/cpanm Data::Dump
perl Makefile.PL INSTALLDIRS=site
make
make install

build.sh：

package:
  name: perl-hello3
  version: "1.0"

source:
  path: ../src # NOTE: if you had put "src" in same folder as "meta.yaml", 
               # conda-build would have include the src folder in info/recipe in 
               # the generated package. It is not necessary to include  the 
               # source code in the generated package.

requirements:
  build:
    - perl >= 5.22
    - make

  run:
    - perl >= 5.22

about:
  license: Artistic
  summary: Simple perl function

$ tree ../src
../src
├── lib
│   └── My
│       └── Module.pm
└── Makefile.PL

use utf8;
use ExtUtils::MakeMaker;

WriteMakefile(
    MIN_PERL_VERSION => 5.022000,
    NAME             => 'My::Module',
    VERSION_FROM     => 'lib/My/Module.pm',
    PREREQ_PM        =>
    {
        'ExtUtils::MakeMaker' => '7.12',
        'Data::Dump'          => 0,
    },
    ABSTRACT_FROM    => 'lib/My/Module.pm',
    AUTHOR           => 'Håkon Hægland <hakon.hagland@gmail.com>',
    LICENSE          => 'perl',
);

package My::Module;
our $VERSION = 0.01;
use strict;
use warnings;
use Exporter qw(import);

our @EXPORT = qw(hello);
our @EXPORT_OK = @EXPORT;

use Data::Dump;
sub hello {
    print "Hello world!\n";
    my $str = "Testing Perl module Data::Dump";
    dd $str;
}
1;

# PERL_MM_USE_DEFAULT=1  -> automatically answer "yes" on config questions
PERL_MM_USE_DEFAULT=1 cpan App::cpanminus
perl ${PREFIX}/bin/cpanm Data::Dump
perl Makefile.PL INSTALLDIRS=site
make
make install

请注意，我使用

perl${PREFIX}/bin/cpanm

运行了

cpanm

。我无法简单地以

cpanm

的形式运行它，有关更多信息，请参阅

构建包 （记下生成的输出，并确定生成包的路径。在我的情况下，路径名为：

/home/hakon/miniconda3/conda-bld/linux-64/perl-hello3-1.0-pl526_0.tar.bz2

将包上载到anaconda服务器

• 在以下位置注册新用户：

• 安装客户端

  $ conda install anaconda-client
  

• 登录到您的帐户：

  $ anaconda login
  

• 上载生成的包：

  $ anaconda upload /home/hakon/miniconda3/conda-bld/linux-64/perl-hello3-1.0-pl526_0.tar.bz2
  

测试软件包（可以在任何linux机器上完成）：

• 创建一个新环境：

   $ conda create --name perltest
   $ conda activate perltest
  

• 在新环境中安装软件包：

   $ conda install -c hakonhagland perl-hello3 
   # Alternatively: You can test the package locally before uploading with
   #   "conda install --use-local perl-hello3"
  

• 测试软件包：

   $ perl -E 'use My::Module; hello'
   Hello world!
   "Testing Perl module Data::Dump"
  

---

您是如何安装perl 5.26.2的？您正在运行哪些脚本？您是如何运行它们的？perl安装：在meta.yaml中，我的requirements

run/host

字段中有

-perl

。我运行了一个位于perl模块的t/文件夹中的测试。我通过运行来调用它：

perl

。PS：我要编辑我的问题to添加build.sh和meta.yaml文件：）谢谢你的更新。我以前没有使用过conda，但我想试用一下。我可以下载你从某处创建的conda软件包吗？然后我可以试着在我的机器上安装它。我很乐意，但这是我公司的perl模块。我不能将它分享给任何人……嘿，谢谢你花时间帮助我这个问题。你的答案很有帮助！我将努力解决这个问题，使我的Perl模块正常工作。我正在努力理解路径：../src。我一直有一个错误，比如说它无法复制我的Perl模块的内容。我试着按照你的例子来做。但在我的情况下，我没有这个问题，因为源代码来自GitHub:）但是我仍然无法让它工作，我尝试复制您的小教程，但是您似乎正确地设置了perl模块相对于配方文件夹的路径？通过使用

path:../src

我避免将源代码合并到生成的conda包中。如果我将

src

文件夹放在与

build.sh

相同的文件夹中，然后在

meta.yaml

中使用

path:src

，则，

conda build

将在生成的包中包含

info/recipe

中的

src

文件夹。@AntMau我已更新我的答案，包括从Anaconda云安装的内容。现在，您可以使用

conda安装-c hakonhagland perl-hello3

测试我的包，如果您愿意的话！你好，我又回到你身边了。我按照您的教程从头开始安装该软件包。我本来可以做到，但在@INC中找不到

Data:：Dumper。首先，如果在build.sh中我有
perl${PREFIX}/bin/cpanm Data:：Dump
，则生成失败，说明文件
cpanm
不存在。我看了看，我有一个
cpan
脚本，但没有
cpanm
脚本。如果我改为使用
perl${PREFIX}/bin/cpan Data:：Dump
，那么构建工作会很困难，但是如果我尝试通过运行
$perl-E'来测试模块，那么使用My:：module；您好“
我有一个错误：
在@INC中找不到Data/Dump.pm