Perl 子例程的输出返回0

我写了一个脚本，它使用一个子程序来调用给定序列中核苷酸的百分比。当我运行脚本时，每个核苷酸百分比的输出总是显示为零

这是我的密码

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;

#### Subroutine to report percentage of each nucleotide in DNA sequence ####

my $input = $ARGV[0];
my $nt = $ARGV[1];
my $args = $#ARGV +1;

if($args != 2){
    print "Error!!! Insufficient number of arguments\n";
    print "Usage: $0 <input fasta file>\n";
}

my($FH, $line);

open($FH, '<', $input) || die "Could\'nt open file: $input\n";

$line = do{
    local $/;
    <$FH>;
};

$line =~ s/>(.*)//g;
$line =~ s/\s+//g;

my $perc = perc_nucleotide($line , $nt);
printf("The percentage of $nt nucleotide in given sequence is %.0f", $perc);
print "\n";


sub perc_nucleotide {
    my($line, $nt) = @_;
    print "$nt\n";
    my $count = 0;
    if( $nt eq "A" || $nt eq "T" || $nt eq "G" || $nt eq "C"){
    $count++;
    }
    my $total_len = length($line);
    my $perc = ($count/$total_len)*100;

}

问题在于：

my $perc = perc_nucleotide($line , $nt);
printf("The percentage of $nt nucleotide in given sequence is %.0f", $perc);

perc_Nucleutice返回0.18018，但格式%.0f表示打印时不带小数点。所以它被截断为0。您可能应该使用更像%.2f的东西

值得注意的是，perc_核苷酸没有回报。它仍然有效，但原因可能并不明显

perc_设置我的$perc=$count/$total_len*100；但永远不要使用$perc。主程序中的$perc是另一个变量

perc_核苷酸确实返回了一些东西，没有显式返回的每个Perl子例程都返回最后一个计算的表达式。在本例中，它是my$perc=$count/$total_len*100；但最后计算的表达式规则可能会变得有点棘手

它更容易阅读，而且显式返回更安全。返回$count/$total_len*100

问题在于：

my $perc = perc_nucleotide($line , $nt);
printf("The percentage of $nt nucleotide in given sequence is %.0f", $perc);

perc_Nucleutice返回0.18018，但格式%.0f表示打印时不带小数点。所以它被截断为0。您可能应该使用更像%.2f的东西

值得注意的是，perc_核苷酸没有回报。它仍然有效，但原因可能并不明显

perc_设置我的$perc=$count/$total_len*100；但永远不要使用$perc。主程序中的$perc是另一个变量

perc_核苷酸确实返回了一些东西，没有显式返回的每个Perl子例程都返回最后一个计算的表达式。在本例中，它是my$perc=$count/$total_len*100；但最后计算的表达式规则可能会变得有点棘手

---

它更容易阅读，而且显式返回更安全。返回$count/$total_len*100

我更正了脚本，它给了我正确的答案

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;

##### Subroutine to calculate percentage of all nucleotides in a DNA sequence #####

my $input = $ARGV[0];
my $nt = $ARGV[1];
my $args = $#ARGV + 1;

if($args != 2){
    print "Error!!! Insufficient number of arguments\n";
    print "Usage: $0 <input_fasta_file> <nucleotide>\n";
}

my($FH, $line);

open($FH, '<', $input) || die "Couldn\'t open input file: $input\n";

$line = do{
    local $/;
    <$FH>;
};

chomp $line;

#print $line;

$line =~ s/>(.*)//g;
$line =~ s/\s+//g;

#print "$line\n";

my $total_len = length($line);
my $perc_of_nt = perc($line, $nt);

**printf("The percentage of nucleotide $nt in a given sequence is %.2f%%", $perc_of_nt);
print "\n";**


#print "$total_len\n";

sub perc{
    my($line, $nt) = @_;
    my $char; my $count = 0;
    **foreach $char (split //, $line){
    if($char eq $nt){
        $count += 1;
    }
    }** 
**return (($count/$total_len)*100)**
}

我所做的改动是粗体的

---

谢谢你的洞察力

我更正了脚本，它给了我正确的答案

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;

##### Subroutine to calculate percentage of all nucleotides in a DNA sequence #####

my $input = $ARGV[0];
my $nt = $ARGV[1];
my $args = $#ARGV + 1;

if($args != 2){
    print "Error!!! Insufficient number of arguments\n";
    print "Usage: $0 <input_fasta_file> <nucleotide>\n";
}

my($FH, $line);

open($FH, '<', $input) || die "Couldn\'t open input file: $input\n";

$line = do{
    local $/;
    <$FH>;
};

chomp $line;

#print $line;

$line =~ s/>(.*)//g;
$line =~ s/\s+//g;

#print "$line\n";

my $total_len = length($line);
my $perc_of_nt = perc($line, $nt);

**printf("The percentage of nucleotide $nt in a given sequence is %.2f%%", $perc_of_nt);
print "\n";**


#print "$total_len\n";

sub perc{
    my($line, $nt) = @_;
    my $char; my $count = 0;
    **foreach $char (split //, $line){
    if($char eq $nt){
        $count += 1;
    }
    }** 
**return (($count/$total_len)*100)**
}

我所做的改动是粗体的

---

谢谢你的洞察力

你是如何执行脚本的？您正在传递哪些参数？/script.pl.fasta a您是如何执行脚本的？您正在传递哪些参数？/script.pl.fasta