如何使用Perl合并多个文件?
我正在尝试将3个不同的文件合并到一个文件中。这些文件有3列,前2列在三个文件之间相同 文件(3列*263.900行): 为此,我使用一个Perl脚本来合并文件 当我合并两个文件(并创建一个包含4列的文件)时,该脚本可以工作,但如果我尝试添加一个,则无法工作 剧本:如何使用Perl合并多个文件?,perl,hash,Perl,Hash,我正在尝试将3个不同的文件合并到一个文件中。这些文件有3列,前2列在三个文件之间相同 文件(3列*263.900行): 为此,我使用一个Perl脚本来合并文件 当我合并两个文件(并创建一个包含4列的文件)时,该脚本可以工作,但如果我尝试添加一个,则无法工作 剧本: use strict; use warnings; # Variables my $file01 = "M8_S.dNdS.tsv" ; my $file02 = "M8_dN-dS.tsv"
use strict;
use warnings;
# Variables
my $file01 = "M8_S.dNdS.tsv" ;
my $file02 = "M8_dN-dS.tsv" ;
# Define hash
my %content02 = () ;
open (B, $file02) or die;
while (my $l1 = <B>) {
$l1 =~ s/\n//g;
$l1 =~ s/\r//g;
my @cont_linea = split ("\t", $l1);
my $valor_1 = $cont_linea[0];
my $valor_2 = $cont_linea[1];
my $valor_3 = $cont_linea[2];
my $ids = "$valor_1\_$valor_2";
$content02{$ids} = $valor_3; ### <- STORE DATA IN HASH
}
close B;
#### Open second file
open (A, $file01) or die;
LOOPFILE:
while (my $l2 = <A>) {
$l2 =~ s/\n//g;
$l2 =~ s/\r//g;
my @cont_linea_2 = split ("\t", $l2);
my $valor_21 = $cont_linea_2[0];
my $valor_22 = $cont_linea_2[1];
my $valor_23 = $cont_linea_2[2];
my $ids_2 = "$valor_21\_$valor_22";
if (exists $content02{$ids_2}) {
my $newval = $content02{$ids_2};
print "$l2\t$newval\n";
next LOOPFILE;
}
}
close A;
exit;
我将加载抽象为一个子例程,这样代码就不会重复。$phase参数告诉它是否应该初始化散列、累加列,甚至打印结果。使用3个或更多文件
#/usr/bin/perl
严格使用;
使用警告;
使用特征qw{say};
次级负荷{
我的($file,$table,$phase)=@;
在“中打开我的$in,在shell中使用and而不是Perl:
paste file1.tsv <(cut -f3 file2.tsv) <(cut -f3 file3.tsv) > out.tsv
粘贴文件1.tsv谢谢!这看起来不错。但是,我只有一个问题,我想我必须在这行“ub load{my($file,$table,$phase)=@很抱歉问这个问题,我还是Perl的初学者。如前所述,脚本从命令行参数@ARGV
中获取文件名。我知道了。感谢您的帮助,这项工作太棒了!
ID_1 ID_2 dN dS Omega
QJY77946 NP_073551 0.0293 0.0757 0.3872
QJY77954 NP_073551 0.0273 0.0745 0.3668
QJY77954 QJY77946 0.0041 0.0085 0.4851
QJY77962 NP_073551 0.0273 0.0745 0.3668
QJY77962 QJY77946 0.0041 0.0109 0.3767
...
paste file1.tsv <(cut -f3 file2.tsv) <(cut -f3 file3.tsv) > out.tsv