Perl 我如何计算G+；C、 GC%

我有一个perl脚本，它在每0-200个碱基对中计算ATGC，最多1000个，即0-200、1-201、2-202、最多1000个。我还想计算0-200，1-201…到1000的G+C碱基，并计算这些区域的GC%。我怎样才能做到这一点

Perl脚本是：

#! perl -slw
use strict;

my $dna = do{ local $/; <DATA> };
$dna =~ tr[\n][]d;

my %counts;
++$counts{ substr $dna, $_, 1 } for 0 .. 199;

for my $offset ( 0 .. length( $dna )-200 ) {
    printf "range: %d .. %d A:%d C:%d G:%d T:%d\n", $offset, $offset+199, @counts{ qw[ A C G T ] };
    --$counts{ substr $dna, $offset, 1 };
    ++$counts{ substr $dna, $offset+200, 1 };
}

__DATA__
TGCCATCGCGCCAGGAGGGAAGACCAGTTGCTCTGGGTAAATCAGCCGTGAGCGTATCTGTCCCTCTTATAATTAGGAGTTTAAACTCTACGATGTTACC
ATCCTTGAATCAGGTATATACCGCACTGAAACATCGTCGGCTTTGGGCTCATTCGCTACCCTGTCGCTGATATGCGATCTATTCTACATATGCGGGGCCA
CCCAATGTCGATTGTCATGAGGAGGGGGTCATAACGACTCACTATAGGACCAGCACGTCCGGTTGCGCTGAGTAAAATAGAGCTACAAAAGACACAGTAC
TCCAAGATGTAAAGGGGAAGACGGGACCTGGGTCGGGGGCGCAACTTCACTGAGCTTTTAACCTTGCGCGCATGCGAGAGCCTTTCCGCTTAGGAAATGC
TGTAAGATCAAGTGGTAGGACTATTGAGAGGTCTTACCTTGCCGCAGCAACGTGGACGGCGACCGGATAATTTAAGGCCGACATTCAATATAGAATGTCA
GGGAGCAGAACTGTATCCCAAATGCTAGTTGTAGGTGTACGAGCGCACCTGGGGACCTATCGCTCCGACGGGGTCTGCGTAGCCCATACATCCTGCCAGC
ACTGGGGCTATTGAACGGTCAATCCGTAATGTACTCGCTGAATGCTCAGGGATTCCTTAATCTTTGAGCACGCGGCTTCTCTCACTTTTCTCACGTCAAC
CCTGACTCATAACGGAGTTCGGCAGTCCCGGAACGGCTTATAGAAGCAATGCCTGAGTAGATAGCGTCAGGGATCGGCCCTACGTCGAGTCCAGTACGCC
ATTGGATGGAGGTCTCAGCCGTCGGTGGAGTGCGGCTCCACCCCCACATGAACGAGGTTGTTCCTGACCACCCCTGAAACTGTGAGAACCATTGTGTCGA
AACCAAGAGGCTTGCGTCGCGCTATAGGTCGATTGCCCCCTAGTTTCCCTATATTGAACGTGTTTCCATTAAAGACTCTCGGTAAATCTCACGTATTGCA

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按照措辞，你的问题非常简单；让我怀疑我是否错过了什么

将打印内容替换为：

    printf "range: %d .. %d A:%d C:%d G:%d T:%d G+C:%d GC%%:%.1f\n", $offset, $offset+199, @counts{ qw[ A C G T ] }, $counts{'G'}+$counts{'C'}, ($counts{'G'}+$counts{'C'})/200*100;

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它可以工作，但还有另一个问题（1）它产生的输出从290-489开始计数，而不是从0-199开始计数。我不知道问题出在哪里。（2） 如果我们只想打印GC%超过50%的输出区域，那么我们该怎么做呢？（1）您发布的代码没有这样做；您现在运行的代码有什么不同？（2） 在printf语句周围放置一个if：

if（$counts{'G'}+$counts{'C'}>100）{printf…；}

    printf "range: %d .. %d A:%d C:%d G:%d T:%d G+C:%d GC%%:%.1f\n", $offset, $offset+199, @counts{ qw[ A C G T ] }, $counts{'G'}+$counts{'C'}, ($counts{'G'}+$counts{'C'})/200*100;