Perl 如何以适当的方式使用until函数

我有一个要筛选的文件，如下所示：

##matrix=axtChain 16 91,-114,-31,-123,-114,100,-125,-31,-31,-125,100,-114,-123,-31,-114,91
##gapPenalties=axtChain O=400 E=30
chain 21455232 chr20 14302601 + 37457 14119338 chr22 14786829 + 3573 14759345 1
189     159     123
24      30      22
165     21      20
231     105     0
171     17      19
261     0       2231
222     2       0
253     56      48

chain 164224 chr20 14302601 + 1105938 1125118 chr22 14786829 + 1081744 1100586 8
221     352     334
24      100     112
34      56      56
26      50      47
…………………….
chain 143824 chr20 14302601 + 1105938 1125118 chr22 14786829 + 1081744 1100586 8

因此，简单地说，有一些块由一个空行分隔。 每个块以行“chain xxxxx”开始，并以带数字的行继续。 我想过滤掉文件，只保留带有链的块，后面的数字大于3000。 为此，我编写了以下脚本：

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use POSIX;

my $chain = $ARGV[0];

#It filters the chains with chains >= 3000.
open my $chain_file, $chain or die "Could not open $chain: $!";

my @array;
while( my $cline = <$chain_file>)  {
    #next if /^\s*#/;
    chomp $cline;
    #my @lines = split (/ /, $cline);
    if ($cline =~/^chain/) {
        my @lines = split (/\s/, $cline);
        if ($lines[1] >= 3000) {
            #print $lines[1];
            #my @lines = split (/ /, $cline);

            #print "$cline\n";
            push (@array, $cline);
        }
    }
    until ($cline ne ' ') {
        push (@array, $cline);
    }


    foreach (@array) {
        print "$_\n";

    }
    undef(@array);
}

#/usr/bin/perl
严格使用；
使用警告；
使用POSIX；
my$chain=$ARGV[0]；
#它过滤链>=3000的链。
打开我的$chain_文件，$chain或die“无法打开$chain:$！”；
我的@数组；
而（我的$cline=）{
#下一个if/^\s*#/；
咀嚼$cline；
#my@lines=拆分（/，$cline）；
如果（$cline=~/^chain/）{
my@lines=拆分（/\s/，$cline）；
如果（$line[1]>=3000）{
#打印$行[1]；
#my@lines=拆分（/，$cline）；
#打印“$cline\n”；
推送（@array，$cline）；
}
}
直到（$cline ne''）{
推送（@array，$cline）；
}
foreach（@array）{
打印“$\u\n”；
}
未定义（@array）；
}

问题是我只能打印标题（链XXXXX…），而不能打印每个块下一行的数字。 我正在使用“直到”函数直到找到空白行，但它不起作用。 如果有人能帮我…。 事先非常感谢，

---

Vasilis.

这里的第一个问题是

'

是一个空格，而不是一个空行（

'

或

'

应该可以，因为您已经

选择了该行

第二个问题是

until ( $cline ne "" )

与

while ( $cline eq "" )

这与将行推送到
@array
所需的相反

也就是说，触发器运算符可能更适合您所追求的内容：

my @array;
while ( <$chain_file> ) {          # Using $_ instead of $cline

    chomp;

    if ( do { /^chain\s+(\d+)/ && $1 >= 3000 } .. /^$/ ) {

                                   # Accumulate lines in @array
        push @array, $_;           # False until LHS evaluates to true ...
    }                              # ... then true until RHS evaluates to true

    else {
        for ( @array ) {
          print $_, "\n";          # Print matches
        }
        @array = ();               # Reset/clear out @array
    }
}

my@array；
而（）{#使用$而不是$cline
咀嚼；
如果（do{/^chain\s+（\d+/&&&$1>=3000}../^$/）{
#在@array中累加行
推送@array，$\u；#False，直到LHS的计算结果为true。。。
}#…然后为真，直到RHS计算为真
否则{
for（@array）{
打印$\“\n”\ \打印匹配项
}
@数组=（）；#重置/清除@数组
}
}
通常最好不要使用
，除非
而不是
while
。它会多次否定布尔表达式，给您留下一个双负数。下面是一个示例

 while ( $foo ne $bar ) {

尽管这是一个否定表达式，但我可以很容易地确定何时退出循环。然而：

until ( $foo eq $bar ) {

只是需要时间来弄清楚

另外，''不构成空行：使用正则表达式
$cline=~/^\s*$/

until ($cline ne ' ') {
    push (@array, $cline);
}

如果
$cline
等于空白，则将永远持续。您永远不会更改
$cline
的值

您可以使用我用来调用状态变量的方法（直到Perl实际创建了一个名为的变量类型，现在我不知道该如何调用它们）此变量跟踪您在文件中的位置。您是否在文件的链段中？是否需要这些行？这样，您只有一个循环。您可以设置状态变量，然后处理循环

在本例中，我有一个名为
$keep_line
的状态变量，它询问我是否要保留我要读入的行。如果该行以
链开始，并且第二个字段大于3000，我要保留整个块（如果我理解您试图执行的操作）。（顺便问一下，我保留了空行，可以吗？）

大大简化了代码

我还要声明一些常量来删除那些神秘的MOE。这些东西像
3000
和
/^chain/
，在您的程序中有某种神秘但重要的意义。您可以
使用常量作为pragma来定义Perl常量。它是标准Perl的一部分：

use constant {
    KEEP_LIMIT       => 3000,
    SECTION_HEADER   => qr/^chain/,
};

现在，我可以做这样的事情：

if ( $line =~ SECTION_HEADER ) {

而不是：

if ( $line =~ /^chain/ ) {

及

而不是

if ( $field[1] > 3000 ) {

pragma有问题。最大的问题是它不能在Perl通常插入变量的地方插入。这包括双引号字符串和散列键。如果我有
$foo{KEEP_LIMIT}
，Perl将把键解释为字符串
KEEP\u LIMIT
，而不是
KEEP\u LIMIT
的常量

许多开发人员在很多方面都使用了更好的方法。不幸的是，
Readonly
不是一个标准的Perl模块，所以您必须通过CPAN安装它，而这有时是不可能或不可取的。因此，我倾向于使用
constant
$cline'
不是检查空行的方法。这是一种方法检查行是否正好是一个空格。
直到
只是
while
的否定，因此它没有特殊的功能，不能在那里使用，因为
while
语句分配给
$cline
。非常感谢，那么您建议我使用什么？如果您的记录上有可管理的大小，您可以使用段落模式读取它们。然后你可以在newline上拆分记录。将输入记录分隔符设置为空字符串将启用段落模式。非常感谢。我按照你的方式完成了。我相信它比现在更有效。我将进一步检查它，但我相信现在可以再次感谢你。谢谢，但我将如何放置如果我不能拆分每个“链”行以获得分数，则限制3000？@Vasilis:LHS条件可以更新，如我的编辑中所示。
if ( $line =~ /^chain/ ) {

if ( $field[1] > KEEP_LIMIT ) {

if ( $field[1] > 3000 ) {