Perl 查找字符串中存在的子字符串，并计算出现的次数

有人能告诉我怎么了吗？由于程序用于查找给定字符串中的子字符串，并计算这些子字符串的出现次数。但是子字符串必须检查每三个字母的出现情况

例如：字符串：agauuaga（即用于AGA、UUU、AGA）

产出：AGA-2 UUU-1

print"Enter the mRNA Sequence\n";
$count=0;
$count1=0;
$seq=<>;
chomp($seq);
$p='';
$ln=length($seq);
$j=$ln/3;
for($i=0,$k=0;$i<$ln,$k<$j;$k++) {
    $fra[$k]=substr($seq,$i,3);
    $i=$i+3;
    if({$fra[$k]} eq AGA) {
        $count++;
        print"The number of AGA is $count";
    } elseif({$fra[$k]} eq UUU) {
        $count1++;
        print" The number of UUU is $count1";
    }
}

print“输入mRNA序列\n”；
$count=0；
$count1=0；
$seq=；
chomp（$seq）；
$p=''；
$ln=长度（$seq）；
$j=$ln/3；
对于（$i=0，$k=0；$i这是一个Perl常见问题解答：

perldoc -q count

此代码将统计两个字符串的出现次数：

use warnings;
use strict;

my $seq = 'AGAUUUAGA';
my $aga_cnt = () = $seq =~ /AGA/g;
my $uuu_cnt = () = $seq =~ /UUU/g;

print "The number of AGA is $aga_cnt\n";
print "The number of UUU is $uuu_cnt\n";

__END__

The number of AGA is 2
The number of UUU is 1

如果您这样做，您将收到许多指出代码中错误的消息

以下是另一种更具可扩展性的方法：

use warnings;
use strict;
use Data::Dumper;

my $seq = 'AGAUUUAGA';
my %counts;
for my $key (qw(AGA UUU)) {
    $counts{$key} = () = $seq =~ /$key/g;
}
print Dumper(\%counts);

__END__

$VAR1 = {
          'AGA' => 2,
          'UUU' => 1
        };

这是一个Perl常见问题解答：

perldoc -q count

此代码将统计两个字符串的出现次数：

use warnings;
use strict;

my $seq = 'AGAUUUAGA';
my $aga_cnt = () = $seq =~ /AGA/g;
my $uuu_cnt = () = $seq =~ /UUU/g;

print "The number of AGA is $aga_cnt\n";
print "The number of UUU is $uuu_cnt\n";

__END__

The number of AGA is 2
The number of UUU is 1

如果您这样做，您将收到许多指出代码中错误的消息

以下是另一种更具可扩展性的方法：

use warnings;
use strict;
use Data::Dumper;

my $seq = 'AGAUUUAGA';
my %counts;
for my $key (qw(AGA UUU)) {
    $counts{$key} = () = $seq =~ /$key/g;
}
print Dumper(\%counts);

__END__

$VAR1 = {
          'AGA' => 2,
          'UUU' => 1
        };

尝试一下这一点，以避免重叠：

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use 5.10.1;
use Data::Dumper;

my $str = q!AGAUUUAGAGAAGAG!;
my @list = $str =~ /(...)/g;
my ($AGA, $UUU);
foreach(@list) {
  $AGA++ if $_ eq 'AGA';
  $UUU++ if $_ eq 'UUU';
}

say "number of AGA is $AGA and number of UUU is $UUU";

输出：

number of AGA is 2 and number of UUU is 1

尝试一下这一点，以避免重叠：

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use 5.10.1;
use Data::Dumper;

my $str = q!AGAUUUAGAGAAGAG!;
my @list = $str =~ /(...)/g;
my ($AGA, $UUU);
foreach(@list) {
  $AGA++ if $_ eq 'AGA';
  $UUU++ if $_ eq 'UUU';
}

say "number of AGA is $AGA and number of UUU is $UUU";

输出：

number of AGA is 2 and number of UUU is 1

这是一个在Perl中完成事情的速度的例子。将这些串作为交替项组合在一起是确保没有重叠的一种方法。此外，散列也是计算它们的出现次数的一种很好的方法

$values{$_}++ foreach $seq =~ /(AGA|UUU)/g;
print "AGA-$values{AGA} UUU-$values{UUU}\n";

然而，我通常想把它概括为这样的事情，认为这可能不是你必须做的唯一一次这样的事情

use strict;
use warnings;
use English qw<$LIST_SEPARATOR>;

my %values;
my @spans = qw<AGA UUU>;
my $split_regex 
    = do { local $LIST_SEPARATOR = '|';
           qr/(@spans)/
         }
    ;
$values{$_}++ foreach $seq =~ /$split_regex/g;
print join( ' ', map { "$_-$values{$_}" } @spans ), "\n";

使用严格；
使用警告；
使用英语qw；
我的%价值观；
我的@spans=qw；
我的$split_regex
=do{local$LIST_分隔符='|'；
qr/（@span）/
}
;
$values{$\}++foreach$seq=~/$split\u regex/g；
打印连接（“”，映射{$\-$values{$\}}@span），“\n”；
这是一个用Perl完成事情的速度的例子。将这些串作为替代项组合在一起是确保没有重叠的一种方法。此外，哈希也是计算它们的出现次数的一种很好的方法

$values{$_}++ foreach $seq =~ /(AGA|UUU)/g;
print "AGA-$values{AGA} UUU-$values{UUU}\n";

然而，我通常想把它概括为这样的事情，认为这可能不是你必须做的唯一一次这样的事情

use strict;
use warnings;
use English qw<$LIST_SEPARATOR>;

my %values;
my @spans = qw<AGA UUU>;
my $split_regex 
    = do { local $LIST_SEPARATOR = '|';
           qr/(@spans)/
         }
    ;
$values{$_}++ foreach $seq =~ /$split_regex/g;
print join( ' ', map { "$_-$values{$_}" } @spans ), "\n";

使用严格；
使用警告；
使用英语qw；
我的%价值观；
我的@spans=qw；
我的$split_regex
=do{local$LIST_分隔符='|'；
qr/（@span）/
}
;
$values{$\}++foreach$seq=~/$split\u regex/g；
打印连接（“”，映射{$\-$values{$\}}@span），“\n”；
您不清楚字符串“AGAGAGA”包含多少个“AGA”

如果2

如果3,

您不清楚字符串“AGAGAGA”包含多少个“AGA”

如果2

如果3,

如果我理解正确（当然这是有问题的；到目前为止，几乎每个答案对你的问题的解释都与其他答案不同）：

如果我理解正确（当然这是有问题的；到目前为止，几乎每个答案对你的问题的解释都与其他答案不同）：

为什么用foreach而不是while？@ysth，我认为它适合：给定正则表达式和输入有一个可确定的捕获数，因此：
foreach
capture，增加该字符串的计数。为什么用foreach而不是while？@ysth，我认为它适合：给定正则表达式和输入有一个可确定的捕获数，因此：
foreach
capture，增加该字符串的计数。