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perl子例程引用可以'；得不到价值

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perl子例程引用可以'；得不到价值,perl,Perl,这段代码是用来读取blast文件的，在这个子程序中 parse_blast($filename, \$beginning, \$ending, \@HSPs); 似乎无法通过引用获得@HSPs值，我无法找到它无法获得值的原因。所有的子程序似乎都能工作，我也可以直接在sub parse_one_HSP中打印值 use strict; use warnings; my $filename = q/..\test\input.txt/; my ($beginning, $ending); my @H

这段代码是用来读取blast文件的，在这个子程序中

parse_blast($filename, \$beginning, \$ending, \@HSPs);
似乎无法通过引用获得@HSPs值，我无法找到它无法获得值的原因。所有的子程序似乎都能工作，我也可以直接在sub parse_one_HSP中打印值

use strict;
use warnings;
my $filename = q/..\test\input.txt/;
my ($beginning, $ending);
my @HSPs;

parse_blast($filename, \$beginning, \$ending, \@HSPs); #Can't get the HSPs value
print $beginning;

foreach my $t(@HSPs){
    print_HSP(%{$t});  #can't print anything here
}
print $ending; 


sub print_HSP{
    my(%HSP)=@_;
    print "\n-> Expect value:   $HSP{expect}\n";
    print "\n-> Query string:   $HSP{query}\n";
    print "\n-> Query range:    $HSP{query_range}\n";
    print "\n-> Subject String: $HSP{subject}\n";
    print "\n-> Subject range:  $HSP{subject_range}\n";
}

sub parse_blast {
    my ($filename, $beginning_ref, $ending_ref, $HSPs) = @_;
    # parse the blast output into 3 sections
    my ($part1, $part2, $part3); # beginning, alignments and ending
    my $in_beginning = 0;
    my $in_alignment = 0;
    my $in_ending = 0;
    open IN, $filename || die;
    while (<IN>) {
        if (/^T?BLAST[NPX]/) {$in_beginning = 1}
        if (/^ALIGNMENTS/) {$in_beginning = 0; $in_alignment = 1; next}
        if (/^\s\sDatabase/) {$in_alignment = 0; $in_ending = 1;}
        if ($in_beginning) {$part1 .= $_;}
        if ($in_alignment) {$part2 .= $_;}
        if ($in_ending) {$part3 .= $_;}
    }
    close IN;

    $$beginning_ref = $part1;
    $$ending_ref = $part3;
    # split the alignments into an array
    my @alignments;
    split_alignments($part2, \@alignments);
    # parse each alignment
    foreach my $alignment (@alignments) {
        parse_one_alignment($alignment, \@$HSPs);
    }
}

sub split_alignments{
    my ($alignments, $aligns) = @_;
    my @alignment;
    while ($alignments =~ /^>.*\n(^(?!>).*\n)+/gm) {
        push @$aligns, $&;
    }
}

sub parse_one_alignment{
    my ($align, $HSPs) = @_;
    my ($part1, $part2) = $align =~ /(.*?)( Score =.*)/s;

    while ($part2 =~ /^ Score =.*\n(^(?! Score =).*\n)+/mg) {
        my %hsp;
        parse_one_HSP($part2, \%hsp);

        push @$HSPs, %hsp;
    }
}

sub parse_one_HSP {
    my ($data, $hsp) = @_;
    #my $hsp = shift; # reference to hash

    # parsing one HSP ...

    # declare and initialize variables
    my($expect) = '';
    my($query) = '';
    my($query_range) = '';
    my($subject) = '';
    my($subject_range) = '';

    ($expect) = ($data =~ /Expect = (\S+)/);

    $query = join ( '' , ($data =~ /^Query.*\n/gm) );

    $subject = join ( '' , ($data =~ /^Sbjct.*\n/gm) );

    $query_range = join('..', ($data =~ /(\d+).*\D(\d+)/s));

    $subject_range = join('..', ($data =~ /(\d+).*\D(\d+)/s));

    $query =~ s/[^acgt]//g;

    $subject =~ s/[^acgt]//g;

    $hsp->{expect} = $expect;
    $hsp->{query} = $query;
    $hsp->{query_range} = $query_range;
    $hsp->{subject} = $subject;
    $hsp->{subject_range} = $subject_range;
    #print_HSP(%$hsp);
}

使用严格；
使用警告；
我的$filename=q/。\test\input.txt/；
我的（$开始，$结束）；
我的@HSPs；
解析\u blast（$filename，\$start，\$end，\@HSPs）#无法获取HSPs值
打印$start；
每台$t（@HSPs）{
print_HSP（%{$t}）；#无法在此处打印任何内容
}
打印$end；
子打印单元{
我的（%HSP）=@；
打印“\n->Expect值：$HSP{Expect}\n”；
打印“\n->查询字符串：$HSP{Query}\n”；
打印“\n->查询范围：$HSP{Query\u range}\n”；
打印“\n->主题字符串：$HSP{Subject}\n”；
打印“\n->主题范围：$HSP{Subject\u range}\n”；
}
子爆炸{
我的（$filename，$start\u ref，$end\u ref，$HSPs）=@；
#将blast输出解析为3个部分
我的（$part1，$part2，$part3）#开始、对齐和结束
我的$in_期初=0；
我的$in_对齐=0；
我的$in_结尾=0；
在$filename | | die中打开；
而（）{
如果（/^T？BLAST[NPX]/）{$in_beging=1}
如果（/^ALIGNMENTS/）{$in_begin=0；$in_alignment=1；next}
如果（/^\s\sDatabase/）{$in_alignment=0；$in_ending=1；}
如果（$在\u开头）{$part1.=$\u；}
如果（$in_alignment）{$part2.=$\}
如果（$in_end）{$part3.=$\u；}
}
接近；
$$start\u ref=$part1；
$$ending\u ref=$part3；
#将路线拆分为阵列
我的@路线；
分割对齐（$part2，\@对齐）；
#解析每个对齐
foreach my$alignment（@alignments）{
解析一个对齐（$alignment，\@$HSPs）；
}
}
子分割路线{
我的（$alignments，$aligns）=@；
我的@alignment；
而（$alignments=~/^>*\n（^（？！>）.*\n）+/gm）{
按@$对齐，$&；
}
}
子解析\u一个\u对齐{
我的（$align，$HSPs）=@；
我的（$part1，$part2）=$align=~/（.*）（分数=.*）/s；
而（$part2=~/^Score=.*\n（^（？！Score=）.*\n）+/mg）{
我的%hsp；
解析一个HSP（$part2，\%HSP）；
推送@$hsp，%hsp；
}
}
子解析\u一\u热休克蛋白{
我的（$data，$hsp）=@；
#my$hsp=shift；#对散列的引用
#正在分析一个热休克蛋白。。。
#声明和初始化变量
我的（$expect）=''；
我的（$查询）=''；
我的（$query\u range）=''；
我的（$主题）=''；
我的（$subject\u range）=''；
（$expect）=（$data=~/expect=（\S+/）；
$query=join（“”，（$data=~/^query.*\n/gm））；
$subject=join（“”，（$data=~/^Sbjct.*\n/gm））；
$query_range=join（“..”，（$data=~/（\d+）.*\d（\d+）/s））；
$subject_range=join（'..'，（$data=~/（\d+）.*\d（\d+）/s））；
$query=~s/[^acgt]//g；
$subject=~s/[^acgt]//g；
$hsp->{expect}=$expect；
$hsp->{query}=$query；
$hsp->{query\u range}=$query\u range；
$hsp->{subject}=$subject；
$hsp->{subject\u range}=$subject\u range；
#打印HSP（%$HSP）；
}
使用太多的标量和散列引用可能会导致混淆哪个变量是什么。此外，应该避免在函数参数中传递返回变量。Perl最酷的地方在于，您可以从一个函数返回多个变量，这与C不同

下面是对代码的清理。我无法测试它，因为我没有任何输入数据，但它应该按照您的预期进行：

use strict;
use warnings;

my $filename = q/..\test\input.txt/;
my ($beginning, $ending, @HSPs) = parse_blast($filename); 

print $beginning;    
foreach my $t (@HSPs){
   print_HSP($t);  #can't print anything here
}
print $ending; 

sub print_HSP{
    my($HSP) = @_;
    print "\n-> Expect value:   $HSP->{expect}\n";
    print "\n-> Query string:   $HSP->{query}\n";
    print "\n-> Query range:    $HSP->{query_range}\n";
    print "\n-> Subject String: $HSP->{subject}\n";
    print "\n-> Subject range:  $HSP->{subject_range}\n";
}

sub parse_blast {
    my ($filename) = @_;
    # parse the blast output into 3 sections
    my ($beginning, $alignments, $ending) = ("","","");
    my $in_beginning = 0;
    my $in_alignment = 0;
    my $in_ending = 0;
    open(my $IN, "<", $filename) || die;
    while (<$IN>) {
        if (/^T?BLAST[NPX]/) {
            $in_beginning = 1;
        }
        if (/^ALIGNMENTS/) {
            $in_beginning = 0;
            $in_alignment = 1;
            next;
        }
        if (/^\s\sDatabase/) {
            $in_alignment = 0;
            $in_ending = 1;
        }

        $beginning  .= $_ if $in_beginning;
        $alignments .= $_ if $in_alignment;
        $ending     .= $_ if $in_ending;
    }
    close $IN;

    # split the alignments into an array
    # and parse each alignment
    my @HSPs;
    foreach my $alignment (split_alignments($alignments)) {
        push @HSPs, parse_one_alignment($alignment);
    }
    return ($beginning, $ending, @HSPs);
}

sub split_alignments{
    my ($alignments) = @_;
    my @aligns = ($alignments =~ /^>.*\n (?: ^(?!>).*\n )+/gmx);
    return @aligns;
}

sub parse_one_alignment{
    my ($align) = @_;
    my ($part2) = $align =~ /( Score =.*)/s;

    my @HSPs;
    while ($part2 =~ /^\s Score \s =.*\n (?:^(?!\s Score \s =).*\n)+/mgx) {
        push @HSPs, parse_one_HSP($part2);
    }
    return @HSPs;
}

sub parse_one_HSP {
    my ($data) = @_;

    my ($expect) = ($data =~ /Expect = (\S+)/);

    my $query = join '' , ($data =~ /^Query.*\n/gm);
    $query =~ tr/acgt//cd;

    # FIXME "Sbjct" contains a "c"
    my $subject = join '' , ($data =~ /^Sbjct.*\n/gm);
    $subject =~ tr/acgt//cd;

    my $query_range = join '..', ($data =~ /(\d+).*\D(\d+)/s);

    my $subject_range = join '..', ($data =~ /(\d+).*\D(\d+)/s);

    return {
        expect        => $expect,
        query         => $query,
        query_range   => $query_range,
        subject       => $subject,
        subject_range => $subject_range,
    };
}

使用严格；
使用警告；
我的$filename=q/。\test\input.txt/；
my（$start，$ending，@HSPs）=parse_blast（$filename）；
打印$start；
每台$t（@HSPs）{
打印HSP（$t）#无法在此处打印任何内容
}
打印$end；
子打印单元{
我的（$HSP）=@；
打印“\n->Expect值：$HSP->{Expect}\n”；
打印“\n->查询字符串：$HSP->{Query}\n”；
打印“\n->查询范围：$HSP->{Query\u range}\n”；
打印“\n->主题字符串：$HSP->{Subject}\n”；
打印“\n->主题范围：$HSP->{Subject\u range}\n”；
}
子爆炸{
我的（$filename）=@；
#将blast输出解析为3个部分
我的（$开始，$对齐，$结束）=（“”，“”，“”）；
我的$in_期初=0；
我的$in_对齐=0；
我的$in_结尾=0；

open（my$IN，“您所说的‘无法获取
@HSPs
值’是什么意思？
@HSPs
在调用parse_blast（）时为空）。顺便说一句，如果您在块中缩进代码，会更容易提供帮助。此外，您的
\@$HSPs
显然是错误的。只需使用
$HSPs
在中打开，$filename | | die；
是错误的，因为
.
的绑定强度大于
，
。它需要写入
打开（在，$filename中）| | die；
尽管我真的建议：
打开（我的$in，'如果我是你，我可能不会尝试传递引用。我只是使用全局变量。一旦这样做有效，如果真的有必要，我可能会考虑构建一个类。你可以只使用全局变量
$start，$ending，@HSPs
，这将使代码更简单。