perl序列提取循环

我有一个现有的perl one liner（来自爱德华兹实验室），它可以很好地读取包含一列ID的文本文件（名为

ids.file

），并搜索第二个特殊格式的文本文件（本例中名为

fasta.file

，对于了解生物信息学的人来说是“fasta”格式）并返回与第一个文件中的ID匹配的序列。我希望扩展这个脚本来做另外两件事：

当前的perl one liner似乎只有在

ids.file

包含一列数据时才起作用。我希望它处理一个包含两列（用空格分隔）的文件，并处理第二列数据（实际上是任何一列数据，但我假设如果有人可以使用第二列给出一个示例，它将非常明显地进行调整）

我想将搜索输出返回的任何结果附加到第三列，而不仅仅是一个新文件

如果有人愿意提供一个例子，但只花时间或倾向于研究其中一个，我希望您尝试解决#2-我已经接近解决#1，使用for循环，使用awk只在第二列上使用Perl代码-我还没有得到它，但已经接近了，所以#2对我来说似乎更难

perl one liner如下所示：

perl -ne 'if(/^>(\S+)/){$c=$i{$1}}$c?print:chomp;$i{$_}=1 if @ARGV' ids.file fasta.file

---

我很感激你能给我的任何帮助

不太确定，但这样行吗

perl -ne 'chomp; s/^>(\S+).*/$c=$i{$1}/e; print if $c; 
    $i{(/^\S*\s(\S*)$/)[0]}="$_ " if @ARGV' 
  ids.file fasta.file

---

一个输入和输出示例显示了三段以上的文本。而且更容易阅读。我完全同意。请添加一个示例。抱歉-这是两个输入文件的示例：文件ID.file如下所示：dog chevy bear kia cat ford和文件fasta.file如下所示：>chevy 334 3434 5 232 tgagagagagagagagagagagagagagagagagag>kia 2223 2323 acacacac所需的输出是一个脚本，使用第2列从ids.file并创建如下输出文件：dog chevy>chevy 334 3434 5 232 Tgagagagagagagagagagagagagagag bear kia>kia 2223 2323 Acacacacac cat For perreal提供的以下脚本确实有效，但似乎没有保留让awk可以轻松解析的列，例如，运行awk'{print$3}'将只返回一个结果，而不是所有结果。在上面的例子中，它将返回>雪佛兰334 3434 5 232 tgagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagag@最亲爱的“佩雷尔”，它看起来确实有效！有些序列之间的间距不同（一组三个项目与另一组三个项目之间的间距似乎不一致），但这可能就是我屏幕上的显示方式。我会将其移动到CSV文件，这应该会有所帮助。非常感谢你！