Perl 使用另一个文件而不使用循环重命名文件中的名称_Perl_Matlab_Sed_Awk_Grep

Perl 使用另一个文件而不使用循环重命名文件中的名称

perl matlab sed awk grep

Perl 使用另一个文件而不使用循环重命名文件中的名称,perl,matlab,sed,awk,grep,Perl,Matlab,Sed,Awk,Grep,我有两个文件： one.txt看起来像这样： >ENST001 (((....))) (((...))) >ENST002 (((((((.......)))))) ((((...))) 我还有一万个 two.txt如下所示： >ENST001 110 >ENST002 59 >ENST001_110 (((....))) (((...))) >ENST002_59 (((((((.......)))))) ((((..

我有两个文件：

one.txt看起来像这样：

>ENST001 

(((....)))

(((...)))

>ENST002 

(((((((.......))))))

((((...)))

我还有一万个

two.txt如下所示：

>ENST001   110

>ENST002  59

>ENST001_110 

(((....)))

(((...)))

>ENST002_59 

(((((((.......))))))

((((...)))

#!/usr/bin/perl

open(FH1, "one.txt");
open(FH2, "two.txt");
open(RESULT, ">result.txt");

my %data;

while (my $line = <FH2>)
{
    chomp(line);

    # Delete leading angle bracket
    $line =~ s/>//d;

    # split enst and pos
    my ($enst, $post) = split(/\s+/, line);

    # Store POS with ENST as key
    $data{$enst} = $pos;
}

close(FH2);

while (my $line = <FH1>)
{
    # Check line for ENST
    if ($line =~ m/^>(ENST\d+)/)
    {
        my $enst = $1;

            # Get pos for ENST
        my $pos = $data{$enst};

            # make new line
        $line = '>' . $enst . '_' . $pos . '\n';
    }

    print RESULT $line;
}

close(FH1);
close(RESULT);

其他所有的ENST都是如此

我基本上想用two.txt中两个字段的组合来替换one.txt中的ENSTs，因此结果如下所示：

>ENST001   110

>ENST002  59

>ENST001_110 

(((....)))

(((...)))

>ENST002_59 

(((((((.......))))))

((((...)))

#!/usr/bin/perl

open(FH1, "one.txt");
open(FH2, "two.txt");
open(RESULT, ">result.txt");

my %data;

while (my $line = <FH2>)
{
    chomp(line);

    # Delete leading angle bracket
    $line =~ s/>//d;

    # split enst and pos
    my ($enst, $post) = split(/\s+/, line);

    # Store POS with ENST as key
    $data{$enst} = $pos;
}

close(FH2);

while (my $line = <FH1>)
{
    # Check line for ENST
    if ($line =~ m/^>(ENST\d+)/)
    {
        my $enst = $1;

            # Get pos for ENST
        my $pos = $data{$enst};

            # make new line
        $line = '>' . $enst . '_' . $pos . '\n';
    }

    print RESULT $line;
}

close(FH1);
close(RESULT);

我写了一个matlab脚本来实现这一点，但是由于它在two.txt中循环所有行，所以需要6个小时才能完成，所以我认为使用awk、sed、grep甚至perl，我们可以在几分钟内得到结果。这就是我在matlab中所做的：

frf = fopen('one.txt', 'r');       
frp = fopen('two.txt', 'r');                                     
fw = fopen('result.txt', 'w');    

while feof(frf) == 0

line = fgetl(frf);
first_char = line(1);

if strcmp(first_char, '>') == 1 % if the line in one.txt start by > it is the ID 

   id_fold = strrep(line, '>', ''); % Reomve the > symbol


   frewind(frp)     % Rewind two.txt file after each loop

    while feof(frp) == 0

        raw = fgetl(frp);
        scan = textscan(raw, '%s%s');
        id_pos = scan{1}{1};
        pos = scan{2}{1};

            if strcmp(id_fold, id_pos) == 1  % if both ids are the same


                id_new = ['>', id_fold, '_', pos];

                fprintf(fw, '%s\n', id_new);

            end    

    end    

else

    fprintf(fw, '%s\n', line);  % if the line doesn't start by > print it to results



end

结束

使用sed，您首先只能在two.txt上运行。您可以根据需要制作一个sed命令进行替换，然后在one.txt上运行：

第一条路

第二条路

若文件很大，你们会得到太多的参数，和前面的方法错误。因此，有另一种方法来修复此错误。您需要逐个执行所有三个命令：

sed -n '1i#!/bin/sed -f
/>ENST/{s=.*\(ENST[0-9]\+\)\s\+\([0-9]\+\).*=s/\1/\1_\2/;=;p}' two.txt > script.sed
chmod +x script.sed
./script.sed one.txt

第一个命令将形成sed脚本，可以根据需要修改一个.txt。chmod将使这个新脚本可执行。最后一个命令将执行该命令。因此每个文件只读取一次。没有任何循环。请注意，第一个命令由两行组成，但仍然是一个命令。如果删除换行符，将中断脚本。这是因为我在sed中的命令。您可以在“sed手册页”中查找详细信息。

使用sed，您首先只能在two.txt上运行。您可以根据需要制作一个sed命令来替换它，然后在one.txt上运行它：

第一条路

第二条路

若文件很大，你们会得到太多的参数，和前面的方法错误。因此，有另一种方法来修复此错误。您需要逐个执行所有三个命令：

sed -n '1i#!/bin/sed -f
/>ENST/{s=.*\(ENST[0-9]\+\)\s\+\([0-9]\+\).*=s/\1/\1_\2/;=;p}' two.txt > script.sed
chmod +x script.sed
./script.sed one.txt

使用awk的单向方式。FNR==NR处理参数中的第一个文件并保存每个数字。第二个条件处理第二个文件，当第一个字段与数组中的键匹配时，会修改追加数字的行

awk '
    FNR == NR { 
        data[ $1 ] = $2; 
        next 
    } 
    FNR < NR && data[ $1 ] { 
        $0 = $1 "_" data[ $1 ] 
    } 
    { print }
' two.txt one.txt

单向使用awk。FNR==NR处理参数中的第一个文件并保存每个数字。第二个条件处理第二个文件，当第一个字段与数组中的键匹配时，会修改追加数字的行

awk '
    FNR == NR { 
        data[ $1 ] = $2; 
        next 
    } 
    FNR < NR && data[ $1 ] { 
        $0 = $1 "_" data[ $1 ] 
    } 
    { print }
' two.txt one.txt

把问题迎头解决。在perl中，我将执行以下操作：

>ENST001   110

>ENST002  59

>ENST001_110 

(((....)))

(((...)))

>ENST002_59 

(((((((.......))))))

((((...)))

#!/usr/bin/perl

open(FH1, "one.txt");
open(FH2, "two.txt");
open(RESULT, ">result.txt");

my %data;

while (my $line = <FH2>)
{
    chomp(line);

    # Delete leading angle bracket
    $line =~ s/>//d;

    # split enst and pos
    my ($enst, $post) = split(/\s+/, line);

    # Store POS with ENST as key
    $data{$enst} = $pos;
}

close(FH2);

while (my $line = <FH1>)
{
    # Check line for ENST
    if ($line =~ m/^>(ENST\d+)/)
    {
        my $enst = $1;

            # Get pos for ENST
        my $pos = $data{$enst};

            # make new line
        $line = '>' . $enst . '_' . $pos . '\n';
    }

    print RESULT $line;
}

close(FH1);
close(RESULT);

把问题迎头解决。在perl中，我将执行以下操作：

>ENST001   110

>ENST002  59

>ENST001_110 

(((....)))

(((...)))

>ENST002_59 

(((((((.......))))))

((((...)))

#!/usr/bin/perl

open(FH1, "one.txt");
open(FH2, "two.txt");
open(RESULT, ">result.txt");

my %data;

while (my $line = <FH2>)
{
    chomp(line);

    # Delete leading angle bracket
    $line =~ s/>//d;

    # split enst and pos
    my ($enst, $post) = split(/\s+/, line);

    # Store POS with ENST as key
    $data{$enst} = $pos;
}

close(FH2);

while (my $line = <FH1>)
{
    # Check line for ENST
    if ($line =~ m/^>(ENST\d+)/)
    {
        my $enst = $1;

            # Get pos for ENST
        my $pos = $data{$enst};

            # make new line
        $line = '>' . $enst . '_' . $pos . '\n';
    }

    print RESULT $line;
}

close(FH1);
close(RESULT);

这可能适用于GNU sed：

sed -n '/^$/!s|^\(\S*\)\s*\(\S*\).*|s/^\1.*/\1_\2/|p' two.txt | sed -f - one.txt

这可能适用于GNU sed：

sed -n '/^$/!s|^\(\S*\)\s*\(\S*\).*|s/^\1.*/\1_\2/|p' two.txt | sed -f - one.txt

这个Perl解决方案将修改后的one.txt文件发送到STDOUT

尝试此MATLAB解决方案无循环：

%# read files as cell array of lines
fid = fopen('one.txt','rt');
C = textscan(fid, '%s', 'Delimiter','\n');
C1 = C{1};
fclose(fid);
fid = fopen('two.txt','rt');
C = textscan(fid, '%s', 'Delimiter','\n');
C2 = C{1};
fclose(fid);

%# use regexp to extract ENST numbers from both files
num = regexp(C1, '>ENST(\d+)', 'tokens', 'once');
idx1 = find(~cellfun(@isempty, num));       %# location of >ENST line
val1 = str2double([num{:}]);                %# ENST numbers
num = regexp(C2, '>ENST(\d+)', 'tokens', 'once');
idx2 = find(~cellfun(@isempty, num));
val2 = str2double([num{:}]);

%# construct new header lines from file2
C2(idx2) = regexprep(C2(idx2), ' +','_');

%# replace headers lines in file1 with the new headers
[tf,loc] = ismember(val2,val1);
C1( idx1(loc(tf)) ) = C2( idx2(tf) );

%# write result
fid = fopen('three.txt','wt');
fprintf(fid, '%s\n',C1{:});
fclose(fid);

尝试此MATLAB解决方案无循环：

%# read files as cell array of lines
fid = fopen('one.txt','rt');
C = textscan(fid, '%s', 'Delimiter','\n');
C1 = C{1};
fclose(fid);
fid = fopen('two.txt','rt');
C = textscan(fid, '%s', 'Delimiter','\n');
C2 = C{1};
fclose(fid);

%# use regexp to extract ENST numbers from both files
num = regexp(C1, '>ENST(\d+)', 'tokens', 'once');
idx1 = find(~cellfun(@isempty, num));       %# location of >ENST line
val1 = str2double([num{:}]);                %# ENST numbers
num = regexp(C2, '>ENST(\d+)', 'tokens', 'once');
idx2 = find(~cellfun(@isempty, num));
val2 = str2double([num{:}]);

%# construct new header lines from file2
C2(idx2) = regexprep(C2(idx2), ' +','_');

%# replace headers lines in file1 with the new headers
[tf,loc] = ismember(val2,val1);
C1( idx1(loc(tf)) ) = C2( idx2(tf) );

%# write result
fid = fopen('three.txt','wt');
fprintf(fid, '%s\n',C1{:});
fclose(fid);

是的，这就是为什么我写了关于通过文件运行的第二部分答案。试试看，它应该很好用。注意，在-f之后必须有换行符。否则它将无法正常工作。第二部分中的文件one.txt是missdNope。事实并非如此。好的，我已经更新了我的帖子，让它更清晰一些。是的，这就是为什么我在回答的第二部分写了关于通过文件运行的内容。试试看，它应该很好用。注意，在-f之后必须有换行符。否则它将无法正常工作。第二部分中的文件one.txt是missdNope。事实并非如此。好的，我已经更新了我的帖子，让它更清晰一点。你应该使用三参数版本的open和LexicalFileHandles。并始终使用严格的开始脚本；并使用警告；。您应该使用open和lexicalfilehandles的三参数版本。并始终使用严格的开始脚本；并使用警告；。