Python 2.7 Python：将列向量转换为.xyz文件格式

我有一个分子几何的列向量

x1
y1
z1
x2
y2
z2
x3
y3
z3
x4
y4
z4
x5
y5
z5
x6
y6
z6
x7
y7
z7
x8
y8
z8

我想将其转换为.xyz文件格式：

number of atoms
comment line
C x1 y1 z1
H x2 y2 z2
H x3 y3 z3
C x4 y4 z4
H x5 y5 z5
H x6 y6 z6
O x7 y7 z7
O x8 y8 z8

---

这容易做到吗？如果很难添加原子类型，那么只需将坐标重新排列到列中就可以了（至少可以减少手动劳动量）。

我不明白字母O、H、C的意思，也不知道如何添加这些信息（我不是化学家）。它们存放在哪里？但是如果你是一名科学家，你可能会使用numpy模块。因此，这里有一个简单的解决方案，可以将行三乘三地转换：

import numpy as np
import csv 

#assuming your vector is in a text file
vector = np.genfromtxt('yourfilename.txt',dtype='str')

a = np.array(vector)
a = a.reshape((-1, 3))

print(a)

输出：

[['x1' 'y1' 'z1']
 ['x2' 'y2' 'z2']
 ['x3' 'y3' 'z3']
 ['x4' 'y4' 'z4']
 ['x5' 'y5' 'z5']
 ['x6' 'y6' 'z6']
 ['x7' 'y7' 'z7']
 ['x8' 'y8' 'z8']]

"""
The output is a list of lists in which each element is a row. 
Numpy has a simple method to write a 2D array in a csv file :
np.savetxt("youfilename.csv", a, delimiter=",")
but since I get a bug in this moment, I will use a classical method.
"""
with open("output.csv", "w") as f:
    writer = csv.writer(f)
    writer.writerows(a)

您的csv文件：

x1,y1,z1

x2,y2,z2

x3,y3,z3

x4,y4,z4

x5,y5,z5

x6,y6,z6

x7,y7,z7

x8,y8,z8

---

我还需要导入一个包含数字的文本文件（按列向量排序）。“\n”是什么意思？@Yoda\n的意思是“newline”，这是一个与其他字符类似的字符。它们可以被擦除。我将编辑并澄清我的答案。