Python 3.x 如何在graph tool中有效地计算图形的平均路径长度？

我处理的是10000个顶点的网络，我用它来分析它们。我想为每个图计算的一件事是平均路径长度，它被定义为图中所有节点对上的最短距离的平均值。所以我试了一下：

ave_path_length = 0
tot = 0

for v1 in G.vertices():
    print(v1)
    for v2 in G.vertices():
        if v1 != v2 :
            tot += 1
            ave_path_length += gt.shortest_distance(G, v1, v2)

ave_path_length /= tot

---

然而，这是永恒的。有没有更好的方法来完成这项任务？提前感谢。

您可以使用

距离（v1，v2）=距离（v2，v1）

这一事实将时间缩短2。因此，只计算值的一半（也可以除以一半，但这是自动处理的）

除此之外，您还可以避免计算tot：

tot = (len(vert)-1)*(len(vert)-2)//2

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通过使用

距离（v1，v2）=距离（v2，v1）

，可以将时间缩短2。因此，只计算值的一半（也可以除以一半，但这是自动处理的）

除此之外，您还可以避免计算tot：

tot = (len(vert)-1)*(len(vert)-2)//2

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我找到了一个非常有效的方法来实现这一点。我们可以这样做：

import graph_tool.all as gt
dist = gt.shortest_distance(G)
ave_path_length = sum([sum(i) for i in dist])/(G.num_vertices()**2-num_vertices())

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对于大小为10000的稀疏网络，这只需要几秒钟。然而，我仍然好奇是否存在更好的方法

我找到了一个非常有效的方法来实现这一点。我们可以这样做：

import graph_tool.all as gt
dist = gt.shortest_distance(G)
ave_path_length = sum([sum(i) for i in dist])/(G.num_vertices()**2-num_vertices())

对于大小为10000的稀疏网络，这只需要几秒钟。然而，我仍然好奇是否存在更好的方法

你能做什么

all_sp = gt.shortest_distance(G)
vertex_avgs = graph_tool.stats.vertex_average(G, all_sp)
avg_path = numpy.mean(vertex_avgs[0])

我还没试过这个，但这个应该有用

你能做什么

all_sp = gt.shortest_distance(G)
vertex_avgs = graph_tool.stats.vertex_average(G, all_sp)
avg_path = numpy.mean(vertex_avgs[0])

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我还没试过这个，但这个应该有用

对。我已经实现了这一点，但只是为了避免复杂化而没有显示出来。这使时间减少了原来的一半，但并没有大幅度减少。请参阅我的上一次编辑。恐怕除了优化

最短距离

：即：不要使用该库（除非它已经是本机的！），请自己“内联”完成：避免参数传递和函数调用。你能试着编辑你的文章来显示这个功能的内部吗？没错。我已经实现了这一点，但只是为了避免复杂化而没有显示出来。这使时间减少了原来的一半，但并没有大幅度减少。请参阅我的上一次编辑。恐怕除了优化

最短距离

：即：不要使用该库（除非它已经是本机的！），请自己“内联”完成：避免参数传递和函数调用。你能试着编辑你的文章来显示这个功能的内部吗？