Python 分段故障

我正在UNIX机器上使用python 2.4.4（旧机器，对此无能为力）。我对python/编程非常陌生，以前从未使用过UNIX机器。这就是我想做的：

从FASTA文件（蛋白质+核苷酸）提取单个序列到临时文本文件

将此临时文件交给名为“threader”的程序

将threader（名为tempresult.out）的输出附加到名为results.out的文件中

删除临时文件

删除tempresult.out文件

使用下一个FASTA序列重复

以下是我目前的代码：

import os
from itertools import groupby

input_file = open('controls.txt', 'r')
output_file = open('results.out', 'a')

def fasta_parser(fasta_name):
input = fasta_name
parse = (x[1] for x in groupby(input, lambda line: line[0] == ">"))
for header in parse:
    header = header.next()[0:].strip()
    seq = "\n".join(s.strip() for s in parse.next())
    yield (header, '\n', seq)

parsedfile = fasta_parser(input_file)

mylist = list(parsedfile)

index = 0

while index < len(mylist): 
    temp_file = open('temp.txt', 'a+')
    temp_file.write(' '.join(mylist[index]))    
    os.system('threader' + ' temp.txt' + ' tempresult.out' + ' structures.txt')
    os.remove('temp.txt')
    f = open('tempresult.out', 'r')
    data = str(f.read())
    output_file.write(data)   
    os.remove('tempresult.out')
    index +=1


output_file.close()
temp_file.close()
input_file.close()

导入操作系统
从itertools导入groupby
input_file=open（'controls.txt'，'r'）
输出文件=打开（'results.out'，'a'）
def fasta_解析器（fasta_名称）：
输入=fasta\u名称
parse=（groupby中x的x[1]（输入，lambda行：行[0]==“>”）
对于解析中的标头：
header=header.next（）[0:][.strip（）
seq=“\n”.join（parse.next（）中s的s.strip（））
收益率（标题“\n”，序号）
parsedfile=fasta_解析器（输入_文件）
mylist=list（解析文件）
索引=0
而索引

当我运行这个脚本时，我得到错误“Segmentation Fault”。从我收集到的信息来看，这与我扰乱记忆有关，我不应该扰乱（？？？）。我想这与临时文件有关，但我不知道该如何解决这个问题

任何帮助都将不胜感激

谢谢

更新1： Threader在我多次给出相同的序列时工作正常，如下所示：

import os


input_file = open('control.txt', 'r')
output_file = open('results.out', 'a')

x=0

while x<3:    
    os.system('threader' + ' control.txt' + ' tempresult.out' + ' structures.txt')
    f = open('tempresult.out', 'r')  
    data = str(f.read())
    output_file.write(data)    
    os.remove('result.out')
    x += 1


output_file.close()
input_file.close()

导入操作系统
input_file=open（'control.txt'，'r'）
输出文件=打开（'results.out'，'a'）
x=0
欢迎来到SO！部分正确-分段冲突是由于程序试图访问不应该访问的内存造成的。但是您可能也有部分错误-错误可能出现在您没有向我们展示的代码中（即您的fasta_解析器例程）。请回答您的问题并添加fasta_parser的代码，以及.OT，但是您在tempfile.write（..）和parsedfile=（fasta…）周围有额外的参数（它们并不重要）。您不需要它们，但是@FrankSchmitt关于需要看到fasta_parser（）完成的说法是正确的：）这是一个有点像弗兰肯斯坦黑客的工作，但它是有效的。任何改进它的建议都将非常棒！此外，我会使用“biopython”，但我使用的机器没有，我也没有安装它的权限。谢谢括号里的注释@FrankSchmitt doneMore问题：-）什么是
threader
？如果您注释掉
os.system（）
调用，是否仍会收到错误？欢迎使用SO！部分正确-分段冲突是由于程序试图访问不应该访问的内存造成的。但是您可能也有部分错误-错误可能出现在您没有向我们展示的代码中（即您的fasta_解析器例程）。请回答您的问题并添加fasta_parser的代码，以及.OT，但是您在tempfile.write（..）和parsedfile=（fasta…）周围有额外的参数（它们并不重要）。您不需要它们，但是@FrankSchmitt关于需要看到fasta_parser（）完成的说法是正确的：）这是一个有点像弗兰肯斯坦黑客的工作，但它是有效的。任何改进它的建议都将非常棒！此外，我会使用“biopython”，但我使用的机器没有，我也没有安装它的权限。谢谢括号里的注释@FrankSchmitt doneMore问题：-）什么是
threader
？如果注释掉
os.system（）
调用，是否仍会出现错误？