Python 在dna序列中进行反向恭维的函数

我试图使一个函数在我已经拥有的程序中运行。我在dna序列中做相反的恭维。这是我目前拥有的

for line in infile:
    line = line.strip()
    if line[0] == '>':
            outfile.write(line+'\n')
    else:
            line = line.upper().replace(' ','')
            if re.search('[^ACTG]', line) is None:
                    line = re.sub('A', 'F', line)
                    line = re.sub('T', 'A', line)
                    line = re.sub('F', 'T', line)
                    line = re.sub('G', 'Y', line)
                    line = re.sub('C', 'G', line)
                    line = re.sub('Y', 'C', line)
                    line = line[::-1]
                    outfile.write(line+'\n')
            else:
                    outfile.write('ERROR'+'\n')

如何使用以下格式将函数添加到此程序中

def codon(infile):
      for line in infile:
return something

---

这可能很简单，我是新手。谢谢。

代码没有返回任何内容，它只写入输出文件，因此您可以执行以下操作：

def codon(infile):
    for line in infile:
        line = line.strip()
        if line[0] == '>':
                outfile.write(line+'\n')
        else:
                line = line.upper().replace(' ','')
                if re.search('[^ACTG]', line) is None:
                        line = re.sub('A', 'F', line)
                        line = re.sub('T', 'A', line)
                        line = re.sub('F', 'T', line)
                        line = re.sub('G', 'Y', line)
                        line = re.sub('C', 'G', line)
                        line = re.sub('Y', 'C', line)
                        line = line[::-1]
                        outfile.write(line+'\n')
                else:
                        outfile.write('ERROR'+'\n')
    return

甚至删除return语句

---

希望这能有所帮助。

代码没有返回任何内容，它只写入输出文件，因此您可以执行以下操作：

def codon(infile):
    for line in infile:
        line = line.strip()
        if line[0] == '>':
                outfile.write(line+'\n')
        else:
                line = line.upper().replace(' ','')
                if re.search('[^ACTG]', line) is None:
                        line = re.sub('A', 'F', line)
                        line = re.sub('T', 'A', line)
                        line = re.sub('F', 'T', line)
                        line = re.sub('G', 'Y', line)
                        line = re.sub('C', 'G', line)
                        line = re.sub('Y', 'C', line)
                        line = line[::-1]
                        outfile.write(line+'\n')
                else:
                        outfile.write('ERROR'+'\n')
    return

甚至删除return语句

---

希望这能有所帮助。

不确定使用此功能返回时的想法。您可以返回一个表示序列完全相反的补充的列表（除了写“outfile”），但是如果您不想这样做，那么您可能不需要返回任何内容

无论哪种方式，它都会像这样：

def codon(infile, outfile):
    for line in infile:
        # the rest of your code goes here.
    return something # Remember to indent your return statement.

---

不确定使用此函数返回时的想法。您可以返回一个表示序列完全相反的补充的列表（除了写“outfile”），但是如果您不想这样做，那么您可能不需要返回任何内容

无论哪种方式，它都会像这样：

def codon(infile, outfile):
    for line in infile:
        # the rest of your code goes here.
    return something # Remember to indent your return statement.

---

与其将其写入文件，不如将其保存在数组中，然后按自己喜欢的方式写入

假设文件不是非常大

---

与其将其写入文件，不如将其保存在数组中，然后按自己喜欢的方式写入

假设文件不是非常大

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要将当前代码转换为返回结果的函数（除了写入文件），可以使用以下命令：

def codon(infile):
    all_lines = []
    for line in infile:
        line = line.strip()
        if line[0] == '>':
                pass
        else:
                line = line.upper().replace(' ','')
                if re.search('[^ACTG]', line) is None:
                        line = re.sub('A', 'F', line)
                        line = re.sub('T', 'A', line)
                        line = re.sub('F', 'T', line)
                        line = re.sub('G', 'Y', line)
                        line = re.sub('C', 'G', line)
                        line = re.sub('Y', 'C', line)
                        line = line[::-1]
                else:
                        line = 'ERROR'
         all_lines.append(line)
         outfile.write(line + '\n')
    return all_lines

这将给你一个列表，列出所有处理后的行，以及写出来。 我也调整了结构，只在你的逻辑末尾写出来。由于您可能不希望在结果中包含

'\n'

，因此我仅在使用

outfile

输出时将其添加到最后。但是，在将该行附加到

所有行

列表时，您可能不需要

'\n'

pass

行只是告诉python在这种情况下您不想做任何有趣的事情。您可以取消测试，只处理

else

子句a la中的内容：

def codon(infile):
    for line in infile:
        line = line.strip()
        if line[0] != '>':
                line = line.upper().replace(' ', '')
                ...

---

要将当前代码转换为返回结果的函数（除了写入文件），可以使用以下命令：

def codon(infile):
    all_lines = []
    for line in infile:
        line = line.strip()
        if line[0] == '>':
                pass
        else:
                line = line.upper().replace(' ','')
                if re.search('[^ACTG]', line) is None:
                        line = re.sub('A', 'F', line)
                        line = re.sub('T', 'A', line)
                        line = re.sub('F', 'T', line)
                        line = re.sub('G', 'Y', line)
                        line = re.sub('C', 'G', line)
                        line = re.sub('Y', 'C', line)
                        line = line[::-1]
                else:
                        line = 'ERROR'
         all_lines.append(line)
         outfile.write(line + '\n')
    return all_lines

这将给你一个列表，列出所有处理后的行，以及写出来。 我也调整了结构，只在你的逻辑末尾写出来。由于您可能不希望在结果中包含

'\n'

，因此我仅在使用

outfile

输出时将其添加到最后。但是，在将该行附加到

所有行

列表时，您可能不需要

'\n'

pass

行只是告诉python在这种情况下您不想做任何有趣的事情。您可以取消测试，只处理

else

子句a la中的内容：

def codon(infile):
    for line in infile:
        line = line.strip()
        if line[0] != '>':
                line = line.upper().replace(' ', '')
                ...

---

我不确定我是否理解你所说的“我如何才能使用类似的格式将函数添加到这个程序中”是什么意思。是否要将上面的代码转换为函数？是否要添加其他函数？您是否正在使用指定的代码并收到错误（因为最后一部分有空格问题）？您应该使用

string.translate

，而不是那样。。有趣的

re

解决方案。我的程序功能齐全。我需要这个程序做和现在一样的事情，我只是需要在里面有一个函数。我不确定我是否理解你所说的“我怎样才能用这样的格式在这个程序中添加一个函数”。是否要将上面的代码转换为函数？是否要添加其他函数？您是否正在使用指定的代码并收到错误（因为最后一部分有空格问题）？您应该使用

string.translate

，而不是那样。。有趣的

re

解决方案。我的程序功能齐全。我需要这个程序做和现在一样的事情，我只需要在里面有一个函数。