Biopython使用re.search（）对基因组tRNA序列进行排序

使用Biopython导入fasta格式的tRNA基因组序列，我正在编写这个搜索脚本；当我在这里下载的文件中搜索“AT”时：；返回626个结果中的622个。在我想为这次搜索排除的4个序列中，“AT”序列确实存在于tRNA 54中（如下所示）。为什么re.search（）不将此结果包含在622中？我不确定是误用了re.search（）还是字符串太长？ “AT”可以按以下顺序出现在字符串中：

--模式：汇编；默认目录：“~/Dropbox/shared/”--
编译于7月11日星期五15:35:06开始

./fasta_search.py位于
ID：向寡头探针致意
序号：
描述：对寡头探针TCAGTTGGAGGGAGGA的恭维
长度：0
ID:Homo_sapiens_chr1.trna25 AsnGTT
序号：GTCTCTGTGGCGTAGTGGTTAGGCGTTCGGCTGTTAACCGAAAGTTGGTGGTTCGAGCCACGCAGAGACG
描述：智人chr1.trna25-AsnGTT（148000805-148000878）Asn（GTT）74 bp Sc:72.61
长度：74
ID:Homo_sapiens_chr19.trna12 GlnTTG
序号：AGCAGTGTAGCCTAGTAGGCTAGTCCTCTGTTGAACCACGTGGTCTGTTTAAGTCGCTGCTA
描述：智人chr19.trna12-GlnTTG（9150428-9150356）Gln（TTG）73 bp Sc:23.15
长度：73
ID:Homo_sapiens_chr6.trna54 ThrCGT
序列：GGCCCTGTAGCTCAGCGGTTGGAGGCTGGTCTCGTAAACCTAGGGTCGTGTGTCAA*AT*CTCACCAGGGCCT
描述：智人chr6.trna54-ThrCGT（27586135-27586208）Thr（CGT）74 bp Sc:63.29
长度：74
hg19-tRNAs270.fa文件中有626条记录
在文件hg19-tRNAs270.fa中有622个序列匹配：AT

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编译于7月11日星期五15:35:06完成，可能是换行了。FASTA记录通常限制为每行60个字符（或者web告诉我的那样），因此如果format调用将匹配部分转换为

A\nT

，它将与您的regexp不匹配。改用

str\u record=str（record.seq）

（假设您真的只想搜索序列）。

更改

result = re.search(search_seq,str_record)   

到

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我猜record.format（）会在str_记录字符串中添加一个换行符。

奇怪，如果我复制你的人类序列并在REPL中匹配它，它确实匹配。你能为它打印

str_记录吗？>智人chr6.trna25-AlaAGC（26751918-26751990）Ala（AGC）73 bp Sc:46.89 ggggggg attagctcaagggtagggtgcctgcttagcatgcaagaggagagagagagatcgacg cctgcatctcca仍然匹配。我建议使用下面发布的解决方案之一。我最初尝试重新搜索（search_seq，record.seq），得到一个TypeError，尝试str（record）-仍然是一个TypeError；但是，类型为的str（record.seq）将转换为字符串@彼得德格洛普
result = re.search(search_seq,str_record)   

result = re.search(search_seq,str_record, re.MULTILINE)