如何使用Biopython的距离矩阵函数？

我想计算数据集上的距离矩阵（使用遗传距离函数），但我似乎不断出错，通常告诉我秩不是2。我实际上不确定它想要什么作为输入，因为文档中从来没有提到，而且网上也没有例子

假设我读到一些对齐的基因序列：

SingleLetterAlphabet() alignment with 7 rows and 52 columns
AEPNAATNYATEAMDSLKTQAIDLISQTWPVVTTVVVAGLVIRL...SKA COATB_BPIKE/30-81
AEPNAATNYATEAMDSLKTQAIDLISQTWPVVTTVVVAGLVIKL...SRA Q9T0Q8_BPIKE/1-52
DGTSTATSYATEAMNSLKTQATDLIDQTWPVVTSVAVAGLAIRL...SKA COATB_BPI22/32-83
AEGDDP---AKAAFNSLQASATEYIGYAWAMVVVIVGATIGIKL...SKA COATB_BPM13/24-72
AEGDDP---AKAAFDSLQASATEYIGYAWAMVVVIVGATIGIKL...SKA COATB_BPZJ2/1-49
AEGDDP---AKAAFDSLQASATEYIGYAWAMVVVIVGATIGIKL...SKA Q9T0Q9_BPFD/1-49
FAADDATSQAKAAFDSLTAQATEMSGYAWALVVLVVGATVGIKL...SRA COATB_BPIF1/22-73

这将由

data = Align.read("dataset.fasta","fasta")

但是Cluster.Record类中的距离矩阵不接受这一点。我怎样才能让它工作呢！即

dist_mtx = distancematrix(data)

---

简单的回答是：你没有

从：

记录存储基因表达数据和相关信息

Cluster

对象用于基因表达数据，而不用于MSA。

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我建议使用一个外部工具，比如运行在Python中的工具。

简单的回答是：你没有

从：

记录存储基因表达数据和相关信息

Cluster

对象用于基因表达数据，而不用于MSA。

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我建议使用一个外部工具，比如运行在Python中的工具。

寻求调试帮助的问题（“为什么这段代码不起作用？”）必须包括所需的行为、特定的问题或错误以及在问题本身中重现它所需的最短代码。没有明确问题陈述的问题对其他读者没有用处。请参阅：。寻求调试帮助的问题（“为什么此代码不起作用？”）必须包括所需的行为、特定的问题或错误以及在问题本身中重现该问题所需的最短代码。没有明确问题陈述的问题对其他读者没有用处。请参阅：。