Python linux在picard中合并多个文件

我有十个目录，每个目录大约有10-12个bam文件。我需要使用picard软件包将它们合并在一起，我想找到一种更好的方法

basic command:
java -jar picard.jar MergeSamFiles \
  I=input_1.bam \
  I=input_2.bam \
  O=merged_files.bam

directory 1:
java -jar picard.jar MergeSamFiles \
  I=input_16.bam \
  I=input_28.bam \
  I=input_81.bam \
  I=input_34.bam \
  ... \
  ... \
  I=input_10.bam \
  O=merged_files.bam

directory 2:
java -jar picard.jar MergeSamFiles \
  I=input_44.bam \
  I=input_65.bam \
  I=input_181.bam \
  I=input_384.bam \
  ... \
  ... \
  I=input_150.bam \
  O=merged_files.bam

如果输入不是按顺序的，我如何使用变量添加输入，我想对这十个目录执行for循环，但它们包含不同数量的bam文件

我应该使用python还是R来完成它，还是继续使用shell脚本？ 请给我一些建议

为什么不使用samtools

for folder in my_bam_folders/*; do
    samtools merge $folder.bam $folder/*.bam
done

通常，

samtools merge

可以将所有

bam

文件合并到给定目录中，如下所示：

samtools merge merged.bam *.bam

编辑：如果samtools不是一个选项，而您必须使用Picard，那么类似的东西呢

for folder in my_bam_folders/*; do
    bamlist=$(for f in $folder/*.bam; do echo -n "I=$f " ; done)
    java -jar picard.jar MergeSamFiles $bamlist O=$folder.bam
done

为什么不使用samtools呢

for folder in my_bam_folders/*; do
    samtools merge $folder.bam $folder/*.bam
done

通常，

samtools merge

可以将所有

bam

文件合并到给定目录中，如下所示：

samtools merge merged.bam *.bam

编辑：如果samtools不是一个选项，而您必须使用Picard，那么类似的东西呢

for folder in my_bam_folders/*; do
    bamlist=$(for f in $folder/*.bam; do echo -n "I=$f " ; done)
    java -jar picard.jar MergeSamFiles $bamlist O=$folder.bam
done

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我在samtools for merge中遇到了一个错误。关于添加读取组，picard似乎没有这个错误。我添加了一个选项，可以为您自动创建

I=

列表，您能看到它是否有效吗？

bamlist

对于非平凡的文件名无法正常工作。您希望使用

bamlist=$（“$folder”/*.bam）

将文件名收集到一个数组中，并使用

java-jar picard.jar MergeSamFiles“${bamlist[@]/#/I=}”O=“$folder.bam”对其进行插值

将

I=

前缀添加到数组中的每个项。我在samtools for merge中遇到了一个错误，关于add ReadGroup和picard似乎没有此错误我添加了一个选项，该选项应自动为您创建

I=

列表，你能看到这是否有效吗？

bamlist

对于非平凡的文件名不能正常工作。您希望使用

bamlist=$（“$folder”/*.bam）

将文件名收集到一个数组中，并使用

java-jar picard.jar MergeSamFiles“${bamlist[@]/#/I=}”O=“$folder.bam”

将前缀添加到数组中的每个项中。