Python DNA序列串中的核苷酸计数

我已经写了这个函数，它的功能不是我想要的。有什么想法吗？ 我知道问题出在字符定义上

def count_nucleotides(dna, nucleotide):
    ''' (str, str) -> int

    Return the number of occurrences of nucleotide in the DNA sequence dna.

    >>> count_nucleotides('ATCGGC', 'G')
    2
    >>> count_nucleotides('ATCTA', 'G')
    0
    '''

    num_nucleodites=0

    for char in dna:
        if char is ('A'or'T'or'C'or'G'):
            num_nucleodites=num_nucleodites + 1      
    return num_nucleodites

---

您编写的

或

条件不能按您认为的方式工作。。它应该检查每个字符的

char

，然后使用

或

将它们分开，如下所示：-

if char is 'A' or char is 'T' ... so on:

但是，您可以使用一种更好的方法在操作符中使用

试试这个：-

for char in dna:
        if char in 'ATCG':
            num_nucleodites=num_nucleodites + 1 


但是，由于您在
问题中说过，您只需要计算一个特定元素的数量，因此不需要将每个字符与所有4个字符一起检查。。下面是使用basic for循环时代码的外观：-

def count_nucleotides(dna, nucleotide):
    num_nucleotide = 0
    for char in dna:
        if char == nucleotide:
            num_nucleotide = num_nucletode + 1
    return num_nucleotide

或者只是：-

def count_nucleotides(dna, nucleotide):
    return dna.count(nucleotide)

您编写的
或
条件不能按您认为的方式工作。。它应该检查每个字符的
char
，然后使用
或
将它们分开，如下所示：-

if char is 'A' or char is 'T' ... so on:

但是，您可以使用一种更好的方法在
操作符中使用

试试这个：-

for char in dna:
        if char in 'ATCG':
            num_nucleodites=num_nucleodites + 1 


但是，由于您在
问题中说过，您只需要计算一个特定元素的数量，因此不需要将每个字符与所有4个字符一起检查。。下面是使用basic for循环时代码的外观：-

def count_nucleotides(dna, nucleotide):
    num_nucleotide = 0
    for char in dna:
        if char == nucleotide:
            num_nucleotide = num_nucletode + 1
    return num_nucleotide

或者只是：-

def count_nucleotides(dna, nucleotide):
    return dna.count(nucleotide)

那就

def count_nucleotides(dna, nucleotide):
    return dna.count(nucleotide)

（请注意，就家庭作业而言，这可能不太可能……）
那就这样吧

def count_nucleotides(dna, nucleotide):
    return dna.count(nucleotide)

（请注意，就家庭作业而言，这可能不太可能实现…）

这就是计算返回“A”的
'A'或'T'
，然后检查
char
是否等于它-在Python REPL中尝试：

>>> ('A'or'T'or'C'or'G')
'A'

我想你的意思是：

if char in ('A', 'T', 'C', 'G'):

这就是计算返回“A”的
'A'或'T'
，然后检查
char
是否等于它-在Python REPL中尝试：

>>> ('A'or'T'or'C'or'G')
'A'

我想你的意思是：

if char in ('A', 'T', 'C', 'G'):

根据你的一条评论，你似乎在寻找不止一个核苷酸的重叠序列。这可以通过正则表达式完成：

import re
def find_overlapping(needle, haystack):
    return len(re.findall("(?=" + needle + ")", haystack))

然后您可以这样使用它：

>>> find_overlapping("AGA", "AGAGAGAAGAGAG")
5

根据你的一条评论，你似乎在寻找不止一个核苷酸的重叠序列。这可以通过正则表达式完成：

import re
def find_overlapping(needle, haystack):
    return len(re.findall("(?=" + needle + ")", haystack))

然后您可以这样使用它：

>>> find_overlapping("AGA", "AGAGAGAAGAGAG")
5

我在这里看到了很多与DNA相关的统计数据。这是一个相当常见的家庭作业问题吗？你是在计算所有核苷酸，还是只计算传入的核苷酸？你的
如果char是（'a'或'T'或'C'或'G'）
实际上与
如果char是'G'
（由于
或
操作符的工作原理）是一样的。我在这里看到了很多与DNA相关的统计数据。这是一个相当常见的家庭作业问题吗？你是在计算所有核苷酸，还是只计算传入的核苷酸？你的
如果char是（'a'或'T'或'C'或'G'）
实际上与
如果char是'G'
（由于
或
操作符的工作原理）是一样的，但是它不算重叠，看起来你只是在寻找一个核苷酸。如果要查找重叠序列，则需要更复杂的内容。@user1719345此函数与文档字符串中的示例匹配。如果它不正确，你能给出更多的例子吗？我想到了，但它不算数，看起来你只是在寻找一个核苷酸。如果要查找重叠序列，则需要更复杂的内容。@user1719345此函数与文档字符串中的示例匹配。如果不正确，你能给出更多的例子吗？好的，但我想只计算通过的核数据项，但我想只计算通过的核数据项。我想函数只计算通过的核数据项。你通常不应该使用
is
进行相等比较。@TimPietzcker谢谢。编辑：）@user1719345。。是的，这就是我的第二个和第三个代码所做的。第一种方法是在代码中执行操作的唯一方法：）我希望该函数只计算通过的核苷元。通常，您不应该使用
is
进行相等比较。@TimPietzcker，谢谢。编辑：）@user1719345。。是的，这就是我的第二个和第三个代码所做的。第一种方法是执行代码中的操作：）+1，强制查找重叠匹配的
（？=X）
是一种巧妙的技巧。+1，强制查找重叠匹配的
（？=X）
是一种巧妙的技巧。