Python Pytest-对不同的输入数据集运行相同的测试

我有许多函数要使用

pytest

进行测试

在整个测试过程中，我使用了几个在脚本顶部指定的输入文件：

import pytest
from mymodule.mymodule import *

test_bam = 'bam/test/test_reads_pb.bwa.bam'
sample_mapping_file = 'tests/test_sample_mapping.txt'
pb_errors_file = 'tests/data/pb_test_out.json'
pb_stats = 'tests/data/pb_stats.json'

然后，我使用此输入运行几个测试：

@pytest.fixture
def options():
    o, a = get_args()

    return o

@pytest.fixture
def samples_dict():
    d = get_sample_mapping(sample_mapping_file)

    return d


@pytest.fixture
def read_stats(options, samples_dict):
    stats, bam = clean_reads(options, test_bam, samples_dict)

    return stats


@pytest.fixture
def clean_bam(options, samples_dict):
    stats, bam = clean_reads(options, test_bam, samples_dict)

    return bam


def test_errors(options, samples_dict, clean_bam):
    """Test successful return from find_errors"""
    sample, genome, chrom = set_genome(options, test_bam, samples_dict)

    base_data = find_errors(options, chrom, sample, clean_bam)

    assert base_data

我希望能够在多个不同的输入集上运行相同的测试，其中

test\u bam

，

sample\u mapping\u file

，

pb\u errors\u file

和

pb\u stats

都将不同

在不同的输入数据集上运行相同测试的最佳方法是什么？

我已经尝试过使用标记来运行特定于输入的函数：

@pytest.mark.pd
def get_pb_data():
    """Read in all pb-related files"""

@pytest.mark.ab
def get_ab_data():
    """Read in all ab-related files"""

但这对我设置的装置不起作用（除非我遗漏了什么）

---

任何建议都很好

使用pytest参数化包装器

test_bam = 'bam/test/test_reads_pb.bwa.bam'
sample_mapping_file = 'tests/test_sample_mapping.txt'
pb_errors_file = 'tests/data/pb_test_out.json'
pb_stats = 'tests/data/pb_stats.json'

@pytest.mark.parametrize("config", [test_bam, sample_mapping_file, pb_errors_file, pb_stats])
def do_something(config):
   #

---

它将在每个配置测试输入上创建多个测试，并分配给

config

变量。

使用pytest参数化包装器

test_bam = 'bam/test/test_reads_pb.bwa.bam'
sample_mapping_file = 'tests/test_sample_mapping.txt'
pb_errors_file = 'tests/data/pb_test_out.json'
pb_stats = 'tests/data/pb_stats.json'

@pytest.mark.parametrize("config", [test_bam, sample_mapping_file, pb_errors_file, pb_stats])
def do_something(config):
   #

---

它将在每个配置测试输入上创建多个测试，并分配给

config

变量。

@pytest.mark.pd

不指定输入类型，它将

pd

标记添加到测试中，可在运行测试时使用，例如运行所有标有

pd

的测试

pytest TestsFolder -m pd

如果要在不同的文件集上运行测试，可以将文件名存储在csv中，例如，并从测试参数化标记中读取这些文件集

def data_source():
    for files in read_files_groups_from_csv():
        yield files

@pytest.mark.parametrize('files', data_source())
def test_errors(options, samples_dict, clean_bam, files):
    """for example, files parameter will be ['bam/test/test_reads_pb.bwa.bam', 'tests/test_sample_mapping.txt', 'tests/data/pb_test_out.json', 'tests/data/pb_stats.json']"""

mark.parametrize

将在夹具之前运行，因此您也可以将

文件作为参数发送给它们

@pytest.fixture
def options(files):
    d = samples_dict(files[1])
    return d

如果您不想依赖索引创建一个以文件名作为属性的类，并从
data\u source（）
不指定输入类型，它会将
pd
标记添加到测试中，在运行测试时可以使用该标记，例如运行所有标有
pd
的测试

pytest TestsFolder -m pd

如果要在不同的文件集上运行测试，可以将文件名存储在csv中，例如，并从测试参数化标记中读取这些文件集

def data_source():
    for files in read_files_groups_from_csv():
        yield files

@pytest.mark.parametrize('files', data_source())
def test_errors(options, samples_dict, clean_bam, files):
    """for example, files parameter will be ['bam/test/test_reads_pb.bwa.bam', 'tests/test_sample_mapping.txt', 'tests/data/pb_test_out.json', 'tests/data/pb_stats.json']"""

mark.parametrize
将在夹具之前运行，因此您也可以将
文件作为参数发送给它们

@pytest.fixture
def options(files):
    d = samples_dict(files[1])
    return d

如果您不想依赖索引，请创建一个以文件名作为属性的类，并从
data\u source（）
返回它，也许您可以对此进行更多的扩展？您可以在这里参考官方文档。我仍然不太清楚这将如何工作。我有几个不同的
test\u bam
（例如）文件，我想针对多个测试运行这些文件。我是否应该修饰使用
@pytest.mark.parametrize
运行的每个测试？这是如何与
@fixtures
一起工作的？我不明白。你想使用不同的测试设置资源吗？这正是为之设计的
参数化
。也许你可以对此进行更多的扩展？你可以在这里参考官方文档。我仍然不太清楚这将如何工作。我有几个不同的
test\u bam
（例如）文件，我想针对多个测试运行这些文件。我是否应该修饰使用
@pytest.mark.parametrize
运行的每个测试？这是如何与
@fixtures
一起工作的？我不明白。您想使用不同的测试设置资源吗？这正是为您设计的
parametrize
。