Python 无法打开文件：“名称错误：未定义名称”

我正在创建一个程序来读取FASTA文件，并在某些特定字符（如“>”等）处拆分。但我面临一个问题

计划部分为：

>>> def read_FASTA_strings(seq_fasta):
...     with open(seq_fasta.txt) as file: 
...             return file.read().split('>') 

错误：

Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
NameError: name 'seq_fasta' is not defined

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如何解决此问题？

您需要将文件名指定为字符串文字：

open('seq_fasta.txt')

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您需要引用文件名：open'seq_fasta.txt'

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除此之外，您可以选择不同的名称，但文件使用此名称会隐藏一个内置名称。

您的程序将seq_fasta.txt视为对象标签，类似于导入数学模块后使用math.pi的方式

这是行不通的，因为seq_fasta.txt实际上没有指向任何东西，因此您的错误。您需要做的是在“seq_fasta.txt”周围加上引号，或者创建一个包含该变量的文本字符串对象，并在open函数中使用该变量名。由于.txt文件，它认为函数头中的seq_fastain和函数体中的seq_fasta.txt是两个不同的标签

接下来，您不应该使用文件，因为它是python的一个重要关键字，您可能会遇到一些棘手的错误和坏习惯

def read_FASTA_strings(somefile):
    with open(somefile) as textf: 
        return textf.read().split('>')

然后使用它

lines = read_FASTA_strings("seq_fasta.txt") 

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我想，“seq_fasta.txt”应该用引号括起来。确保你没有重新发明轮子：是的..谢谢你的建议和努力：