Python 使用BCBio'进行不正确的分析；GFF解析器

我正在使用BCBio的GFF解析器进行实验，希望能将其用于我的工具。我从NCBI的RefSeq数据库中获取了一个test.gbk文件，并用它解析成一个.gff文件

我使用的代码（来自）：

以下是部分结果：

gff第三版 ##序列区NC_009925.1 1 6503724 NC_009925.1注释备注1 6503724。加入=NC_009925；注释=临时参考序号：此记录尚未接受最终%0ANCBI审查。参考序列来源于CP000828。%0A来源于海洋生物技术研究所培养的细菌%0A收集%2C海洋生物技术研究所%2C 3-75-1海田%2C Kamaishi%2C%0AIwate 026-0001%2C日本。%0A完整性：全长。；数据文件分区=CON；日期=2013年6月10日；gi=15833233；关键词=；有机物=海洋粉螨MBIC1017；参考资料=位置：%5B0:6503724%5D%0A作者：斯威格利%2CW.D.%2C陈%2CM.%2C张%2CP.C.%2C康拉德%2CA.L.%2C德耶萨%2CL.C.%2C浩%2CJ.%2C本察克%2CB.M.%2C卡尔巴赫%2CL.E.%库尔多卢%2CA.%拉希里%2CS.%2C马斯特里安%2CS.D.%2C宫田%2CH.%页%2C%2C罗摩那%2CP克里希纳%2CP萨蒂%2C%2C库尔多卢%2C%2C泰勒%2C%2C泰勒%2C%2CTomo%2CT.%2C Tsuchiya%2CT.%2C Wang%2CZ.T.%2C Raymond%2CJ.%2C Mimuro%2CM.%2CM Blankenship%2CR.E。和Touchman%2CJ.W.%0Atitle：叶绿素d产生菌Acaryochloris marina中的生态位适应和基因组扩展%0Ajournal:Proc。纳特尔。阿卡德。Sci。美国105%286%29%2C 2005-2010%282008%29%0美国在线id:%0经验证的id:18252824%0建议：，位置：%5B0:6503724%5D%0作者：%0Aconsrtm:NCBI基因组计划%0文章：直接提交%0作者：提交%2817-10-2007%29国家生物技术信息中心%2C NIH%2C贝塞斯达%2C MD 20894%2C美国在线id:%0经验证的id:%0建议：，地点：%5B0:6503724%5D%0A作者：Touchman%2CJ.W.%0A个人：直接提交%0A个人：提交%2827-AUG-2007%29药物基因组学部门%2C翻译基因组学研究所%2C 13208 E Shea Blvd%2C Scottsdale%2C AZ 85004%2C美国%0美国电话线id:%0申请id:%0A建议：；序列_版本=1；来源=海洋粉螨MBIC1017；分类学=细菌、蓝藻、振荡菌亚科、绿球藻科、粉螨属 NC_009925.1特征源1 6503724.+。db_xref=分类单元：329726；mol_类型=基因组DNA；注=马尼亚红蜱的类型菌株；有机物=海洋粉螨MBIC1017；应变=Mbic1017 NC_009925.1特征基因931 1581。db_xref=GeneID:5685235；轨迹标记=AM1\U 0001；注=保守假设蛋白；伪= NC_009925.1特征基因1627 2319。db_xref=GeneID:5678840；轨迹标签=AM1\U 0003 问题在于第三行和第四行：它从.gbk中获取完整的标题信息，并将其作为一行输入，但应该跳过它。最后两行是正确的（输出文件的其余部分也是正确的）。我试过使用几个不同的.gbk文件，所有的结果都是一样的

以下是.gbk文件的开头，以供参考：

位点NC_009925 6503724 bp DNA循环CON 2013年6月10日
定义马氏粉螨MBIC1017染色体，全基因组。
加入NC_009925
版本NC_009925.1 GI:15833233
DBLINK项目：58167
生物项目：PRJNA58167
关键词。
来源：海洋粉螨MBIC1017
海洋粉螨MBIC1017
细菌；蓝藻；振荡菌科；绿球藻；
蜱螨属。
参考1（基准1至6503724）
作者Swingley，W.D.，Chen，M.，Cheng，P.C.，Conrad，A.L.，Dejesa，L.C。，
Hao，J.，Honchak，B.M.，Karbach，L.E.，Kurdoglu，A.，Lahiri，S。，
马斯特里安，S.D.，宫田，H.，佩奇，L.，罗摩克里希纳，P.，佐藤，S。，
Sattley，W.M.，Shimada，Y.，Taylor，H.L.，Tomo，T.，Tsuchiya，T。，
Wang，Z.T.，Raymond，J.，Mimuro，M.，Blankenship，R.E.和
Touchman，J.W。
叶绿素的生态位适应和基因组扩展
产d蓝藻粉氯藻
日志处理。纳特尔。阿卡德。Sci。《美国法典》105（6），2005-2010（2008）
PUBMED 18252824
参考2（基准1至6503724）
CONSTRTM NCBI基因组计划
标题直接提交
期刊提交（2007年10月17日）国家生物技术中心
信息，美国马里兰州贝塞斯达国家卫生研究院，邮编：20894
参考3（基准1至6503724）
作者：Touchman，J.W。
标题直接提交
杂志提交（2007年8月27日）药物基因组学部，
翻译基因组学研究所，13208 E Shea Blvd，
美国亚利桑那州斯科茨代尔85004
临时意见参考：该记录尚未进行最终审查
NCBI审查。参考序列源自CP000828。
海洋生物技术研究所培养的源细菌
海洋生物技术研究所收藏，Kamaishi海塔3-75-1号，
岩手026-0001，日本。
完整性：全长。
特征位置/限定符
资料来源1..6503724
/有机物=“Acaryochloris marina MBIC1017”
/mol_type=“基因组DNA”
/应变=“mbic1017”
/db_xref=“分类单元：329726”
/注=“马尼亚红蜱的类型菌株”
基因补体（931..1581）
/轨迹标签=“AM1\U 0001”
/注=“保守假设蛋白”
/伪
/db_xref=“GeneID:5685235”
基因补体（1627..2319）
/轨迹标签=“AM1\U 0003”
/db_xref=“GeneID:5678840”
CDS补码（1627..2319）
/轨迹标签=“AM1\U 0003”
/密码子启动=1
/transl_表=11
/product=“NUDIX水解酶”
/保护
#!/usr/bin/python
from BCBio import GFF
from Bio import SeqIO

def convert_to_GFF3():
    in_file = "/var/www/localhost/NC_009925.gbk"
    out_file = "/var/www/localhost/output/your_file.gff"
    in_handle = open(in_file)
    out_handle = open(out_file, "w")

    GFF.write(SeqIO.parse(in_handle, "genbank"), out_handle)

    in_handle.close()
    out_handle.close()

convert_to_GFF3()

if "\tannotation\t" in line or "feature\tsource" in line:

self._write_annotations(rec.annotations, rec.id, len(rec.seq), out_handle)

#!/usr/bin/env python
from BCBio import GFF
from Bio import SeqIO

def convert_to_GFF3():
    in_file = "input.gbk"
    out_file = "output.gff"
    in_handle = open(in_file)
    out_handle = open(out_file, "w")

    records = []
    for record in SeqIO.parse(in_handle, "genbank"):
        # delete annotations
        record.annotations = {}
        # loop through features to find the source
        for i in range(0,len(record.features)):
            # if found, delete it and stop (only expect one source)
            if(record.features[i].type == "source"):
                record.features.pop(i)
                break
        records.append(record)

    GFF.write(records, out_handle)

    in_handle.close()
    out_handle.close()

convert_to_GFF3()