使用python计算值之间的距离

我是python新手，希望能得到一些帮助

我有一个脚本，它在一个序列中每三个碱基计数一次，直到识别出一个终止密码子，然后断开并返回值。这适用于每个读取帧0、+1、+2

我希望它返回一个值0，如果脚本运行到序列的末尾，那么在识别终止密码子之前。此时，脚本为count0返回18，当序列在找到“TAG”或“TAA”之前结束时，count0应为0

任何帮助都将不胜感激

seq="TCATTCTaTTTAAAAAAatATAAAaGGGgTTTTGGGgTTTtGGGGTTTtGGGG"

stop_codons = ["TAG", "TAA"]
count0 = 0
n = 0
while n < len(seq):
    if seq[n:n+3] in stop_codons:
        break
    count0 += 1
    n += 3
print count0      

count1 = 0
n = 1
while n < len(seq):
    if seq[n:n+3] in stop_codons:
        break
    count1 += 1
    n += 3
print count1      

count2 = 0
n = 2
while n < len(seq):
    if seq[n:n+3] in stop_codons:
        break
    count2 += 1
    n += 3
print count2 

---

一个简单的解决方法就是这样做。不过，你应该考虑重构你的代码。

stop_codons = ["TAG", "TAA"]
count0 = 0
n = 0
found = False
while n < len(seq):
    if seq[n:n+3] in stop_codons:
        found = True
        break
    count0 += 1
    n += 3

if not found:
    count0 = 0

stop_密码子=[“TAG”，“TAA”]
count0=0
n=0
发现=错误
当n

一个简单的修复方法就是这样做。不过，你应该考虑重构你的代码。

stop_codons = ["TAG", "TAA"]
count0 = 0
n = 0
found = False
while n < len(seq):
    if seq[n:n+3] in stop_codons:
        found = True
        break
    count0 += 1
    n += 3

if not found:
    count0 = 0

stop_密码子=[“TAG”，“TAA”]
count0=0
n=0
发现=错误
当n

您搜索停止密码子，如果找到它，它会过早退出循环。 否则，它将运行完整的循环，在

n==len（seq）

时退出循环，然后仍然打印计数

两种解决方案：

仅在找到终止密码时打印：

count1 = 0
n = 1
while n < len(seq):
    if seq[n:n+3] in stop_codons:
        print count1
        break
    count1 += 1
    n += 3

---

你搜索停止密码子，如果它找到了，它就会过早地退出循环。 否则，它将运行完整的循环，在

n==len（seq）

时退出循环，然后仍然打印计数

两种解决方案：

仅在找到终止密码时打印：

count1 = 0
n = 1
while n < len(seq):
    if seq[n:n+3] in stop_codons:
        print count1
        break
    count1 += 1
    n += 3

seq=“tcattctattataaaaaaaaaaaaaggttggttggttggttggttggttgggggg”
stop_密码子=[“TAG”，“TAA”]
def打印计数（顺序、停止密码、开始）：
发现=错误
计数=0
n=开始
当n

seq=“tcattctatttaaaaaaaaataaaggggttggttggttggttggttggttgggggg”
stop_密码子=[“TAG”，“TAA”]
def打印计数（顺序、停止密码、开始）：
发现=错误
计数=0
n=开始
当n

我建议将迭代代码推送到函数中：

def get_codon_index(seq, start_idx):
    count = 0
    n = start_idx
    while n < len(seq):
        if seq[n:n+3] in stop_codons:
            return count
        count += 1
        n += 3
    return -1

def get_codon_索引（seq，start_idx）：
计数=0
n=开始\u idx
当n

这样可以省去引入布尔标志的工作量，避免代码重复

---

我返回

-1

而不是

0

，因为

0

可能是密码子的实际索引（如果密码子正好位于序列的开头）。

我建议将迭代代码推到函数中：

def get_codon_index(seq, start_idx):
    count = 0
    n = start_idx
    while n < len(seq):
        if seq[n:n+3] in stop_codons:
            return count
        count += 1
        n += 3
    return -1

def get_codon_索引（seq，start_idx）：
计数=0
n=开始\u idx
当n

这样可以省去引入布尔标志的工作量，避免代码重复

---

我返回

-1

而不是

0

，因为

0

可能是密码子的实际索引（如果密码子正好位于序列的开头）。

此代码将在序列中循环，并在找到返回停止密码子第一个字符位置的TAA或标记序列时停止

seq="TCATTCTaTTTAAAAAAatATAAAaGGGgTTTTGGGgTTTtGGGGTTTtGGGG"

list = ["z", "z", "z"] # otherwise the list will not be of 3 characters
i = 0

for letter in seq:
    list.pop(0)
    list.append(letter)
    codon = "".join(list)
    i = i + 1
    if codon == "TAG" or codon == "TAA":
        print i - 2 # to print the position of T
        break

---

该代码将在序列中循环并在找到返回终止密码子第一个字符位置的TAA或标记序列时停止

seq="TCATTCTaTTTAAAAAAatATAAAaGGGgTTTTGGGgTTTtGGGGTTTtGGGG"

list = ["z", "z", "z"] # otherwise the list will not be of 3 characters
i = 0

for letter in seq:
    list.pop(0)
    list.append(letter)
    codon = "".join(list)
    i = i + 1
    if codon == "TAG" or codon == "TAA":
        print i - 2 # to print the position of T
        break

---

帮你自己一个忙，不要再发明轮子，特别是当它是免费的和广泛使用的时候。

帮你自己一个忙，不要再发明轮子，特别是当它是免费的和广泛使用的时候。

在你的样品中它发现了TAA（我也能看到），所以它打印了18。但是你说它“应该是0，因为在找到“TAG”或“TAA”之前序列结束了”，请写一个以n为参数的函数。您将避免大量代码重复和错误@doctorlove TAA在第+1帧中。那是从卡特开始的。。。在第0帧TCATTCT中没有停止…在您的示例中它找到了TAA（我也可以看到），所以它打印18。但是你说它“应该是0，因为在找到“TAG”或“TAA”之前序列结束了”，请写一个以n为参数的函数。您将避免大量代码重复和错误@doctorlove TAA在第+1帧中。那是从卡特开始的。。。第0帧中没有停止TCATTCT…谢谢你的帮助JohannesThanks谢谢你的帮助Johannest这正是我想要做的。谢谢你的帮助！不客气。请接受我（或其他人之一）的答案。这正是我想要做的。谢谢你的帮助！不客气。请接受我（或其他人之一）的答案。