Python 使用子进程执行时出错

我试图通过Python代码执行shell命令，但我无法理解它失败的原因

当打印命令并将其粘贴到shell以尝试直接执行它时，效果非常好，这就是奇怪的部分

从Python中，我得到以下信息：

/bin/sh: -c: line 0: syntax error near unexpected token `('
/bin/sh: -c: line 0: `/DATA/NGS/ngs_software/bioinfoSoftware/bwa_current/bwa mem ... --threads 4 -T /tmp/samTemp -'

我有什么遗漏吗？我的代码如下所示，其中'cmd'是带有命令的字符串。操作系统是带有bash shell的CentOS：

process = subprocess.Popen(cmd, shell=True, stdout=subprocess.PIPE)
out = process.stdout.readline()
out = out.decode("utf-8").strip('\n')

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您的命令包含进程替换，但

Popen

使用

/bin/sh

运行其命令。但是，当作为

/bin/sh

运行时，

bash

不允许进程替换。您可以使用

executable

选项显式请求命令与

bash

一起运行

process = subprocess.Popen(cmd, shell=True, executable='/bin/bash', stdout=subprocess.PIPE)

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命令是什么？

shell尝试直接执行它非常有效

idle hold your app，但是

谁在外面持有你的app？

@chepner给了我正确的答案，这是一个不起作用的替代。谢谢你的帮助！令人惊叹的！，那确实管用，我不知道。非常感谢您的帮助：）谢谢您的可执行选项。。。不知道它的存在。。。我在通过重定向时出错