使用SciPy/Pandas将Python:Edge列表添加到邻接矩阵显示索引器：列索引（3）超出范围

我有一个带有边缘列表的文本文件（

egde.txt

）：

边的权重是浮动值，如图所示，分隔符是空白，我必须在文本文件中保持这种方式。我想将此边缘列表转换为如下所示的矩阵，并将其存储在CSV文件中：

    1         2         3
1   0.000000  0.257905  0.775104
2   0.346100  0.000000  0.438893
3   0.753358  0.222349  0.000000  

我有以下代码（

txttocsv2.py

），我原以为可以，但不幸的是没有：

import numpy as np
import scipy.sparse as sps
import csv
import pandas as pd

with open('connectivity.txt', 'r') as fil:

    A = np.genfromtxt(fil)

    i, j, weight = A[:,0], A[:,1], A[:,2]

    dim =  max(len(set(i)), len(set(j)))

    B = sps.lil_matrix((dim, dim))
    for i,j,w in zip(i,j,weight):
        B[i,j] = w

    for row in B: #I want to print the output as well to see if it works
        print(row)

    with open("connect.csv", "wb") as f:
        for row in B:
            writer = csv.writer(f)
            writer.writerow(B)  

错误是：

Traceback (most recent call last):
  File "txttocsv2.py", line 16, in <module>
    B[i,j] = w
  File "/home/osboxes/pymote_env/local/lib/python2.7/site-packages/scipy/sparse/lil.py", line 379, in __setitem__
    i, j, x)
  File "scipy/sparse/_csparsetools.pyx", line 231, in scipy.sparse._csparsetools.lil_fancy_set (scipy/sparse/_csparsetools.c:5041)
  File "scipy/sparse/_csparsetools.pyx", line 376, in scipy.sparse._csparsetools._lil_fancy_set_int32_float64 (scipy/sparse/_csparsetools.c:7021)
  File "scipy/sparse/_csparsetools.pyx", line 87, in scipy.sparse._csparsetools.lil_insert (scipy/sparse/_csparsetools.c:3216)
IndexError: column index (3) out of bounds  

回溯（最近一次呼叫最后一次）：
文件“txttocsv2.py”，第16行，在
B[i，j]=w
文件“/home/osbox/pymote_env/local/lib/python2.7/site packages/scipy/sparse/lil.py”，第379行，在__
i、 j，x）
文件“scipy/sparse/_csparsetools.pyx”，第231行，在scipy.sparse._csparsetools.lil_fancy_集合中（scipy/sparse/_csparsetools.c:5041）
文件“scipy/sparse/_csparsetools.pyx”，第376行，在scipy.sparse.\u csparsetools.\u lil\u fancy\u set\u int32\u float64中（scipy/sparse/_csparsetools.c:7021）
文件“scipy/sparse/_csparsetools.pyx”，第87行，在scipy.sparse._csparsetools.lil_insert中（scipy/sparse/_csparsetools.c:3216）
索引器：列索引（3）超出范围

有谁能指出代码哪里出了问题并帮我解决吗？
提前感谢：）

---

使用Ubuntu14.04 32位虚拟机和Python 2.7，您的代码尝试访问matrix

B

中的位置

i，j

。 问题是

i

和

j

是基于一的，而矩阵是基于零的。 你应该切换到

B[i-1，j-1]=w

。另外，您可能需要将行

writer.writerow（B）

更改为

writer.writerow（行）

或者像约翰·高尔特所说的，使用熊猫

pivot

：

将熊猫作为pd导入

---

pd.read_csv（'edge.txt'，delimiter=''，header=None）.pivot（0,1,2）.to_csv（'connect.csv'，header=False，index=False）

为什么不使用

df.pivot（0,1,2）

在pandas中创建矩阵，并使用

.to_csv（…）

保存为csv文件，其中

df

是edgelist？@JohnGalt感谢您的回复。我还是Python的初学者，因此理解您的答案对我来说有点困难。据我所知，您建议我使用

DataFrame

并创建矩阵，

pivot

中的

0、1、2

分别是边

u

、

v

和权重

w

，对吗？我该如何修改它以将文本文件作为输入？如果可能的话，请发布你的答案：）谢谢你的回答。代码使用的是

B[i-1，j-1]=w

，并且有一个输出，但是我在将输出写入CSV文件时仍然出错：

raise TypeError（“稀疏矩阵长度不明确；使用getnnz（）”TypeError:稀疏矩阵长度不明确；使用getnnz（）或shape[0]

错误指向行

writer.writerow（B）

。我无法从一开始就让它工作。如果可能，请发布完整的答案。再次感谢：）编辑。你能公布你在尝试使用pandas时遇到的错误吗？你对pandas的建议有效，但我仍然需要输出文件中的节点号作为适当的邻接矩阵。对此有什么建议吗？我现在有了节点号，我只需将

中的
标题和
索引更改为
到
真
。但是仍然存在一个问题，在输出的头中出现了一个
0
，就像
0,1,2,3
一样，在一个正确的CSV文件中实际应该是
，1,2,3
（第一个逗号前没有字符）。您可以像这样使用重命名轴：
pd.read\u CSV（'edge.txt'，delimiter=''，header=None）。pivot（0,1,2）。将_轴（无）重命名为_csv（'connect.csv'，header=False，index=False）
Traceback (most recent call last):
  File "txttocsv2.py", line 16, in <module>
    B[i,j] = w
  File "/home/osboxes/pymote_env/local/lib/python2.7/site-packages/scipy/sparse/lil.py", line 379, in __setitem__
    i, j, x)
  File "scipy/sparse/_csparsetools.pyx", line 231, in scipy.sparse._csparsetools.lil_fancy_set (scipy/sparse/_csparsetools.c:5041)
  File "scipy/sparse/_csparsetools.pyx", line 376, in scipy.sparse._csparsetools._lil_fancy_set_int32_float64 (scipy/sparse/_csparsetools.c:7021)
  File "scipy/sparse/_csparsetools.pyx", line 87, in scipy.sparse._csparsetools.lil_insert (scipy/sparse/_csparsetools.c:3216)
IndexError: column index (3) out of bounds