Python3-循环行，然后循环一些列以打印文本

我有一个熊猫数据框，看起来像这样：

            0                   1                   2              3  \
0  UICEX_0001   path/to/bam_T.bam   path/to/bam_N.bam     chr1:10000   
1  UICEX_0002  path/to/bam_T2.bam  path/to/bam_N2.bam  chr54:4958392   

              4  
0  chr4:4958392  
1           NaN 

我试图循环遍历每一行并打印文本以输出给另一个程序。我需要打印前三列（以及其他一些文本），然后浏览其余的列并根据它们是否为NaN打印不同的内容

这主要起作用：

当前代码

def CreateIGVBatchScript(x):
    for row in x.iterrows():
        print("\nnew")
        sample = x[0]
        bamt = x[1]
        bamn = x[2]
        print("\nload", bamt.to_string(index=False), "\nload", bamn.to_string(index=False))
        for col in range(3, len(x.columns)):
            position = x[col]
            if position.isnull().values.any():
                print("\n")
            else:
                position = position.to_string(index=False)
                print("\ngoto ", position, "\ncollapse\nsnapshot ", sample.to_string(index=False), "_", position,".png\n")

CreateIGVBatchScript(data)

但输出如下所示：

            0                   1                   2              3  \
0  UICEX_0001   path/to/bam_T.bam   path/to/bam_N.bam     chr1:10000   
1  UICEX_0002  path/to/bam_T2.bam  path/to/bam_N2.bam  chr54:4958392   

              4  
0  chr4:4958392  
1           NaN 

实际产出

new
load path/to/bam_T.bam
path/to/bam_T2.bam 
load path/to/bam_N.bam
path/to/bam_N2.bam

goto  chr1:10000
chr54:4958392 
collapse
snapshot  UICEX_0001 **<-- ISSUE: it's printing both rows at the same time**
UICEX_0002 _ chr1:10000
chr54:4958392 .png

new

load path/to/bam_T.bam
path/to/bam_T2.bam 
load path/to/bam_N.bam
path/to/bam_N2.bam

goto  chr1:10000
chr54:4958392 
collapse
snapshot  UICEX_0001   **<-- ISSUE: it's printing both rows at the same time**
UICEX_0002 _ chr1:10000
chr54:4958392 .png

goto chr1:10000
collapse
snapshot UICEX_0001_chr1:10000.png
goto chr54:4958392
collapse
snapshot UICEX_0001_chr54:495832.png

额外信息 顺便说一句，为了更好地学习Python，我正试图从一个R脚本中修改它。以下是R代码，以防有帮助：

CreateIGVBatchScript <- function(x){
     for(i in 1:nrow(x)){
          cat("\nnew")
          sample = as.character(x[i, 1])
          bamt = as.character(x[i, 2])
          bamn = as.character(x[i, 3])
          cat("\nload",bamt,"\nload",bamn)
          for(j in 4:ncol(x)){
               if(x[i, j] == "" | is.na(x[i, j])){ cat("\n") }
               else{
                    cat("\ngoto ", as.character(x[i, j]),"\ncollapse\nsnapshot ", sample, "_", x[i,j],".png\n", sep = "")
               }
          }
     }
     cat("\nexit")
}
CreateIGVBatchScript(data)

---

CreateIGVBatchScript我已经找到了答案。这里有几个问题：

我错误地使用了
iterrows（）
iterrows对象实际上保存了行中的信息，然后您可以使用索引保存该序列中的值

for index, row in x.iterrows():
    sample = row[0]

将该行中的值保存在第0列中

在列上迭代
此时，您可以使用一个简单的for循环，就像我在迭代列时所做的那样

for col in range(3, len(data.columns)):
    position = row[col]

用于保存该列中的值

最后的Python代码是：

def CreateIGVBatchScript(x):
    x=x.fillna(value=999)
    for index, row in x.iterrows():
        print("\nnew", sep="")
        sample = row[0]
        bamt = row[1]
        bamn = row[2]
        print("\nload ", bamt, "\nload ", bamn, sep="")
        for col in range(3, len(data.columns)):
            position = row[col]
            if position == 999:
                print("\n")
            else:
                print("\ngoto ", position, "\ncollapse\nsnapshot ", sample, "_", position, ".png\n", sep="")

CreateIGVBatchScript(data)

答案由以下帖子指导：






我已经想出了答案。这里有几个问题：

我错误地使用了
iterrows（）
iterrows对象实际上保存了行中的信息，然后您可以使用索引保存该序列中的值

for index, row in x.iterrows():
    sample = row[0]

将该行中的值保存在第0列中

在列上迭代
此时，您可以使用一个简单的for循环，就像我在迭代列时所做的那样

for col in range(3, len(data.columns)):
    position = row[col]

用于保存该列中的值

最后的Python代码是：

def CreateIGVBatchScript(x):
    x=x.fillna(value=999)
    for index, row in x.iterrows():
        print("\nnew", sep="")
        sample = row[0]
        bamt = row[1]
        bamn = row[2]
        print("\nload ", bamt, "\nload ", bamn, sep="")
        for col in range(3, len(data.columns)):
            position = row[col]
            if position == 999:
                print("\n")
            else:
                print("\ngoto ", position, "\ncollapse\nsnapshot ", sample, "_", position, ".png\n", sep="")

CreateIGVBatchScript(data)

答案由以下帖子指导：