Python 在Google Colab中安装RDKit

我不知道如何解决以下问题。直到今天，我还在使用以下代码片段在Google Colab中安装RDKit：

!wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
!chmod +x Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
!time bash ./Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -b -f -p /usr/local
!time conda install -q -y -c conda-forge rdkit

import sys
sys.path.append('/usr/local/lib/python3.7/site-packages/')

但是，今天我开始出现以下错误：

---------------------------------------------------------------------------
ModuleNotFoundError                       Traceback (most recent call last)
<ipython-input-2-d24c24e2d1f9> in <module>()
----> 1 from rdkit import Chem
      2 import networkx as nx

ModuleNotFoundError: No module named 'rdkit'

---------------------------------------------------------------------------
ModuleNotFoundError回溯（上次最近调用）
在（）
---->1来自rdkit进口化学公司
2将networkx导入为nx
ModuleNotFoundError:没有名为“rdkit”的模块

---

我尝试使用完整的Anaconda发行版而不是Miniconda，并将python版本更改为3.6和3.8，但似乎没有任何效果。

我认为在安装Miniconda时需要指定python 3.7（当前的rdkit构建支持python 3.7），最新的Miniconda版本是py3.8：

!wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-py37_4.8.3-Linux-x86_64.sh
!chmod +x Miniconda3-py37_4.8.3-Linux-x86_64.sh
!time bash ./Miniconda3-py37_4.8.3-Linux-x86_64.sh -b -f -p /usr/local
!time conda install -q -y -c conda-forge rdkit

import sys
sys.path.append('/usr/local/lib/python3.7/site-packages/')

---

如果您不想安装Conda，只需提取anaconda软件包即可

2018版非常简单 #下载和摘录 url='1〕https://anaconda.org/rdkit/rdkit/2018.09.1.0/download/linux-64/rdkit-2018.09.1.0-py36h71b666b_1.tar.bz2' !curl-L$url | tar xj lib #移动到python包目录 !mv lib/python3.6/site-packages/rdkit/usr/local/lib/python3.6/dist-packages/ x86='/usr/lib/x86_64-linux-gnu' !mv lib/*.so.*$x86/ #rdkit需要libboost_python3.so.1.65.1 !ln-s$x86/libboost_python3-py36.so.1.65.1$x86/libboost_python3.so.1.65.1 对于最新版本，由于libboost 1.67，它有点复杂。所以，我把它放在我的

kora

库中

！pip安装kora-q
导入kora.install.rdkit

---

您将获得版本

2020.03

我创建了一个Python包来简化设置。你可以找到它

它将安装Miniconda（或任何其他口味），并修补一些使Colab变得棘手的东西

像这样使用它（笔记本中的第一个单元格）：

内核将重新启动，然后您将能够使用

运行
conda
或
mamba
！shell

语法：

!mamba install -c conda-forge rdkit

---

有关更多详细信息，请查看存储库

这成功了，谢谢！干！time conda install-y python=3.6也起作用了：（不再起作用了：这对我起作用了：

!mamba install -c conda-forge rdkit