如何在python中以字符矩阵的形式打开文本文件?
我有一个.fa文件,其中包含核苷酸序列的列表。是这样的 AGCTAGAGAGAGACTAGA 加塔加塔加塔加塔加特 加塔加塔加塔加塔加塔加塔加卡如何在python中以字符矩阵的形式打开文本文件?,python,arrays,statistics,Python,Arrays,Statistics,我有一个.fa文件,其中包含核苷酸序列的列表。是这样的 AGCTAGAGAGAGACTAGA 加塔加塔加塔加塔加特 加塔加塔加塔加塔加塔加塔加卡 我需要以某种方式用python打开该文件,并创建一个2维数组,该数组以行的形式包含.fa文件的行,每列中包含一个文件的字母。谢谢你的帮助 如果你想让矩阵成为一个列表列表,你可以通过列表理解轻松做到这一点 with open("myfile.fa","rt") as infile: matrix = [list(line.strip()) for
我需要以某种方式用python打开该文件,并创建一个2维数组,该数组以行的形式包含.fa文件的行,每列中包含一个文件的字母。谢谢你的帮助 如果你想让矩阵成为一个列表列表,你可以通过列表理解轻松做到这一点
with open("myfile.fa","rt") as infile:
matrix = [list(line.strip()) for line in infile.readlines()]
print matrix
另一方面,如果您希望使用numpy矩阵,请注意,这要求您已安装numpy:
import numpy
with open("myfile.fa","rt") as infile:
matrix = numpy.matrix([list(line.strip()) for line in infile.readlines()])
print matrix