Python Deeptools找不到存在的文件
我的一个实习生试图使用deeptools的bamCoverage函数,它抛出了一个Python Deeptools找不到存在的文件,python,io,pysam,Python,Io,Pysam,我的一个实习生试图使用deeptools的bamCoverage函数,它抛出了一个“/my/dir/data.bam”文件不存在的错误,尽管该文件存在。是的,该文件确实存在,我们可以使用bash命令很好地操作它,因此它没有真正的理由抛出该错误 根据,这可能是pysam或python的问题。两者都是最新的。您知道我如何进一步调查pysam或pythonio的问题吗 所有这些都发生在我们团队使用的服务器上。这可能是python用户会话路径的问题吗 以下是我在bash终端中运行的代码,仅供参考。这很基
“/my/dir/data.bam”文件不存在的错误,尽管该文件存在。是的,该文件确实存在,我们可以使用bash命令很好地操作它,因此它没有真正的理由抛出该错误
根据,这可能是pysam或python的问题。两者都是最新的。您知道我如何进一步调查pysam或pythonio的问题吗
所有这些都发生在我们团队使用的服务器上。这可能是python用户会话路径的问题吗
以下是我在bash终端中运行的代码,仅供参考。这很基本:
my.name@server:/mnt/data1/my.name/PROJET_X/DATA/BIGWIG$ bamCoverage -p 8 -b /mnt/data1/my.name/PROJET_X/DATA/BAM_sort/G0-G00.Inputs.sorted.bam -o /mnt/data1/my.name/PROJET_X/DATA/BIGWIG/G0-G00.Inputs.RPGC.bw --normalizeUsing RPGC --effectiveGenomeSize 2913022398 -bs 10
The file '/mnt/data1/my.name/PROJET_X/DATA/BAM_sort/G0-G00.Inputs.sorted.bam' does not exist
my.name@server:/mnt/data1/my.name/PROJET_X/DATA/BIGWIG$ ll /mnt/data1/my.name/PROJET_X/DATA/BAM_sort/G0-G00.Inputs.sorted.bam
-rwxr-xr-x 1 my.name bioinfo 4171366400 juin 22 10:14 /mnt/data1/my.name/PROJET_X/DATA/BAM_sort/G0-G00.Inputs.sorted.bam
在过去的一年里,我可能已经使用了这一行100次,但现在它找不到该文件
我也尝试过使用conda在我的主目录中安装deeptools,但这会产生相同的错误
编辑:显然,这只是一个文件的问题。bamCoverage将用于其他数据文件。如果deeptools告诉您,而不仅仅是“找不到文件”,那就太好了
看看这里正在运行什么代码会很有帮助-请,
如果可能的话,提供一份完整的报告,包括完整的输出/错误
现在,我可以想出4种解决常见问题的可能方法:
- 如评论中所述,提供完整路径可能是一种解决方案。您可以使用存储文件的文件夹中的
pwd
bash命令获取完整路径,然后在字符串末尾添加文件名
- 另一件有时对相对(本地)路径有帮助的事情是以“.”开始路径,因此路径应该是这样的:
'./my/dir/data.bam'
- 我遇到的另一个问题(主要是在Windows环境下运行时)是必须使用反斜杠:
'\my\dir\data.bam'
- 为了完整起见,这里我要提到的是,特别是对于刚开始编程的程序员,路径经常错误地提供,没有逗号(使其成为字符串),但这里的情况似乎不是这样
希望这有帮助 您是否尝试提供文件的完整路径?@ArtyomVancyan是的,我提供了根目录的完整路径当您使用管理员权限执行文件时,您的程序是否仍然无法找到该文件?您的脚本可能不允许查看目录的内容,因此它不存在。我已添加了用于获取信息的行。正如您所看到的,我已经在使用完整路径,并且我在bashshell中使用它,而不是在windows上。