Python 从一个大的fasta文件中提取特定的fasta序列

我想使用下面的脚本从一个大的fasta文件中提取特定的fasta序列，但是输出是空的

transcripts.txt

文件包含要从

assembly.fasta

导出到

selected\u transcripts.fasta的列表转录本ID（ID和序列）。
例如：

transcripts.txt：
Transcript_00004|5601
Transcript_00005|5352
根据你的例子，有几个小问题可以解释为什么你什么也得不到。您的
transcripts.txt
在一行中有多个条目，因此
my_list
将在
my_line[0]
中包含第一行的所有项目，在您的循环中，您逐行迭代
my_list
，因此您的第一项将是


另外，如果
assembly.fasta
在标题行中没有
，则不会返回任何带有ID和序列的记录。假设您在标题中添加了
，并且
split
函数现在使用的是空格而不是冒号，那么下面的代码应该解决这些问题

from Bio import SeqIO

my_list = []
with open("transcripts.txt") as transcripts:
    for line in transcripts:
        my_list.extend(line.split(' '))

fin = open('assembly.fasta', 'r')
fout = open('selected_transcripts.fasta', 'w')

for record in SeqIO.parse(fin,'fasta'):
    for item in my_list:
        if item.strip() == record.id:
            fout.write(">" + record.id + "\n")
            fout.write(record.seq + "\n")


fin.close()
fout.close()

转录本的读取已更改，以便将所有ID分别附加到
my\u列表中。此外，为了避免与
记录.id
进行比较时字符串中出现换行符，每个项目都会被删除空白，请查看您的问题，并包括一些
transcripts.txt
以及一部分
汇编.fasta
，这样我们就有了一些数据要处理了？您可以在之后拆分您的成绩单吗每一个冒号，但它是分隔的空间。这是故意的吗？您的示例FASTA文件的标题行中没有>。对不起，在trascripts.txt中，每个ID都是文件的一行。因此，示例中的第一个转录本在第1条车道上，第二个转录本在第2条车道上，依此类推。
from Bio import SeqIO

my_list = [line.split(',') for line in open("/home/universita/transcripts.txt")]

fin = open('/home/universita/assembly.fasta', 'r')
fout = open('/home/universita/selected_transcripts.fasta', 'w')

for record in SeqIO.parse(fin,'fasta'):
    for item in my_list:
        if item == record.id:
            fout.write(">" + record.id + "\n")
            fout.write(record.seq + "\n")

fin.close()
fout.close()

from Bio import SeqIO

my_list = []
with open("transcripts.txt") as transcripts:
    for line in transcripts:
        my_list.extend(line.split(' '))

fin = open('assembly.fasta', 'r')
fout = open('selected_transcripts.fasta', 'w')

for record in SeqIO.parse(fin,'fasta'):
    for item in my_list:
        if item.strip() == record.id:
            fout.write(">" + record.id + "\n")
            fout.write(record.seq + "\n")


fin.close()
fout.close()