Python 带有.nii.gz文件的医学成像（吡喃组学）

我正在尝试实施该方案：

它看起来非常简单，但他们需要.nrrd文件。 我的文件是.nii.gz。如何解决这个问题？ 还有，是否有人试图在TCIA数据上应用吡喃组学？如果是这样，我可以看看你的github或Jupyter笔记本吗

非常感谢

[1]将扩散加权MR图像[2]串联转换为

nrrd

格式，以便在切片机中进行分析。它解析报头以提取有关测量帧、扩散加权方向、b值等的必要信息，并写出一幅

nrrd

图像。对于非扩散加权图像，它加载整个系列，并以

.nhdr/.raw

对写出单个卷

因此，使用此工具可以尝试将.nii.gz内部文件转换为

nrrd

格式。此外，您还可以查看[3]，它是一个类似的模块

[1] 詹森、安德鲁·p.和克里斯托弗·巴特森。“使用交互式、患者特异性模型针对神经纤维束进行脑深部刺激治疗”，《可视化实验杂志》：JoVE 138（2018）

[2] Roger J.Ordidge等人，“使用导航回波校正扩散加权MR图像中的运动伪影”，磁共振成像12.3（1994）：455-460

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[3] 以赛亚·诺顿、瓦利德·伊本·埃塞德、范张、索尼娅·普约尔、亚历克斯·亚马科维奇、亚历山德拉·戈尔比、戈登·金德曼、德米安·沃瑟曼、劳尔·圣何塞·埃斯特帕、约格什·拉蒂、史蒂夫·皮珀、罗恩·基基基基基尼斯、汉斯·J·约翰逊、卡尔·弗雷德里克·威斯汀和劳伦·奥唐纳。SlicerMRI：用于脑癌研究的开源扩散MRI软件。癌症研究77（21），e101-E1032017。

尽管示例在.nrrd中，吡喃组学使用SimpleTk进行图像操作。这使得PyRadiomics能够支持一系列图像格式，包括.nii.gz。您不必转换它们。

您可以先将NII转换为numpy数组，然后使用以下命令将其转换为NRRD：

及

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我相信你有NifTI档案。用于转换DICOMNifTInrrd的DWIConverter，请检查或切片如果执行此操作，将丢失NII文件中存储的所有元数据。元数据是可以考虑的基本事物，如仿射矩阵、切片分离等。当转换成NUMPY数组时，这些信息就丢失了。

import numpy as np
import nibabel as nib
import nrrd

# Download NII
example_filename = "image.nii.gz"
image = nib.load(example_filename)

# Turn into numpy array
array = np.array(img.dataobj)

# Save NRRD
nrrd_path_to = "image.nrrd"
nrrd.write(image_path_to, array)