Python：根据执行前的列表长度追加到mysql命令？_Python_Mysql

Python：根据执行前的列表长度追加到mysql命令？

python mysql

Python：根据执行前的列表长度追加到mysql命令？,python,mysql,Python,Mysql,我想在执行之前将条件子句附加到mysql命令中，这将根据我想从DB中提取的元素数量而有所不同例如，我有一个庞大的基因列表，对于每个感兴趣的基因，我有所有外显子的坐标基因ID外显子起始端 geneA外显子1 325 359 geneA外显子2 554 601 基因B外显子1 870 900 geneB外显子2 990 1010 基因外显子3 1200 1350 你可以看到geneA有2个外显子，geneB有3个外显子。我想执行如下命令，以返回exons坐标内DB中所有元素的计数 select

我想在执行之前将条件子句附加到mysql命令中，这将根据我想从DB中提取的元素数量而有所不同

例如，我有一个庞大的基因列表，对于每个感兴趣的基因，我有所有外显子的坐标

基因ID外显子起始端

geneA外显子1 325 359

geneA外显子2 554 601

基因B外显子1 870 900

geneB外显子2 990 1010

基因外显子3 1200 1350

你可以看到geneA有2个外显子，geneB有3个外显子。我想执行如下命令，以返回exons坐标内DB中所有元素的计数

select count(*) from db_x where position between exon1_start and exon1_end and position between exon2_start and exon2_end;

由于每个基因中的外显子数量不同，一些基因可能包含数十个外显子，因此在执行整个命令之前，我需要在每个外显子的exon_end和exon_start条件语句之间附加and位置

我正在努力想出一个合乎逻辑的解决方案。目前，对于每个基因，我将向一个查询mysql服务器的函数传递一个串联的起始位置列表。例如对于geneA['325..359'，'554..601']

设置光标后我使用的命令如下：

cur.execute('select count(*) from db_x where position between '+str(exon1_start)+' and '+str(exon1_end)+' and position between +'str(exon2_start)+' and '+str(exon2_end))

如果只有一两个外显子就可以了，但是我如何处理可能非常长的外显子列表呢？如何在执行之前动态地重新格式化命令

当我被难倒的时候，我真的很感激你的帮助

您可以动态构建一个存储外显子数据的字典，并基于该字典构建sql查询：

gene_exons_dict = dict()


def add_exon_to_gene(gene_name,gene_exon):
    if gene_name not in gene_exons_dict:
        gene_exons_dict[gene_name] = []

    tmp_exons_dict = {'start': gene_exon[0], 'end': gene_exon[1]}
    gene_exons_dict[gene_name].append(tmp_exons_dict)


def get_sql_query_for_gene(gene_name):
    if gene_name not in gene_exons_dict:
        raise Exception("exons not defined for gene: %s" % gene_name)

    sql_query = 'select count(*) from db_x.tb_y WHERE '
    exons_count = len(gene_exons_dict[gene_name])
    for exon_data in gene_exons_dict[gene_name]:
        sql_query += '(position >'+str(exon_data['start'])+' AND position <'+str(exon_data['end'])+')'
        if exons_count > 1:
            sql_query += ' AND '   # change it to OR if query should return sum of sets instead of their intersection

    # removing last and for multi-exons case
    if exons_count > 1:
        sql_query=sql_query[:-5]

    return sql_query

if __name__ == '__main__':

    add_exon_to_gene('gene1', [1, 2])
    add_exon_to_gene('gene1', [3, 8])
    add_exon_to_gene('gene1', [10, 15])

    add_exon_to_gene('gene2', [20, 25])

    print get_sql_query_for_gene('gene1')
    print get_sql_query_for_gene('gene2')

其输出：

C:\tmp>python dynamicDictTest.py
select count(*) from db_x.tb_y WHERE (position >1 AND position <2) AND (position >3 AND position <8) AND (position >10 AND position <15)
select count(*) from db_x.tb_y WHERE (position >20 AND position <25)

sql语法即使在mysql命令行上也不适用于我。我可以使用select count*从db_x查询，其中位置介于1和2之间，但添加额外的和位置介于3和8之间的和位置介于10和15之间的，会导致语法错误。好的，我尚未验证该查询。刚刚实现了描述的行为以匹配您的示例。根据您的需要，您应该使用或和运算符连接零件。请看这里并相应地修改查询：当然中间部分应该修改为适当的WHERE语句。我更新了代码，但WHERE之后的整个条件集可能需要放在括号中。还不清楚您是否需要集合的和或交集，因此请更改sql\u query+='和'中的AND to或AND，如果这样做，还可以将sql\u query=sql\u query[：-5]更改为sql\u query=sql\u query[：-4]或短一个字母。您还缺少WHERE所需的表名。我在一个真正的MySQL数据库上进行了检查，发现查询是有效的。不知道我还能做些什么来帮助你。上例中的条件不相交，因此结果将为空，但如果使用OR运算符，则将得到由每个位置>X和位置

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